Dit is de Linux-app genaamd ParaSim om online in Linux te draaien, waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als parasim-v0.05.zip. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en gebruik deze app genaamd ParaSim om gratis online in Linux te draaien met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCREENSHOTS
Ad
ParaSim om online in Linux te draaien
PRODUCTBESCHRIJVING
Diversiteitsbeoordelingen en vergelijkingen van grote samengestelde databases vereisen het berekenen van overeenkomsten van miljoenen verbindingen in een betaalbare tijd. ParaSim pakt deze uitdaging aan door de berekeningen parallel te laten lopen op basis van het aantal rekenkernen dat beschikbaar is op een enkele machine. Het is geoptimaliseerd voor de doorvoer van zeer grote aantallen querystructuren tegen zeer grote aantallen referentiestructuren. Als speciale functie maakt ParaSim het mogelijk om veelgevraagde datasets op te slaan en te openen als persistente objecten in het geheugen voor korte responstijden.ParaSim berekent chemische overeenkomsten op basis van binaire structurele vingerafdrukken. Het berekent zelf geen vingerafdrukken, maar vertrouwt hiervoor op software van derden. In principe kunnen alle soorten structurele vingerafdrukken die in een array van bits (een bitset) kunnen worden opgeslagen, door ParaSim worden gebruikt.
Zie de Wiki (https://sourceforge.net/p/parasim/wiki/Documentation/) voor gedetailleerde documentatie.
FEEDBACK ZEER GEWAARDEERD!
Voordelen
- Maakt gebruik van meerdere rekenkernen
- Kan vingerafdrukken permanent in het geheugen opslaan en openen
- Gerapporteerde resultaten: Query-molecuul-ID, referentiemolecuul-ID, overeenkomstcoëfficiënt en, optioneel, aanvullende gegevens zoals Smiles/InChi-Key/Chime-string enz.
- Staat door de gebruiker gedefinieerd aantal hits per zoekopdracht en overeenkomstdrempels toe
- Maakt verschillende bitsetgroottes voor vingerafdrukken mogelijk
- Geeft op verzoek gedetailleerde voortgangsinformatie
- Geen installatie vereist
- Leest vingerafdrukken als Base64-gecodeerde bitsets van .txt- of .txt.gz-bestanden
- Demo-applicaties voor RDKit, PipelinePilot(TM) en Knime inbegrepen
- Scripts meegeleverd om rechtstreeks vanuit SDF- of Smiles-bestanden te zoeken
Toehoorders
Ontwikkelaars, eindgebruikers/desktop, testers, wetenschap/onderzoek
Gebruikersinterface
Opdrachtregel, console/terminal
Programmeertaal
C, Perl, Python
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/parasim/. Het is gehost in OnWorks om op een gemakkelijkste manier online te kunnen worden uitgevoerd vanuit een van onze gratis besturingssystemen.
