Dit is de Linux-app genaamd ParDRe waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als ParDRe-rel2.2.5.tar.gz. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app genaamd ParDRe gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
ParDRe
Ad
PRODUCTBESCHRIJVING
ParDRe is een parallelle tool om dubbele reads te verwijderen. Dubbele uitlezingen kunnen als identiek worden gezien
of bijna identieke sequenties met enkele mismatches. Met deze tool kunnen gebruikers de analyse van niet-noodzakelijke reads vermijden, waardoor de tijd van daaropvolgende procedures met de dataset (bijv. assemblages, mappings, enz.) wordt verkort.
De tool is geïmplementeerd met MPI om de parallelle mogelijkheden van multicore . te benutten
clusters. Het is sneller dan multithreaded tegenhangers (eind 2015) voor hetzelfde aantal cores en dankzij de message-passing-technologie kan het op clusters worden uitgevoerd.
Er bestaat ook een MapReduce-tegenhanger van ParDRe, genaamd MarDRe (zie de link hierboven).
UPDATE: Vanaf versie 2.0.5 biedt ParDRe ook ondersteuning om alleen optische duplicaten te verwijderen (en biologisch interessante duplicaten achter te laten) en om te werken met gecomprimeerde invoer/uitvoer met .gz-indeling.
Toehoorders
Informatietechnologie, Gezondheidszorg, Wetenschap/Onderzoek
Gebruikersinterface
Console/Terminal, Opdrachtregel
Programmeertaal
C + +
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/pardre/. Het is gehost in OnWorks om op een gemakkelijkste manier online te kunnen worden uitgevoerd vanuit een van onze gratis besturingssystemen.
