Dit is de Linux-app met de naam piv_clustering om online in Linux te draaien, waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als piv_clustering_1.3.tar.gz. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam piv_clustering online uit om gratis online met OnWorks in Linux te draaien.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCREENSHOTS
Ad
piv_clustering om online onder Linux te draaien
PRODUCTBESCHRIJVING
Dit programma maakt het mogelijk een structurele clusteranalyse uit te voeren van atomaire trajecten verkregen uit bijvoorbeeld moleculaire dynamica-simulaties.In tegenstelling tot andere benaderingen is het mogelijk om ook processen in oplossing te analyseren, bijvoorbeeld chemische reacties in vloeibaar water, aangezien de afstandsmetriek gebaseerd is op een Permutatie Invariant Vector (PIV) die symmetrisch is onder uitwisseling van identieke atomen of moleculen, inclusief op dezelfde voet zowel de vrijheidsgraden voor opgeloste stoffen als voor oplosmiddelen. De benadering is algemeen en de definitie van PIV vereist alleen het specificeren van het bereik van interatomaire afstanden dat relevant is voor het onderzochte proces. Als alternatief kunnen ook de SPRINT-topologische coördinaten worden gebruikt, die bijzonder geschikt zijn voor nanostructuren.
De output is een verdeling van het traject in een paar structurele clusters (dat wil zeggen sets frames), waardoor een eenvoudigere analyse en visualisatie mogelijk wordt.
Lees en citeer Gallet & Pietrucci, J. Chem. Fys. 139, 074101 (2013)
Voordelen
- Structurele clustering van atomistische trajecten
- Permutatie-invariantie: kristallen, amorfe vaste stoffen, vloeistoffen, nanostructuren
- Alle simulatiecellen worden ondersteund (van orthorombisch tot triclininc)
- Parallelle MPI-implementatie
Toehoorders
Science / Research
Programmeertaal
Fortran
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/pivclustering/. Het is gehost in OnWorks zodat het op de eenvoudigste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
