Dit is de Linux-app genaamd primeScaff waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als primeScaff-v1.6.1_linux_x86_64.tar.gz. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app genaamd primeScaff gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCREENSHOTS
Ad
eerste Scaff
PRODUCTBESCHRIJVING
primeScaff is bedoeld om het soms moeizame proces van het handmatig ontwerpen van specifieke primerparen rond openingen van genomische scaffolds te automatiseren en de genoomafwerkingsfase van een genoomsequencingproject te versnellen. Het bevat de-novo repeat-finding met behulp van RECON om het ontwerpen van primers in repetitieve gebieden zoveel mogelijk te vermijden en biedt de mogelijkheid om de primer-ontwerpopties eenvoudig te verfijnen met behulp van primer3. Het voert de repeat-, gap- en primer-annotaties uit in gff2 en gff3 om de resultaten eenvoudig te laden en te visualiseren met tools zoals UGENE (aanbevolen) of artemis.
Kenmerken
- Iteratieve de novo herhaalmaskering met behulp van iteratief RECON
- Automatisch ontwerp van primers rond honderden openingen in steigers in seconden
- Kan in elke assemblagepijplijn worden gebruikt, u hebt alleen een standaard FASTA-bestand nodig
- Oplossing voor de novo montageprojecten zonder nauwe referentie
Toehoorders
Science / Research
Gebruikersinterface
Opdrachtregel
Programmeertaal
Perl
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/primecaff/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
