Dit is de Linux-app genaamd QSdpR waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als run1.zip. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam QSdpR gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
QSdpR
Ad
PRODUCTBESCHRIJVING
Dit is een virale quasispecies-reconstructiesoftware voor quasispecies-assemblageproblemen op mRNA-virussen, die is gebaseerd op een benadering van correlatieclustering en gebruik maakt van een semidefinitief optimalisatiekader. De software accepteert een referentiegenoom, een NGS-leesset die is afgestemd op deze referentie en een set SNP-locaties in de vorm van een vcf-bestand en levert een optimale set van gereconstrueerde soortengenomen die de onderliggende virale populatie beschrijven.
Kenmerken
- quasispecies
- mRNA-virus
- Clustering
- Semi-definitief programma
- HIV-1-virus
Toehoorders
Science / Research
Programmeertaal
Unix-shell, Python, C
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/qsdpr/. Het is gehost in OnWorks om op een gemakkelijkste manier online te kunnen worden uitgevoerd vanuit een van onze gratis besturingssystemen.
