Dit is de Linux-app genaamd SplitMEM waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als splitmem.1.0.tgz. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app genaamd SplitMEM gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
MEM splitsen
Ad
PRODUCTBESCHRIJVING
Met de opkomst van verbeterde sequencing-technologieën breidt de genomica zich uit van een enkel referentieparadigma per soort naar een meer alomvattende pan-genoombenadering waarbij meerdere individuen samen worden vertegenwoordigd en geanalyseerd. Hier introduceren we een nieuw O(n log n) tijd- en ruimtealgoritme genaamd splitMEM, dat rechtstreeks de gecomprimeerde de Bruijn-grafiek construeert voor een pan-genoom met totale lengte n. Om deze tijdscomplexiteit te bereiken, breiden we de achtervoegselboom uit met achtervoegselskips, een nieuwe constructie waarmee we in constante tijd verschillende achtervoegsellinks kunnen doorlopen, en deze kunnen gebruiken om op efficiënte wijze maximale exacte overeenkomsten (MEM's) te ontleden tijdens het doorlopen van een achtervoegselboom.
Toehoorders
Science / Research
Gebruikersinterface
Opdrachtregel
Programmeertaal
C + +
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/splitmem/. Het is gehost in OnWorks zodat het op de eenvoudigste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.