Dit is de Linux-app genaamd TomoJ waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als TomoJ_Applications-2.8.1-jar-with-dependencies.jar. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en gebruik deze app genaamd TomoJ met OnWorks gratis online.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
TomoJ
Ad
PRODUCTBESCHRIJVING
TomoJ is een ImageJ plug-in voor tomografische reconstructie.
Het is ontworpen voor elektronentomografie, maar elke acquisitie met parallelle bundel zou moeten werken.
TomoJ stelt de voorbewerking en de registratie van tilt-series voor voorafgaand aan 3D-reconstructies (WBP, ART, SIRT, OS-SART, gecomprimeerde detectie).
TomoJ is geschreven in Java, de berekeningen zijn multithreaded en reconstructie kan worden uitgevoerd op CPU of GPU (OpenCL).
inschrijving staat beschreven in:
Journal of Structural Biology: X. 2020, Volume 4. "Verbeteringen in de uitlijning van markervrije afbeeldingen voor elektronentomografie" COS Sorzano et al. https://doi.org/10.1016/j.yjsbx.2020.100037.
BMC Bioinformatica. 2009 Apr 27;10:124. "Marker-free beeldregistratie van elektronentomografie tilt-serie." COS Sorzano et al.
reconstructie deel werd beschreven in:
BMC Bioinformatica. 2007 augustus 6;8:288. "TomoJ: tomografiesoftware voor driedimensionale reconstructie in transmissie-elektronenmicroscopie." Messaoudi C et al
Kenmerken
- tomografie
- AfbeeldingJ
- Kantel-serie uitlijning
- 3D-reconstructie
- WBP
- KUNST（ART）
- SIRT
- gecomprimeerde waarneming
Gebruikersinterface
Java-swing
Programmeertaal
Java, OpenCL
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/tomoj/. Het is gehost in OnWorks om op een gemakkelijkste manier online te kunnen worden uitgevoerd vanuit een van onze gratis besturingssystemen.
