Dit is de Linux-app genaamd ViralFusionSeq [VFS] om online in Linux te draaien waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als vfs-2016-08-17.r2.tar.gz. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer online deze app met de naam ViralFusionSeq [VFS] uit om gratis in Linux online met OnWorks te draaien.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCREENSHOTS
Ad
ViralFusionSeq [VFS] om online in Linux te draaien
PRODUCTBESCHRIJVING
VFS is volledig getest onder het Ubuntu/Debian-systeem.**Aankondiging 1**: VFS is superieur aan Virus-Clip. https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/files/VFS.vs.Virus-Clip.pdf/download
Sinds 2016 is VFS de enige tool voor virale integratie die beschikbaar is op het NIH HPC-systeem.
https://hpc.nih.gov/apps/ViralFusionSeq/
ViralFusionSeq (VFS) is een veelzijdige tool voor high-throughput sequencing (HTS) voor het ontdekken van virale integratiegebeurtenissen en het reconstrueren van fusietranscripties met een resolutie van één basis.
VFS combineert soft-clipping-informatie, analyse van leesparen en gerichte de novo-assemblage om viraal-menselijke fusiegebeurtenissen te ontdekken en te annoteren.
Een eenvoudig maar effectief empirisch statistisch model wordt gebruikt om de kwaliteit van fusiebreekpunten te evalueren.
Minimale door de gebruiker gedefinieerde parameters zijn vereist.
Broncode met gebruikershandleiding en installatiegids van VFS is beschikbaar in de sectie "Bestanden" van sourceforge.
Citation: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
Voordelen
- Toepasbaar en volledig getest met behulp van RNA-Seq- en DNA-Seq-gegevens
- Gebruik zowel clipped-sequence (CS) als paired-end (RP) informatie om virale integratie te ontdekken
- Reconstructie van fusietranscriptsequentie met behulp van CS- en RP-informatie
Toehoorders
Science / Research
Programmeertaal
Perl
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.