Dit is de Windows-app Automatische cellijnreconstructie die je online in Windows kunt gebruiken via Linux. De nieuwste versie is te downloaden als testData.zip. Je kunt de app ook online gebruiken via de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en gebruik online deze app met de naam Automatische reconstructie van cellijnen, zodat u deze online op Windows en Linux kunt gebruiken met OnWorks, helemaal gratis.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start een OS OnWorks online emulator vanaf deze website, maar een betere Windows online emulator.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Windows-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie en installeer deze.
- 7. Download Wine van de softwarebronnen voor Linux-distributies. Eenmaal geïnstalleerd, kunt u vervolgens dubbelklikken op de app om ze met Wine uit te voeren. Je kunt ook PlayOnLinux proberen, een mooie interface via Wine waarmee je populaire Windows-programma's en -games kunt installeren.
Wine is een manier om Windows-software op Linux uit te voeren, maar zonder dat Windows vereist is. Wine is een open-source Windows-compatibiliteitslaag die Windows-programma's rechtstreeks op elke Linux-desktop kan uitvoeren. In wezen probeert Wine genoeg van Windows opnieuw te implementeren, zodat het al die Windows-applicaties kan draaien zonder Windows echt nodig te hebben.
SCREENSHOTS
Ad
Automatische reconstructie van cellijnen om online in Windows via online in Linux uit te voeren
PRODUCTBESCHRIJVING
Uit Amat et al., Nature Methods, 2014*:"De uitgebreide reconstructie van cellijnen in complexe meercellige organismen is een centraal doel van ontwikkelingsbiologie. We presenteren een open-source computationeel raamwerk voor het segmenteren en volgen van celkernen met hoge nauwkeurigheid en snelheid. We demonstreren de (1) algemeenheid ervan door reconstructie cellijnen in vierdimensionale, terabyte-grote beeldgegevens van fruitvlieg-, zebravis- en muizenembryo's, verkregen met drie verschillende soorten fluorescentiemicroscopen, (2) schaalbaarheid, door geavanceerde ontwikkelingsstadia te analyseren met tot 20,000 cellen per tijdspunt , bij 26,000 cellen min-1 op een enkel computerwerkstation, en (3) gebruiksgemak, door slechts twee parameters in alle datasets aan te passen en visualisatie- en bewerkingstools te bieden voor efficiënte datacuratie.Onze aanpak bereikt een gemiddelde koppelingsnauwkeurigheid van 97.0% over alle soorten en beeldvormingsmodaliteiten."
*Gelieve deze paper te citeren als u deze code voor uw onderzoek gebruikt
Toehoorders
Wetenschap/Onderzoek, Eindgebruikers/Desktop
Gebruikersinterface
Console/terminal
Programmeertaal
C++, C
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/tgmm/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
