Dit is de Windows-app met de naam dataMAPPs die in Windows online via Linux online moet worden uitgevoerd, waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als dataMAPPs_3.2.7.zip. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam dataMAPPs online uit om gratis in Windows online via Linux online met OnWorks te draaien.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start een OS OnWorks online emulator vanaf deze website, maar een betere Windows online emulator.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Windows-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie en installeer deze.
- 7. Download Wine van de softwarebronnen voor Linux-distributies. Eenmaal geïnstalleerd, kunt u vervolgens dubbelklikken op de app om ze met Wine uit te voeren. Je kunt ook PlayOnLinux proberen, een mooie interface via Wine waarmee je populaire Windows-programma's en -games kunt installeren.
Wine is een manier om Windows-software op Linux uit te voeren, maar zonder dat Windows vereist is. Wine is een open-source Windows-compatibiliteitslaag die Windows-programma's rechtstreeks op elke Linux-desktop kan uitvoeren. In wezen probeert Wine genoeg van Windows opnieuw te implementeren, zodat het al die Windows-applicaties kan draaien zonder Windows echt nodig te hebben.
SCREENSHOTS
Ad
dataMAPP's om in Windows online via Linux online te draaien
PRODUCTBESCHRIJVING
dataMAPPs maakt routinematige en efficiënte verwerking van gegevens van immunogeniciteitsstudies mogelijk waarbij de MAPPs peptidomics-technologie wordt toegepast om potentiële MHCI- of MHC-II-epitopen zoals gepresenteerd door dendritische cellen (DC) te detecteren.Het biedt kwaliteitscontrole van de onbewerkte gegevens, normalisatie tussen steekproeven en donoren en visualisatie van resultaten in een heatmap-stijl (heatMAPP's). De kern van dataMAPPs is een generieke R-bibliotheek die kan worden aangepast aan specifieke projecten via speciale controlescripts die ook reproduceerbare herberekening van resultaten mogelijk maken.
Raadpleeg het README-bestand voor installatie- en gebruiksinstructies. Verdere documentatie wordt geleverd in PDF-formaat.
dataMAPPs wordt gepubliceerd onder GPL-licentie door een team van wetenschappers die werken voor Hoffmann-La Roche AG in Bazel, Zwitserland. De software wordt geleverd zoals het is, hopelijk profiteren andere onderzoekers ervan.
Publicatie in voorbereiding:
Steiner et al, 'Routine MHC-II Associated Peptide Proteomics (MAPP's) inschakelen voor risicobeoordeling van door geneesmiddelen geïnduceerde immunogeniciteit'
Voordelen
- import van peptidomics-gegevens (PIAKS-uitvoer, maar kan worden uitgebreid)
- uitgebreide data-QC en monsteruitsluiting door door de gebruiker te definiëren cutoffs
- speciale 2-staps normalisatieprocedure voor MAPPs-gegevens
- peptiden in kaart brengen om antilichaam/eiwit te targeten
- clustering van peptide-mappingposities in hotspot-epitoopregio's
- visualisatie van kaartresultaten als heatmaps
Toehoorders
Science / Research
Gebruikersinterface
Console/terminal
Programmeertaal
S / R
Database-omgeving
Plat bestand
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/datamapps/. Het is gehost in OnWorks om op een gemakkelijkste manier online te kunnen worden uitgevoerd vanuit een van onze gratis besturingssystemen.
