Dit is de Windows-app genaamd Gen3D waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als gen3d.cpp. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam Gen3D gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start een OS OnWorks online emulator vanaf deze website, maar een betere Windows online emulator.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Windows-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie en installeer deze.
- 7. Download Wine van de softwarebronnen voor Linux-distributies. Eenmaal geïnstalleerd, kunt u vervolgens dubbelklikken op de app om ze met Wine uit te voeren. Je kunt ook PlayOnLinux proberen, een mooie interface via Wine waarmee je populaire Windows-programma's en -games kunt installeren.
Wine is een manier om Windows-software op Linux uit te voeren, maar zonder dat Windows vereist is. Wine is een open-source Windows-compatibiliteitslaag die Windows-programma's rechtstreeks op elke Linux-desktop kan uitvoeren. In wezen probeert Wine genoeg van Windows opnieuw te implementeren, zodat het al die Windows-applicaties kan draaien zonder Windows echt nodig te hebben.
SCREENSHOTS
Ad
Gen3D
PRODUCTBESCHRIJVING
Gen3D is een applicatie die is ontworpen om driedimensionale genoom- en chromosoommodellen te bepalen. Het gebruikt chromosomale contactgegevens om driedimensionale conformaties te construeren. Deze methode kan driedimensionale chromosomale modellen genereren die voldoen aan een groot deel van de chromosomale contacten.
De software is ontwikkeld in Prof. Jianlin Cheng's Bioinformatics, Data Mining and Machine Learning Laboratory van de Computer Science Department van de University of Missouri - Columbia, VS. Het project wordt ondersteund door de National Science Foundation (subsidie nr. DBI1149224).
Als u Gen3D gebruikt in uw onderzoek, vermeld dan:
Nowotny, Jackson, Sharif Ahmed, Lingfei Xu, Oluwatosin Oluwadare, Hannah Chen, Noelan Hensley, Tuan Trieu, Renzhi Cao en Jianlin Cheng. "Iteratieve reconstructie van driedimensionale modellen van menselijke chromosomen uit chromosomale contactgegevens." BMC bioinformatica 16, nee. 1 (2015): 338.
Voordelen
- Gebruik chromosomale contactgegevens verkregen met behulp van de Hi-C-techniek
- Construeer 3D structurele genoom- en chromosoommodellen van chromosomale contactgegevens
- Initialiseer de coördinaten met behulp van een probabilistische benadering
- Nieuwe methode om tevreden contacten weer te geven in de heatmapmatrix
- Scoreschema's om contacten op lange en korte afstand te achterhalen
- Vergeleken met andere bestaande methoden en ook gevalideerd met genoomkenmerken
Toehoorders
Wetenschap/onderzoek, techniek
Programmeertaal
C + +
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/gen3d/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
