Dit is de Windows-app genaamd gsasnp2 waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als gsasnp2-linux-cmd-ubuntu.zip. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam gsasnp2 gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start een OS OnWorks online emulator vanaf deze website, maar een betere Windows online emulator.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Windows-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie en installeer deze.
- 7. Download Wine van de softwarebronnen voor Linux-distributies. Eenmaal geïnstalleerd, kunt u vervolgens dubbelklikken op de app om ze met Wine uit te voeren. Je kunt ook PlayOnLinux proberen, een mooie interface via Wine waarmee je populaire Windows-programma's en -games kunt installeren.
Wine is een manier om Windows-software op Linux uit te voeren, maar zonder dat Windows vereist is. Wine is een open-source Windows-compatibiliteitslaag die Windows-programma's rechtstreeks op elke Linux-desktop kan uitvoeren. In wezen probeert Wine genoeg van Windows opnieuw te implementeren, zodat het al die Windows-applicaties kan draaien zonder Windows echt nodig te hebben.
SCREENSHOTS
Ad
gsasnp2
PRODUCTBESCHRIJVING
* GSA-SNP2 is een opvolger van GSA-SNP (Nam et al. 2010, NAR-webserverprobleem). GSA-SNP2 accepteert menselijke GWAS-samenvattingsgegevens (rs-getallen, p-waarden) of gen-gewijze p-waarden en voert route-genesets uit die 'verrijkt' zijn met genen die geassocieerd zijn met het gegeven fenotype. Het biedt ook zowel lokale als wereldwijde eiwitinteractienetwerken in de bijbehorende routes.
* Artikel: SYoon, HCTNguyen, YJYoo, JKim, BBaik, SKim, JKim, SKim, DNam, "Efficiënte routeverrijking en netwerkanalyse van GWAS-samenvattingsgegevens met behulp van GSA-SNP2", Nucleic Acids Research, Vol. 46(10), e60(2018).
* PubMed-ID: 29562348
*DOI: 10.1093/nar/gky175
-> VERPLAATS OF MAAK EEN KOPIE VAN DE MAP 'GEGEVENS' NAAR UW INTENSIEVE TEST MAP (DIE LINUX, MAC OF WINDOWS GESPECIFICEERDE MAP) OM HET PROGRAMMA DE VOORGESTELDE GEGEVENS TE VINDEN.
* BIJWERKEN OPMERKING:
-> 1 september 2020: update toevoegen voor Ubuntu-20.04. Je hebt de Boost-bibliotheek nodig (sudo apt-get install libboost-all-dev)
-> 7-mrt-2018: herzie header-termen in het uitvoerbestand
Kenmerken
- 1/ 'DECENTE TYPE I FOUTENCONTROLE' bereikt door de volgende twee processen: A) Genscores worden 'aangepast' aan het aantal SNP's dat aan elk gen is toegewezen met behulp van monotone kubische spline-trendcurve. B) Aangrenzende genen met hoge intergen-correlaties binnen elke route werden verwijderd
- 2/ 'HOGE KRACHT EN SNELLE COMPUTATIE' op basis van het willekeurig ingestelde model
- 3/ 'GEEN KRITIEKE VRIJE PARAMETER'
- 4/ 'EIWIT INTERACTIE NETWERKEN' tussen de lidgenen werden gevisualiseerd voor de significante routes. Met deze functie kan de gebruiker prioriteit geven aan de kernsubnetwerken binnen en over de belangrijke paden. De STRING- en HIPPIE-netwerken zijn momenteel beschikbaar
- 5/ 'GEMAKKELIJK TE GEBRUIKEN': het vereist alleen GWAS-samenvattingsgegevens (of gen p-waarden) en het duurt slechts een minuut of twee om resultaten te krijgen. Andere krachtige op zichzelf staande padhulpmiddelen vereisen ook de SNP-correlatie-invoer en nemen veel meer tijd in beslag. De gebruiker kan ook zijn eigen route-gensets en eiwitinteractienetwerken uploaden.
Gebruikersinterface
Win32 (MS Windows), opdrachtregel
Programmeertaal
C++, PHP, Javascript
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/gsasnp2/. Het is gehost in OnWorks om op een gemakkelijkste manier online te kunnen worden uitgevoerd vanuit een van onze gratis besturingssystemen.
