Dit is de Windows-app Javamony die online in Windows draait via Linux. De nieuwste versie kan worden gedownload als Javamony.jar. De app kan online worden gebruikt via de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en gebruik online deze app met de naam Javamony om deze online op Windows en Linux online met OnWorks gratis uit te voeren.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start een OS OnWorks online emulator vanaf deze website, maar een betere Windows online emulator.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Windows-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie en installeer deze.
- 7. Download Wine van de softwarebronnen voor Linux-distributies. Eenmaal geïnstalleerd, kunt u vervolgens dubbelklikken op de app om ze met Wine uit te voeren. Je kunt ook PlayOnLinux proberen, een mooie interface via Wine waarmee je populaire Windows-programma's en -games kunt installeren.
Wine is een manier om Windows-software op Linux uit te voeren, maar zonder dat Windows vereist is. Wine is een open-source Windows-compatibiliteitslaag die Windows-programma's rechtstreeks op elke Linux-desktop kan uitvoeren. In wezen probeert Wine genoeg van Windows opnieuw te implementeren, zodat het al die Windows-applicaties kan draaien zonder Windows echt nodig te hebben.
SCREENSHOTS
Ad
Javamony kan online op Windows worden uitgevoerd via Linux online
PRODUCTBESCHRIJVING
Gebaseerd op het niet zo succesvolle Pysimony (https://sourceforge.net/projects/pysimony/), waagt dezelfde vastberaden student zich opnieuw aan het fylogenetische probleem.Javamony wordt als volgt aangeroepen:
java -jar Javamony.jar [input.fasta] [willekeurig / stapsgewijs (startboom)] [# bootstraps] [outgroup taxon #1] [outgroup taxon #2] ...
Javamony is niet bedoeld als een competitief fylogenetisch inferentieprogramma, maar is voor mij een kans om de Java-taal te verwerven terwijl ik fundamentele problemen in de fylogenetica leer aanpakken en oplossen. Daarom is, voor mijn eigen educatieve voordeel, alle code origineel. Natuurlijk zijn er waarschijnlijk ook veel fouten.
Ik verspreid Javamony, net als Pysimony, in de hoop dat het voor iemand anders van educatieve waarde zal zijn of op zijn minst vaag amusant zal zijn.
Aankomende functies zullen zijn:
- Ondersteuning voor aminozuursequenties
- Ondersteuning voor extra bestandsformaten (bijv. Nexus)
- Multithreading
- Aanvullende scoremethoden (bijv. maximale waarschijnlijkheid)
Kenmerken
- Gebruikt maximale spaarzaamheid
- Leest een FASTA-invoerbestand (alleen DNA)
- Door de gebruiker ingestelde outgroup
- Startbomen met willekeurige en stapsgewijze optelling
- Maakt gebruik van het zoeken naar bomen met SPR (subtree pruning and regrafting).
- Voert bootstrappen uit
- Voert standaard Newick-formaat uit met bootstrap-ondersteuning en vertakkingslengtes
- Tekent de laatste boom met bootstrap-ondersteuning
Toehoorders
Wetenschap/onderzoek, onderwijs
Gebruikersinterface
Opdrachtregel
Programmeertaal
Java
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/javamony/. Het is gehost in OnWorks zodat het op de eenvoudigste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
