Dit is de Windows-app genaamd PRADA die online op Windows draait via Linux. De nieuwste versie kan worden gedownload als pyPRADA_1.2.tar.gz. De app kan online worden gebruikt via de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en gebruik online deze app met de naam PRADA om deze online op Windows en Linux online met OnWorks gratis uit te voeren.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start een OS OnWorks online emulator vanaf deze website, maar een betere Windows online emulator.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Windows-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie en installeer deze.
- 7. Download Wine van de softwarebronnen voor Linux-distributies. Eenmaal geïnstalleerd, kunt u vervolgens dubbelklikken op de app om ze met Wine uit te voeren. Je kunt ook PlayOnLinux proberen, een mooie interface via Wine waarmee je populaire Windows-programma's en -games kunt installeren.
Wine is een manier om Windows-software op Linux uit te voeren, maar zonder dat Windows vereist is. Wine is een open-source Windows-compatibiliteitslaag die Windows-programma's rechtstreeks op elke Linux-desktop kan uitvoeren. In wezen probeert Wine genoeg van Windows opnieuw te implementeren, zodat het al die Windows-applicaties kan draaien zonder Windows echt nodig te hebben.
PRADA draait online op Windows via online Linux
Ad
PRODUCTBESCHRIJVING
Massaal parallelle sequencing van cDNA reverse getranscribeerd van RNA (RNASeq) geeft een nauwkeurige schatting van de hoeveelheid en samenstelling van mRNA's. Om het transcriptoom te karakteriseren door de analyse van RNA-seq-gegevens, hebben we PRADA ontwikkeld. PRADA richt zich op de verwerking en analyse van schattingen van genexpressie, gesuperviseerde en ongecontroleerde genfusie-identificatie en gesuperviseerde identificatie van intragene deletie.PRADA ondersteunt momenteel 7 modules om afwijkingen van RNAseq-gegevens te verwerken en te identificeren:
preprocess: genereert uitgelijnde en opnieuw gekalibreerde BAM-bestanden.
expressie: genereert genexpressie (RPKM) en kwaliteitsstatistieken.
fusie: Identificeert kandidaat-genfusies.
guess-ft: Gesuperviseerd zoeken naar fusietranscripten.
guess-if: onder toezicht zoeken naar intragene fusies.
homologie: berekent homologie tussen gegeven twee genen.
frame: Voorspelt functioneel gevolg van fusietranscriptie
Kenmerken
- PRADA is geschreven in de programmeertaal Python en bedoeld om te worden uitgevoerd in een opdrachtregelomgeving op UNIX- of LINUX-besturingssystemen.
- Gedetailleerde beschrijving van installatiestappen en het gebruik van elke module met voorbeelden is beschikbaar in de documentatie op https://sourceforge.net/p/prada/wiki/Home/attachment/pyPRADA.pdf
- De hg19-referentiebestanden kunnen worden gedownload op http://bioinformatics.mdanderson.org/Software/PRADA/
- Om fusie-artefacten te verwijderen, filteren we genen met meerdere partners in hetzelfde monster en dezelfde homologie eruit.
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/prada/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
