To jest polecenie abacas, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
abacas — automatyczne łączenie złożonych sekwencji w oparciu o algorytmy
STRESZCZENIE
abaki -r ref -q qs -p żarcie [OPCJE]
OR
abaki -r ref -q psf -e
ref sekwencja referencyjna w jednym pliku Fasta
qs kontigi w formacie multi-fasta
Rog Program MUMmer do użycia: 'nucmer' lub 'promer'
psf plik pseudocząsteczki/uporządkowanej sekwencji w formacie fasta
OPCJE
-h użycie wydruku
-d użyj domyślnych parametrów nucmer/promer
-s int minimalna długość dokładnie pasującego słowa (domyślnie nucmer = 12, domyślnie promer
= 4)
-m wydrukuj uporządkowane kontigi do pliku w formacie multifasta
-b wydrukuj kontigi z bin do pliku
-N wydrukuj pseudocząsteczkę bez liter „N”.
-i int minimalny procent tożsamości [domyślnie 40]
-v int minimalne pokrycie kontig [domyślnie 40]
-V int minimalna różnica pokrycia kontigu [domyślnie 1]
-l int minimalna długość kontigu [domyślnie 1]
-t uruchom tblastx na kontigach, które nie są zmapowane
-g string (nazwa pliku) wypisuje nieprzykryte obszary (przerwy) w odniesieniu do nazwy pliku
-a dołącz kontigi w bin do pseudocząsteczki
-o pliki wyjściowe z prefiksem będą miały ten prefiks
-P wybierz zestawy podkładów, aby zamknąć luki
-f int liczba zasad flankujących po obu stronach szczeliny do projektowania podkładu (domyślnie
350)
-R int Uruchom mummer [domyślnie 1, użyj -R 0, aby uniknąć uciekania mummera]
-e Ucieknij od ciągłego zamawiania, tj. przejdź do projektowania podkładu
-c Sekwencja odniesienia jest okrągła
OPIS
ABACAS ma na celu szybkie łączenie (wyrównywanie, porządkowanie, orientowanie), wizualizację i projektowanie
podkłady do zamykania luk w kontigach złożonych ze strzelby w oparciu o sekwencję referencyjną.
ABACAS używa MUMmera do znajdowania pozycji wyrównania i identyfikowania syntenii złożonych kontigów
przeciwko referencji. Dane wyjściowe są następnie przetwarzane w celu wygenerowania poboru pseudocząsteczek
należy uwzględnić nakładające się kontigi i luki. ABACAS generuje plik porównawczy, który może
służyć do wizualizacji uporządkowanych i zorientowanych kontigów w ACT. Synteny jest reprezentowany przez kolor czerwony
słupki, w których intensywność koloru maleje wraz z niższymi wartościami procentu identyczności pomiędzy
porównywalne bloki. Informacje na temat kontigów, takie jak orientacja, procent identyczności,
pokrycie i nakładanie się na inne kontigi można również zwizualizować, ładując wynik
plik funkcji w ACT.
Używaj abaków online, korzystając z usług onworks.net
