Jest to polecenie ABYSS, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
Otchłań - łącz krótkie odczyty w kontigi
STRESZCZENIE
ABYSS [OPCJA] ... FILE...
OPIS
Zmontuj wszystkie pliki wejściowe, PLIK, które mogą być w formacie FASTA, FASTQ, qseq, eksport, SRA, SAM lub
BAM i może być skompresowany za pomocą gz, bz2 lub xz i może być tarowany.
Użytkownikom, którzy chcą uruchomić pełny montaż z ABySS, zaleca się użycie abyss-pe jako ich
punkt wejścia, a nie program ABYSS. abyss-pe to plik Makefile, który koordynuje wiele
narzędzi ABySS (w tym ABYSS) w celu uruchomienia pełnego rurociągu montażowego ABySS.
abyss-pe jest w stanie zrobić wiele rzeczy, którymi nie jest ABYSS, na przykład wykorzystać
informacje o odległości dostarczane przez odczyty sparowanych końców i odczyty par partnerów.
--czystość
odrzuć nieczyste odczyty [domyślne]
--nie-czystość
nie odrzucaj nieczystych lektur
--przycinanie-maskowane
przytnij zamaskowane podstawy od końców odczytów [domyślne]
--bez-maskowania-przycinania
nie odcinaj zamaskowanych podstaw od końców odczytów
-q, --jakość wykończenia=PRÓG
przycinaj podstawy z końców odczytów, których jakość jest niższa niż próg
-Q, --jakość maski=PRÓG
maskuj wszystkie zasady w odczytach, których jakość jest niższa niż próg
--standardowa jakość
jakość zerowa to `!' (33)
domyślne dla plików FASTQ i SAM
--jakość iluminy
jakość zerowa to `@' (64)
domyślnie dla plików qseq i eksportu
-o, --na zewnątrz=FILE
zapisz kontigi do PLIKU
-k, -- kmer=KMER_SIZE
rozmiar k-mer
-t, --długość przycięcia=TRIM_LENGTH
maksymalna długość wiszących krawędzi do przycięcia
-c, --zasięg=POKRYCIE
usunąć kontigi ze średnim pokryciem k-mer mniejszym niż ten próg
-b, --bąbelki=N
wypuszczaj bąbelki krótsze niż N bp (domyślnie: 3*k).
-b0, --bez-pęcherzyków
nie pękaj bąbelków
-e, --erodować=POKRYCIE
powodują erozję zasad na końcach tępych kontigów z pokryciem mniejszym niż ten próg
-E, --erode-strand=POKRYCIE
erodować podstawy na końcach tępych kontigów z pokryciem mniejszym niż ten próg
albo pasmo
--historia-pokrycia=FILE
zapisz histogram pokrycia k-mer w PLIKU
-g, --wykres=FILE
wygeneruj wykres w formacie kropkowym
-s, --przyp=FILE
zapisz pękające bąbelki w PLIKU
-v, --gadatliwy
wyświetl szczegółowe dane wyjściowe
--help wyświetlenie tego opisu i zakończenie
--wersja
Informacje o wersji i zakończ
Korzystaj z ABYSS online, korzystając z usług onworks.net
