Jest to polecenie alien_hunter, które można uruchomić w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
alien_hunter - Interpolowane motywy kolejności zmiennych do identyfikacji w poziomie
nabytego DNA
STRESZCZENIE
łowca_kosmitów [Opcje]
OPIS
Alien_hunter to aplikacja służąca do przewidywania domniemanego poziomego transferu genów
(HGT) z implementacją interpolowanych motywów zmiennych kolejności (IVOM). Jakiś
Podejście IVOM wykorzystuje błędy kompozycyjne, wykorzystując rozkłady motywów o zmiennym porządku
oddaje lokalny skład sekwencji w sposób bardziej niezawodny w porównaniu z sekwencją o ustalonym porządku
metody. Opcjonalnie przewidywania można poddać analizie w postaci ukrytego Markowa drugiego stanu o dwóch stanach
Model (HMM) w ramach wykrywania punktów zmian w celu optymalizacji lokalizacji
granice przewidywanych regionów. Prognozy (w formacie embl) mogą być wykonywane automatycznie
załadowany do przeglądarki genomu Artemis, dostępny bezpłatnie pod adresem:
http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.
WPISY: surowa sekwencja genomowa PRZEWIDYWANIE: regiony HGT oparte na interpolowanym porządku zmiennych
Argumenty motywów (IVOM):
surowa sekwencja genomowa
nazwa pliku danych wyjściowych
Argumenty opcjonalne:
-a, aby załadować plik przewidywań do Artemis
-c optymalizuj przewidywane granice za pomocą HMM drugiego rzędu z wykrywaniem punktu zmiany 2
Pliki wyjściowe:
przewidywania (plik karty) w formacie embl
.optować
zoptymalizowane przewidywania (HMM) (plik tab) w formacie embl
.działka
prognozy w formacie Artemis User Plot, które można załadować ręcznie za pomocą opcji Wykres -> Dodaj
Fabuła użytkownika...
.opt.działka
zoptymalizowane prognozy (HMM) w formacie Artemis User Plot, które można wczytać ręcznie
Wykres -> Dodaj wykres użytkownika...
.sco
wyniki we wszystkich przesuwanych oknach – w celu sprawdzenia rozkładu wyników
Uwaga: Prognozy, które pokrywają się z operonem rRNA, są wymienione w kwalifikatorze uwagi
Korzystaj z Alien_hunter online, korzystając z usług onworks.net
