To jest polecenie andi, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
andi - szacuje odległość ewolucyjną
STRESZCZENIE
andi [-jlv] [-b INT] [-p FLOAT] [-m MODEL] [-t INT] AKTA...
OPIS
andi szacuje odległość ewolucyjną pomiędzy blisko spokrewnionymi genomami. Dla tego andi
odczytuje sekwencje wejściowe z SZYBKI pliki i oblicza odległość zakotwiczenia parami. The
idea stojąca za tym została wyjaśniona w artykule Haubolda i in. (patrz poniżej).
WYDAJNOŚĆ
Wynikiem jest symetryczna macierz odległości FILIPA formacie, przy czym każdy wpis reprezentuje
rozbieżność z dodatnią liczbą rzeczywistą. Odległość zerowa oznacza, że są dwa ciągi
identyczne, podczas gdy inne wartości są szacunkami szybkości podstawienia nukleotydów (Jukes-
Cantor poprawił). Z przyczyn technicznych porównanie może się nie udać i nie można dokonać szacunków
obliczone. W takich sprawach nan jest drukowany. Oznacza to albo, że sekwencje wejściowe były
zbyt krótki (<200 pz) lub zbyt zróżnicowany (K>0.5), aby nasza metoda działała prawidłowo.
OPCJE
-B, --bootstrap
Oblicz wiele macierzy odległości za pomocą n-1 ładowany od pierwszego. Zobacz
w artykule Klötzl i Haubold (2016, w recenzji) w celu uzyskania szczegółowych wyjaśnień.
-j, --Przystąp
Użyj tego trybu, jeśli każdy z Twoich SZYBKI pliki reprezentują jeden zestaw z wieloma
kontigowie. andi następnie potraktuje wszystkie zawarte w pliku sekwencje jako pojedynczą
genom. W tym trybie co najmniej jedna nazwa pliku musi zostać podana w wierszu poleceń
argumenty. W przypadku danych wyjściowych nazwa pliku służy do identyfikacji każdej sekwencji.
-l, --słaba pamięć
W trybie wielowątkowym andi wymaga pamięci liniowej w stosunku do ilości wątków. The
tryb małej pamięci zmienia to na stałe zapotrzebowanie, niezależne od używanej liczby
wątków. Niestety wiąże się to ze znacznymi kosztami czasu działania.
-m, --Model
Obsługiwane są różne modele ewolucji nukleotydów. Domyślnie Jukes-Cantor
stosowana jest korekta.
-p
Znaczenie pary kotwic; domyślnie: 0.05.
-t
Liczba wątków do wykorzystania; domyślnie używane są wszystkie dostępne procesory.
Wielowątkowość jest dostępna tylko wtedy, gdy andi został skompilowany z obsługą OpenMP.
-v, --gadatliwy
Drukuje dodatkowe informacje. Zastosuj kilka razy, aby uzyskać dodatkową gadatliwość.
-h, --help
Drukuje streszczenie i objaśnienie dostępnych opcji.
--wersja
Wyświetla informacje o wersji i potwierdzenia.
PRAWA AUTORSKIE
Copyright © 2014, 2015 Fabian Klötzl Licencja GPLv3+: GNU GPL wersja 3 lub nowsza.
To jest wolne oprogramowanie: możesz je zmieniać i rozpowszechniać. NIE MA GWARANCJI,
w zakresie dozwolonym przez prawo. Pełny tekst licencji jest dostępny pod adresem
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
PODZIĘKOWANIA
1) andi: Haubold, B. Klötzl, F. i Pfaffelhuber, P. (2015). andi: Szybko i dokładnie
szacowanie odległości ewolucyjnych pomiędzy blisko spokrewnionymi genomami
2) Algorytmy: Ohlebusch, E. (2013). Algorytmy bioinformatyczne. Analiza sekwencji, genom
Przegrupowania i rekonstrukcja filogenetyczna. s. 118f.
3) Konstrukcja SA: Mori, Y. (2005). Krótki opis ulepszonego przyrostka dwustopniowego
algorytm sortowania. http://homepage3.nifty.com/wpage/software/itssort.txt
Korzystaj z andi online, korzystając z usług onworks.net
