kulki - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

kulki - preprocesor modeli wypełniających przestrzeń w pakiecie grafiki molekularnej Raster3D

STRESZCZENIE

kulki [-h]

Kule odczytuje plik opisujący kolory atomów i/lub plik współrzędnych PDB i tworzy
plik zawierający rekordy deskryptora Raster3D dla każdego atomu w pliku wejściowym. Plik
wyprodukowany przez kulki może być podawany bezpośrednio do oddać lub może być połączony z deskryptorem
pliki utworzone przez inne narzędzia Raster3D.

PRZYKŁADY

Aby opisać prosty model wypełniający przestrzeń pokolorowany według typu pozostałości:

kot mojekolory.pdb białko.pdb | kulki | render > moje zdjęcie.png

Aby dołączyć wstępnie wybraną macierz widoków z tym samym modelem:

cp widok1.macierz konfiguracja.macierz
kot mojekolory.pdb białko.pdb | kulki | render > moje zdjęcie.png

Aby dodać na początku rekordy nagłówka opisujące wstępnie wybraną skalę i widok:

kot mojekolory.pdb białko.pdb | kulki -h > kulki.r3d
kot header.r3d kulki.r3d | render > moje zdjęcie.png

OPCJE

-h

Pomiń rekordy nagłówka w danych wyjściowych. Domyślnie kulki wygeneruje plik wyjściowy, który
zaczyna się od rekordów nagłówka zawierających domyślny zestaw opcji skalowania i przetwarzania.
Połączenia -h flaga wyłączy te rekordy nagłówkowe, tak że plik wyjściowy będzie zawierał tylko
deskryptory sfer. Ta opcja jest przydatna do tworzenia plików opisujących tylko część
sceny, które mają być później połączone z plikami deskryptorów stworzonymi przez inne
programy.

OPIS

Wejście do kulki składa się z jednego pliku tekstowego zawierającego informacje o kolorze i atomic
współrzędne w formacie banku danych PDB. Współrzędne są wyprowadzane jako deskryptor Raster3D
rekordy z kolorami i promieniami sfery przypisanymi zgodnie z opisanymi rekordami COLO
poniżej. Domyślnie atomy mają przypisane kolory CPK. Domyślnie plik wyjściowy zawiera
zestaw rekordów nagłówka zgodnie z wymaganiami oddać program. Nagłówek jest skonstruowany tak, aby
zawierać macierz TMAT odpowiadającą macierzy transformacji zawartej w pliku
konfiguracja.macierz (jeśli istnieje) lub do kątów Eulera zawartych w pliku setup.kąty (gdyby
istnieje).

Kolory są przypisywane do atomów za pomocą procesu dopasowywania, przy użyciu rekordów COLOR dodanych do
wejściowy plik PDB. Raster3D używa rekordu pseudo-PDB z COLO w pierwszych 4
kolumny:

kolumny

1 - 4 KOLORY

7 - 30 Maska (opisana poniżej)

31 - 38 Czerwony składnik

39 - 46 Zielony składnik

47 - 54 Składnik niebieski

55 - 60 promień van der Waalsa w Angstremach

61 - 80 Komentarze

Zwróć uwagę, że komponenty czerwony, zielony i niebieski znajdują się w tych samych pozycjach co X, Y i Z
elementy rekordu ATOM lub HETA, a promień van der Waalsa zastępuje
Okupacja. Wszystkie składniki czerwony, zielony i niebieski muszą znajdować się w zakresie od 0 do 1.

Pole Mask jest używane w procesie dopasowywania w następujący sposób. Najpierw program wczytuje i
przechowuje wszystkie rekordy ATOM, HETA i COLOR w kolejności wprowadzania. Potem przechodzi przez każdy
przechowywane kolejno rekordy ATOM/HETA i wyszukuje rekord KOLOR, który pasuje do
Rekord ATOM/HETA we wszystkich kolumnach od 7 do 30. Pierwszy znaleziony rekord KOLORÓW
określa kolor i promień atomu.

Aby jeden rekord COLOR mógł zapewnić specyfikacje koloru i promienia dla więcej niż
jeden atom (np. na podstawie reszty lub typu atomu lub dowolnego innego kryterium, dla którego etykiety mogą:
być podane gdzieś w kolumnach od 7 do 30), symbol „#” jest używany jako symbol wieloznaczny. To znaczy
# w rekordzie COLOR pasuje do dowolnego znaku w odpowiedniej kolumnie w ATOM lub HETA
nagrywać. Wszystkie inne znaki muszą pasować dosłownie, aby liczyć się jako dopasowanie. Zwróć uwagę, że
ostatni rekord COLO na wejściu powinien mieć symbole # we wszystkich kolumnach od 7 do 30 cali
aby podać kolor dla dowolnego atomu, którego rekord ATOM/HETA nie pasuje do żadnego poprzedniego
Rekord KOLORÓW. Ten pomysł na dopasowanie masek do specyfikacji kolorów wynika z Colin
Sprowadzony.

Kilka plików płyt COLOR, w tym jeden oparty na „Shapely Models” Boba Flettericka
i inne naśladujące części modelu CPK są dostarczane jako próbki.

ŚRODOWISKO

Pliki setup.matrix i setup.angles, jeśli istnieją, wpływają na
rekordy nagłówkowe produkowane przez kulki.

ŹRÓDŁO

anonimowy ftp strona www:
ftp.bmsc.washington.edu

sieć URL:
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html

kontakt:
Ethan Merritt
University of Washington, Seattle, WA 98195
[email chroniony]

Używaj piłek online za pomocą usług onworks.net