To jest polecenie bio-tęcza, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu darmowych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
rainbow - strona podręcznika dla rainbow 2.0.4 --[email chroniony], [email chroniony]>
STRESZCZENIE
tęcza [Opcje]
OPIS
tęcza 2.0.4 -- <[email chroniony], [email chroniony]>
grupa
Format pliku wejściowego: sparowany plik(i) fasta/fastq Format pliku wyjściowego:
\T \T \T
-1 Wprowadź plik fasta/fastq, obsługuje wiele „-1”
-2 Wprowadź plik fasta/fastq, obsługuje wiele '-2' [null]
-l
Długość odczytu, domyślnie: 0 zmienna
-m
Maksymalne niedopasowania [4]
-e
Dokładnie dopasowany próg [2000]
-L Niski poziom polimorfizmu
div
Format pliku wejściowego: \T \T \T Wyjście
Format pliku:
\T \T \T [\T ]
-i Plik wejściowy [stdin]
-o Plik wyjściowy [stdout]
-k
K_allele, min warianty do stworzenia nowej grupy [2]
-K
K_allele, dziel niezależnie od częstotliwości, gdy liczba wariantów przekracza tę wartość
[50]
-f
Częstotliwość, minimalna częstotliwość wariantu do utworzenia nowej grupy [0.2]
łączyć
Format pliku wejściowego:
\T \T \T [\T ]
-i Wejściowy plik wyjściowy rbasm [stdin]
-a zespół wyjściowy
-o Plik wyjściowy dla połączonych kontigów, jeden wiersz na klaster [stdout]
-N
Maksymalna liczba podzielonych klastrów do połączenia [300]
-l
Minimalne nakładanie się przy montażu dwóch odczytów (ważne tylko wtedy, gdy '-a' jest otwarte) [5]
-f
Minimalny ułamek podobieństwa podczas montażu (ważne tylko wtedy, gdy '-a' jest otwarte)
[0.90]
-r
Minimalna liczba odczytów do złożenia (ważne tylko wtedy, gdy '-a' jest otwarte) [5]
-R
Maksymalna liczba odczytów do asemblacji (ważne tylko wtedy, gdy '-a' jest otwarte) [300]
Użycie: tęcza [opcje]
grupa
Format pliku wejściowego: sparowany plik(i) fasta/fastq Format pliku wyjściowego:
\T \T \T
-1 Wprowadź plik fasta/fastq, obsługuje wiele „-1”
-2 Wprowadź plik fasta/fastq, obsługuje wiele '-2' [null]
-l
Długość odczytu, domyślnie: 0 zmienna
-m
Maksymalne niedopasowania [4]
-e
Dokładnie dopasowany próg [2000]
-L Niski poziom polimorfizmu
div
Format pliku wejściowego: \T \T \T Wyjście
Format pliku:
\T \T \T [\T ]
-i Plik wejściowy [stdin]
-o Plik wyjściowy [stdout]
-k
K_allele, min warianty do stworzenia nowej grupy [2]
-K
K_allele, dziel niezależnie od częstotliwości, gdy liczba wariantów przekracza tę wartość
[50]
-f
Częstotliwość, minimalna częstotliwość wariantu do utworzenia nowej grupy [0.2]
łączyć
Format pliku wejściowego:
\T \T \T [\T ]
-i Wejściowy plik wyjściowy rbasm [stdin]
-a zespół wyjściowy
-o Plik wyjściowy dla połączonych kontigów, jeden wiersz na klaster [stdout]
-N
Maksymalna liczba podzielonych klastrów do połączenia [300]
-l
Minimalne nakładanie się przy montażu dwóch odczytów (ważne tylko wtedy, gdy '-a' jest otwarte) [5]
-f
Minimalny ułamek podobieństwa podczas montażu (ważne tylko wtedy, gdy '-a' jest otwarte)
[0.90]
-r
Minimalna liczba odczytów do złożenia (ważne tylko wtedy, gdy '-a' jest otwarte) [5]
-R
Maksymalna liczba odczytów do asemblacji (ważne tylko wtedy, gdy '-a' jest otwarte) [300]
Korzystaj z bio-tęczy online, korzystając z usług onworks.net
