blast2 - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast, rpsblast,
seedtop — podstawowe narzędzie wyszukiwania wyrównania lokalnego

STRESZCZENIE

bl2sekw [-] [-A] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I "początek Zatrzymaj się"] [-J "początek Zatrzymaj się"] [-M str]
[-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X] [-a filename] [-d N] [-e X] [-g F] -i filename
-j filename [-m] [-o filename] -p str [-q N] [-r N] [-t N]

wybuch2 [-] [-B N] [-D N] [-C x] [-E N] [-F str] [-G N] [-H] [-I "początek Zatrzymaj się"]
[-J "początek Zatrzymaj się"] [-K N] [-L] [-M str] [-N] [-P X] [-Q N] [-R] [-S N] [-T N] [-W N] [-X N]
[-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c] [-d str] [-e X] [-f X] [-g] [-h N] [-i filename]
[-j filename] [-k str] [-m N] [-n] [-o filename] -p str [-q N] [-r N] [-S] [-T N] [-u]
[-w N] [-w N] [-y N] [-z N]

wybuch [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L zacząć zakończyć] [-M str] [-O filename] [-P N] [-Q N] [-R filename] [-S] [-T] [-U] [-V]
[-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i filename]
[-l str] [-m N] [-n] [-o filename] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X]
[-z X]

blastall_stary [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L zacząć zakończyć] [-M str] [-O filename] [-P N] [-Q N] [-R filename] [-S] [-T] [-U] [-W N]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i filename] [-l str]
[-m N] [-n] [-o filename] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

wybuch3 [-] [-A N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-L zacząć zakończyć]
[-M str] [-O filename] [-Q N] [-R] [-S] [-T] [-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N]
[-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i filename] [-m N] [-n] [-o filename] -p str [-q N]
[-r N] [-s] [-t N] [-u str] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

blastpgp [-] [-A N] [-B filename] [-C filename] [-E N] [-F T] [-G N] [-H N] [-I] [-J]
[-K N] [-L N] [-M str] [-N X] [-O filename] [-P N] [-Q filename] [-R filename] [-S N] [-T]
[-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c N] [-d str] [-e X] [-f N] [-h X]
[-i filename] [-j N] [-k filename] [-l str] [-m N] [-o filename] [-p str] [-q N] [-s]
[-t N[u]] [-u N] [-v N] [-y X] [-z N]

impala [-] [-E N] [-F str] [-G N] [-H] [-I] [-J] [-M str] [-O filename] [-P filename]
[-a N] [-b N] [-c N] [-d str] [-e X] [-h X] [-i filename] [-j N] [-m N] [-o filename]
[-v N] [-y X] [-z N]

mega wybuch [-] [-A N] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-H N] [-I] [-J] [-L zacząć zakończyć] [-M N]
[-N N] [-O filename] [-P N] [-Q filename] [-R] [-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X]
[-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f] [-g F] [-i filename] [-l str] [-m N] [-n]
[-o filename] [-p X] [-q N] [-r N] [-t N] [-s N] [-v N] [-y N] [-z X]

rpsblast [-] [-F str] [-I] [-J] [-L zacząć zakończyć] [-N X] [-O filename] [-P N] [-T] [-U]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] -d filename [-e X] [-i filename] [-l filename] [-m N]
[-o filename] [-p F] [-v N] [-y X] [-z N]

wierzchołek nasion [-] [-C N] [-D N] [-E N] [-F] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-M str] [-O filename]
[-S N] [-X N] [-d str] [-e X] [-f] [-i filename] [-k filename] [-o filename] [-p str]
[-q N] [-r N]

OPIS

Ta strona podręcznika opisuje pokrótce polecenia bl2sekw, podmuch, wybuch, wybuch3,
blastpgp, impala, mega wybuch, rpsblast, wierzchołek nasion. Te polecenia są udokumentowane
razem, ponieważ mają wiele wspólnych opcji.

bl2sekw wykonuje porównanie między dwiema sekwencjami za pomocą blastn lub blastp
algorytm. Obie sekwencje muszą być nukleotydami lub białkami.

wybuch2 porównuje sekwencję z lokalną bazą danych lub drugą sekwencją; to
zawiera większość funkcjonalności obu bl2sekw i wybuch, ale używa pół-
eksperymentalny nowy silnik wewnętrzny.

wybuch i blastall_stary znajdź najlepsze dopasowania w lokalnej bazie danych dla sekwencji.
wybuch używa nowszego silnika niż blastall_stary domyślnie, ale obsługuje używanie starszego
również silnik (po wywołaniu z opcją -V F).

wybuch3 ma dostęp do najnowszej wyszukiwarki NCBI BLAST (wersja 2.0). Oprogramowanie za
BLAST w wersji 2.0 został napisany od podstaw, aby umożliwić BLAST radzenie sobie z nowymi wyzwaniami
stawiane przez bazy danych sekwencji w nadchodzących latach. Aktualizacje tego oprogramowania będą
kontynuować w nadchodzących latach.

blastpgp wykonuje wyszukiwania z przerwami blastp i może być używany do wykonywania wyszukiwania iteracyjnego w
tryb psi-blast i phi-blast.

impala przeszukuje bazę macierzy scoringowych, przygotowaną przez naśladowca(1), produkujący podobny do BLAST
wyjście.

mega wybuch wykorzystuje algorytm zachłanny Webba Millera i in. dla sekwencji nukleotydowej
wyszukiwanie wyrównania i łączy wiele zapytań, aby zaoszczędzić czas poświęcony na skanowanie bazy danych.
Ten program jest zoptymalizowany do wyrównywania sekwencji, które różnią się nieznacznie w wyniku
sekwencjonowanie lub inne podobne „błędy”. Jest do 10 razy szybszy niż bardziej powszechny
programy do porównywania sekwencji i dlatego mogą być używane do szybkiego porównywania dwóch dużych zestawów
sekwencji ze sobą.

rpsblast (Reverse PSI-BLAST) przeszukuje sekwencję zapytań w bazie danych profili.
Jest to przeciwieństwo PSI-BLAST, które przeszukuje profil w bazie danych sekwencji,
stąd „Rewers”. rpsblast używa algorytmu podobnego do BLAST, wyszukując pojedyncze lub podwójne słowo
trafień, a następnie wykonanie niezakończonego rozszerzenia na tych kandydujących dopasowaniach. Jeśli
uzyskuje się wystarczająco wysoko punktowane wyrównanie bez otworów, wykonywane jest przedłużenie z przerwami
oraz te (przerwane) linie trasowania o wystarczająco niskiej wartości oczekiwanej są zgłaszane. Ten
procedura jest w przeciwieństwie do IMPALA, która wykonuje obliczenia Smitha-Watermana między
zapytanie i każdy profil, zamiast używać podejścia polegającego na trafieniu w słowo w celu zidentyfikowania dopasowań, które
powinna zostać przedłużona.

wierzchołek nasion odpowiada na dwa stosunkowo proste pytania:
1. Mając sekwencję i bazę wzorców, jakie wzorce występują w sekwencji
oraz gdzie?
2. Mając wzorzec i bazę danych sekwencji, które sekwencje zawierają wzorzec i
gdzie?

Niektóre z tych poleceń obsługują wiele typów porównań, zarządzanych przez -p
("program") flaga:

blastp porównuje sekwencję zapytania aminokwasowego z bazą danych sekwencji białkowych.

blastn porównuje sekwencję zapytania nukleotydów z bazą danych sekwencji nukleotydów.

blastx porównuje sześcioklatkowe produkty konceptualnej translacji zapytania nukleotydowego
sekwencja (obie nici) względem bazy danych sekwencji białek. Do bl2sekwThe
nukleotyd powinien być pierwszą podaną sekwencją.

psitblastn porównuje sekwencję zapytania białkowego z bazą danych sekwencji nukleotydowych
dynamicznie tłumaczone we wszystkich sześciu ramkach odczytu (obie nici) za pomocą a
macierz specyficzna dla pozycji stworzona przez PSI-BLAST.

tblastn porównuje sekwencję zapytania białkowego z bazą danych sekwencji nukleotydowych
dynamicznie tłumaczone we wszystkich sześciu ramkach odczytu (obie nici). Do bl2sekw,
nukleotyd powinien być drugą podaną sekwencją.

tblastx porównuje translacje sześciu ramek sekwencji zapytania nukleotydowego z
sześcioramkowe translacje bazy danych sekwencji nukleotydowych.

OPCJE

Podsumowanie opcji znajduje się poniżej.

- Wydrukuj wiadomość o użyciu

-A (bl2sek)
Sekwencje wejściowe w postaci access.version

-A N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast)
Rozmiar okna wielu trafień; ogólnie domyślnie 0 (dla rozszerzeń z jednym trafieniem), ale
domyślnie 40 w przypadku korzystania z nieciągłych szablonów.

-B N (wybuch2)
Twórz wydruki w locie:
0 brak (domyślnie)
1 tabela offsetów i wartości jakościowych
2 dodaj dane sekwencji
3 tekst ASN.1
4 binarne ASN.1

-B N (blastall, blastall_stary)
Liczba połączonych zapytań w trybie blastn lub tblastn

-B filename (błyskawicznie)
Wejściowy plik wyrównania dla ponownego uruchomienia PSI-BLAST

-C X (blast2, blastall, blastall_stary, blastcl3)
Użyj statystyk opartych na składzie dla blastp lub tblastn:
T, t, D lub d
Domyślny (odpowiednik 1 dla wybuch2 i blastall_stary i 2 dla wybuch
i wybuch3)
0, F lub f
Brak statystyk opartych na składzie
1 Statystyka oparta na składzie jak w Nar 29:2994-3005, 2001
2 Korekta punktacji na podstawie kompozycji, jak w Bioinformatyka 21:902-911, 2005,
uwarunkowane właściwościami sekwencji
3 Korekta punktacji na podstawie kompozycji, jak w Bioinformatyka 21:902-911, 2005,
bezwarunkowo
Po włączeniu statystyk w blastall, blastall_old lub blastcl3 (tj., a nie wybuch2),
dołączanie u (niewrażliwy na wielkość liter) w trybie umożliwia użycie ujednoliconych wartości p
łączenie wyrównania i kompozycyjnych wartości p tylko w rundzie 1.

-C filename (błyskawicznie)
Plik wyjściowy dla punktów kontrolnych PSI-BLAST

-C N (wierzchołek)
Tylko ocena lub nie (domyślnie = 1)

-D N (bl2sek)
Format wyjściowy:
0 tradycyjnych (domyślnie)
1 tabelaryczny

-D N (blast2, blastall, blastall_stary, blastcl3)
Tłumacz sekwencje w bazie danych zgodnie z kodem genetycznym N in
/usr/share/ncbi/data/gc.prt (domyślnie 1; dotyczy tylko tblast*)

-D N (megablast)
Rodzaj wyjścia:
0 punktów końcowych wyrównania i wyniku
1 wszystkie niewypełnione punkty końcowe segmentów
2 tradycyjne wyjścia BLAST (domyślnie)
3 rozdzielone tabulatorami format jednej linii
4 przyrostowy tekst ASN.1
5 przyrostowych binarnych ASN.1

-D N (wierzchołek)
Spadek kosztów do wyrównania (domyślnie = 99999)

-E N (bl2seq, blastcl3, megablast)
Zwiększenie kosztów luki N (-1 wywołuje domyślne zachowanie)

-E N (blast2, blastall, blastall_stary)
Zwiększenie kosztów luki N (-1 wywołuje domyślne zachowanie: niepodobne, jeśli zachłanne, 2
Inaczej)

-E N (blastpgp, impala, wierzchołek nasion)
Zwiększenie kosztów luki N (domyślnie 1)

-F str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastpgp,
blastcl3, impala, megablast, rpsblast) Opcje filtrów dla DUST lub SEG; domyślnie
T dla bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3 i megablast oraz do F dla
blastpgp, impala i rpsblast.

-F (wierzchołek)
Sekwencja filtrów z SEG.

-G N (bl2seq, blastcl3, megablast)
Koszty otwarcia luki N (-1 wywołuje domyślne zachowanie)

-G N (blast2, blastall, blastall_stary)
Koszty otwarcia luki N (-1 wywołuje domyślne zachowanie: niepodobne, jeśli zachłanne, 5 jeśli
za pomocą programowania dynamicznego)

-G N (blastpgp, impala, wierzchołek nasion)
Koszty otwarcia luki N (domyślnie 11)

-H (wybuch2)
Twórz dane wyjściowe HTML

-H N (błyskawicznie)
Koniec wymaganego regionu w zapytaniu (-1 oznacza koniec zapytania)

-H (impala)
Wydrukuj pomoc (inną niż komunikat dotyczący użytkowania)

-H N (megablast)
Maksymalna liczba HSP do zapisania na sekwencję bazy danych (domyślnie 0, nieograniczona)

-I "początek Zatrzymaj się" (bl2seq, blast2)
Lokalizacja w pierwszej (zapytaniu) sekwencji (dotyczy tylko, jeśli plik określony za pomocą -i zawiera
pojedyncza sekwencja)

-I (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) Pokaż oznaczenia geograficzne w deflines

-J "początek Zatrzymaj się" (bl2seq, blast2)
Lokalizacja w drugiej (temacie) sekwencji (dotyczy tylko plików określonych za pomocą -j
zawiera jedną sekwencję)

-J (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) Uwierz w zapytanie defline

-K N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
Liczba najlepszych trafień z regionu do zachowania. Domyślnie wyłączone. W przypadku użycia wartość 100
jest polecany. Bardzo wysokie wartości -v or -b są również sugerowane.

-K N (wierzchołek)
Mnożnik rozmiaru wewnętrznego buforu trafień (długość zapytania wrt; domyślnie = 2)

-L (wybuch2)
Użyj (klasycznej Mega BLAST) tabeli przeglądowej o szerokości 12

-L zacząć zakończyć (blastall, blastall_old, blastcl3, megablast,
rpsblast) Lokalizacja w sekwencji zapytania (dla rpsblast, ważne tylko w trybie blastp)

-M str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, seedtop) Użyj macierzy str (domyślnie = BLOSUM62)

-M N (megablast)
Maksymalna łączna długość zapytań dla pojedynczego wyszukiwania (domyślnie = 5000000)

-N (wybuch2)
Pokaż tylko akcesje dla identyfikatorów sekwencji w danych wyjściowych tabelarycznych

-N X (blastpgp, rpsblast)
Liczba bitów wyzwalających luki (domyślnie = 22.0)

-N N (megablast)
Typ nieciągłego szablonu słowa:
0 kodowania (domyślnie)
1 optymalny
2 dwa jednocześnie

-O filename (blastall, blastall_stary, blastcl3,
blastpgp, impala, megablast, rpsblast, seedtop) Zapisz (ASN.1) wyrównania sekwencji
do filename; ważne tylko dla blastpgp, impala, rpsblast i seedtop z -J,
ważne tylko dla megablastów z -D2.

-P X (wybuch2)
Odcięcie procentu tożsamości

-P N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, rpsblast)
Ustaw na 1 dla trybu pojedynczego trafienia lub 0 dla trybu wielokrotnego trafienia (domyślnie). Nie dotyczy
wybuchnąć.

-P filename (impala)
Odczytaj profile macierzy z bazy danych filename

-P N (megablast)
Maksymalna liczba pozycji dla wartości skrótu (ustaw na 0 [domyślnie], aby zignorować)

-Q N (blast2, blastall, blastall_stary, blastcl3)
Przetłumacz zapytanie zgodnie z kodem genetycznym N w /usr/share/ncbi/data/gc.prt (domyślnie
jest 1)

-Q filename (błyskawicznie)
Plik wyjściowy dla macierzy PSI-BLAST w ASCII

-Q filename (megablast)
Zamaskowane wyjście zapytania; wymaga -D 2

-R (wybuch2)
Oblicz lokalnie optymalne wyrównania Smitha-Watermana. (Ta opcja jest dostępna tylko
dla przerwanych tblastn.)

-R filename (blastall, blastall_stary)
Przeczytaj plik punktu kontrolnego PSI-TBLASTN filename

-R (wybuch 3)
Wyszukiwanie RPS Blast

-R filename (błyskawicznie)
Plik wejściowy do ponownego uruchomienia PSI-BLAST

-R (megablast)
Zgłoś informacje z dziennika na końcu danych wyjściowych

-S N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast) Zapytanie nici do wyszukiwania w bazie danych dla blastn, blastx, tblastx:
Top 1
2 dolne
3 oba (domyślnie)

-S N (błyskawicznie)
Początek żądanego regionu w zapytaniu (domyślnie = 1)

-S N (wierzchołek)
Koszt odcięcia (domyślnie = 30)

-T (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) Tworzenie danych wyjściowych HTML

-T N (wybuch2)
Typ nieciągłego szablonu słowa:
0 kodowania (domyślnie)
1 optymalny
2 dwa jednocześnie

-U (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) Użyj filtrowania małymi literami dla sekwencji zapytania

-V (bl2seq, blastall, megablast)
Wymuś użycie starszego silnika

-V (wybuch2)
Użyj podejścia o zmiennej wielkości słowa do skanowania bazy danych

-W N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) Używaj słów wielkości N (długość najlepszego idealnego dopasowania;
zero wywołuje domyślne zachowanie, z wyjątkiem megablast, który domyślnie wynosi 28, i
blastpgp, który domyślnie wynosi 3. Domyślne wartości dla innych poleceń różnią się w zależności od
"program": 11 na blastn, 28 na megablast i 3 na wszystko inne.)

-X N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast, seedtop) Wartość X dropoff dla wyrównania z przerwami (in
bitów) (zero wywołuje domyślne zachowanie, z wyjątkiem megablast, który domyślnie wynosi 20,
oraz rpsblast i seedtop, które domyślnie mają wartość 15. Domyślne wartości dla pozostałych
polecenia różnią się w zależności od „program”: 30 dla blastn, 20 dla megablast, 0 dla tblastx i
15 na wszystko inne.)

-Y X (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) Efektywna długość przestrzeni wyszukiwania (użyj zero dla
prawdziwy rozmiar)

-Z N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
megablast, rpsblast) Wartość X dropoff dla końcowego [programowania dynamicznego?] przerwana
wyrównanie w bitach (domyślnie 100 dla blastn i megablast, 0 dla tblastx, 25 dla
inni)

-a filename (bl2sek)
Wpisz tekst wyjściowy ASN.1 do filename

-a N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Liczba wątków do użycia (domyślnie jeden)

-b N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Liczba sekwencji bazy danych do pokazania dopasowania dla
(B) (domyślnie 250)

-c (wybuch2)
Maska małymi literami

-c N (impala)
Stała w pseudocounts dla wersji wieloprzebiegowej; 0 (domyślnie) używa metody entropii;
w przeciwnym razie zalecana jest wartość zbliżona do 30

-c N (impala)
Stała w pseudolicznikach dla wersji wieloprzebiegowej (domyślnie 10)

-d N (bl2sek)
Użyj teoretycznego rozmiaru DB N (zero oznacza rzeczywisty rozmiar)

-d str (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, seedtop) Baza danych do użycia (domyślnie nr dla wszystkich plików wykonywalnych)
z wyjątkiem blast2, który wymaga drugiej sekwencji FASTA, jeśli nie jest ustawiona)

-d filename (rps podmuch)
Baza danych RPS BLAST

-e X Wartość oczekiwana (E) (domyślnie = 10.0)

-f X (blast2, blastall, blastall_stary, blastcl3)
Próg dla przedłużających się trafień, domyślnie zero: 0 dla blastn i megablast, 11 dla
blastp, 12 dla blastx i 13 dla tblasn i tblastx.

-f N (błyskawicznie)
Próg przedłużania trafień (domyślnie 11)

-f (megablast)
Pokaż pełne identyfikatory w danych wyjściowych (domyślnie: tylko GI lub akcesje)

-f (wierzchołek)
Wymuś wyszukiwanie wzorców, nawet jeśli są zbyt prawdopodobne

-g F (bl2sekwencja, blastall, blastall_stary, blastcl3)
Nie wykonuj wyrównania z przerwami (nie dotyczy tblastx)

-g (wybuch2)
Użyj zachłannego algorytmu dla rozszerzeń z przerwami

-g F (megablast)
Spraw, aby nieciągły megablast generował słowa dla każdej bazy bazy danych
(obowiązkowe przy obecnym silniku BLAST)

-h N (wybuch2)
Kara za przesunięcie ramki za przerwy poza ramką (tylko blastx, tblastn; domyślnie
zero)

-h X (blastpgp, impala)
Próg wartości e do włączenia do modelu wieloprzebiegowego (domyślnie = 0.002 dla blastpgp,
0.005 dla impali)

-i filename
Odczytaj (pierwszą, zapytanie) sekwencję lub ustaw z filename (domyślnie jest stdin; nie jest potrzebne do
blastpgp w przypadku ponownego uruchomienia z scoremat)

-j filename (bl2sekw., podmuch2)
Przeczytaj drugą (temat) sekwencję lub zestaw z filename

-j N (błyskawicznie)
Maksymalna liczba przebiegów do wykorzystania w wersji wieloprzebiegowej (domyślnie = 1)

-k str (wybuch2)
Wzór dla PHI-BLAST

-k filename (blastpgp, wierzchołek nasion)
Wejściowy plik trafienia dla PHI-BLAST (domyślnie = hit_file)

-l str (blastall, blastall_old, blastpgp, megablast)
Ogranicz przeszukiwanie bazy danych do listy GI [String]

-l filename (rps podmuch)
Zapisuj wiadomości do filename zamiast błędu standardowego.

-m (bl2sek)
Użyj Mega Blast do wyszukiwania

-m N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) opcje widoku wyrównania:
0 parami (domyślnie)
1 zakotwiczone w zapytaniu pokazujące tożsamości
2 zapytania zakotwiczone, brak tożsamości
3 płaskie zapytania zakotwiczone, pokaż tożsamości
4 płaskie zapytania zakotwiczone, brak tożsamości
5 zakotwiczonych zapytań, brak tożsamości i tępe końce
6 płaskich zapytań zakotwiczonych, bez tożsamości i tępych końcówek
7 Wyjście XML Blast (niedostępne dla impala)
8 tabelaryczne (niedostępne dla impali)
9 tabelarycznych z wierszami komentarza (niedostępne dla impali)
10 tekst ASN.1 (niedostępny dla impala lub rpsblast)
11 Binarny ASN.1 (niedostępny dla impala lub rpsblast)

-n (wybuch2)
Pokaż oznaczenia geograficzne w identyfikatorach sekwencji

-n (blastall, blastall_stary, blastcl3)
Wyszukiwanie MegaBlast

-n (megablast)
Użyj rozszerzenia non-greedy (programowanie dynamiczne) dla wyników luk afinicznych

-o filename
Napisz końcowy raport z wyrównania do filename zamiast stdout

-p str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_stary, blastcl3)
Użyj "programu" (rodzaj porównania) str, OPIS sekcja obejmuje to
opcja bardziej szczegółowo.

-p str (błyskawicznie)
opcja programu dla PHI-BLAST (domyślnie = blastpgp)

-p X (megablast)
Odcięcie procentowe tożsamości (domyślnie = 0)

-p F (rps podmuch)
Sekwencja zapytania to nukleotyd, a nie białko

-p str (wierzchołek)
Nazwa programu:
patmatchp wskazuje, które wzorce występują w sekwencji
patternp wskazuje, które sekwencje zawierają wzorzec

-q N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) Kara za niedopasowanie nukleotydów (tylko blastn) (domyślnie = -10
za wierzch nasion, -3 za wszystko inne)

-q N (błyskawicznie)
ASN.1 Scoremat wprowadzanie danych punktów kontrolnych:
0 brak danych wejściowych scoremat (domyślnie)
1 restart z pliku punktu kontrolnego ASCII scoremat
2 restart z binarnego pliku punktu kontrolnego scoremat

-r N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) Nagroda za dopasowanie nukleotydów (tylko blastn) (domyślnie = 10 dla
seedtop, -10 za wszystko inne)

-s (wybuch2)
No-op (wcześniej żądano generowania słów dla każdej bazy bazy danych)

-s (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
Oblicz lokalnie optymalne wyrównania Smitha-Watermana. Dla blastall, blastall_old i
blastcl3, jest to dostępne tylko w trybie tblastn z przerwami.

-s N (megablast)
Minimalny wynik trafienia do zgłoszenia (0 dla zachowania domyślnego)

-t N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_stary, blastcl3)
Długość niesąsiadującego szablonu słowa (największy dozwolony w tłumaczeniu intron
sekwencja nukleotydów przy łączeniu wielu różnych przyporządkowań; domyślnie = 0;
wartości ujemne wyłączają łączenie dla blastall, blastall_old i blastcl3.)

-t N[u] (wybuch-pgp)
Korekta punktacji na podstawie kompozycji. Pierwszy znak jest interpretowany w następujący sposób:
0, F lub f
brak statystyk opartych na składzie
1 statystyka oparta na składzie jak w Nar 29:2994-3005, 2001
2, T lub t
korekta punktacji w oparciu o kompozycję jak w Bioinformatyka 21:902-911, 2005,
uwarunkowane właściwościami sekwencji w rundzie 1 (domyślnie)
3 korekta punktacji w oparciu o kompozycję jak w Bioinformatyka 21:902-911, 2005,
bezwarunkowo w rundzie 1

Gdy używane są statystyki oparte na składzie, dołączanie u (wielkość liter nie jest rozróżniana) na
argument żąda ujednoliconej wartości p łączącej dopasowanie wartości p i kompozycyjnej wartości p
wartość tylko w rundzie 1.

-t N (megablast)
Długość nieciągłego szablonu słowa (słowo ciągłe, jeśli 0 [domyślnie])

-u (wybuch2)
Wykonuj tylko wyrównanie bez użycia (zawsze TRUE dla tblastx)

-u str (wybuch 3)
Ogranicz przeszukiwanie bazy danych do wyników wyszukiwania Entrez2

-u N (błyskawicznie)
ASN.1 Scoremat dane wyjściowe danych punktów kontrolnych:
0 brak wyjścia scoremat (domyślnie)
1 wyjściowy plik punktu kontrolnego ASCII scoremat (wymagane -J)
2-wyjściowy binarny plik punktu kontrolnego scoremat (wymagane -J)

-v N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Liczba jednowierszowych opisów do wyświetlenia (V) (domyślnie =
500)

-w N (wybuch2)
Rozmiar okna (maksymalna dozwolona odległość między parą początkowych trafień; 0 wywołań
domyślne zachowanie, -1 wyłącza wielokrotne trafienia)

-w N (blastall, blastall_stary, blastcl3)
Kara za przesunięcie ramki (algorytm OOF dla blastx)

-y X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, rpsblast) X dropoff dla nieobsługiwanych rozszerzeń w bitach (0.0 wywołuje domyślnie)
zachowanie: 20 dla blastn, 10 dla megablast i 7 dla wszystkich innych.)

-y N (megablast)
Wartość X porzucenia dla niezaklejonego rozszerzenia (domyślnie 10)

-z N (wybuch2)
Najdłuższa długość intronu dla łączy HSP z nierówną przerwą (tylko tblastn; domyślnie 0)

-z N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala,
megablast, rpsblast) Efektywna długość bazy danych (użyj zero dla rzeczywistego rozmiaru)

Korzystaj z blast2 online, korzystając z usług onworks.net