To jest polecenie blastclust, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu darmowych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
blastclust - grupowanie oparte na wynikach BLAST z jednym powiązaniem
STRESZCZENIE
Blastklasta [-] [-C] [-L X] [-S X] [-W N] [-a N] [-b F] [-c filename] [-d filename] [-e F]
[-i filename] [-l filename] [-o filename] [-p F] [-r filename] [-s filename]
[-v [filename]]
OPIS
Blastklasta automatycznie i systematycznie klastruje sekwencje białek lub DNA na podstawie
pary znalezione za pomocą algorytmu BLAST w przypadku białek lub Mega BLAST
algorytm dla DNA. W tym drugim przypadku przeprowadza się pojedyncze wyszukiwanie Mega BLAST dla wszystkich
sekwencje połączone z bazą danych utworzoną z tych samych sekwencji. Blastklasta znajduje
pary sekwencji, które mają statystycznie istotne dopasowania i grupują je za pomocą
klastrowanie z jednym wiązaniem.
OPCJE
Podsumowanie opcji znajduje się poniżej.
- Wydrukuj wiadomość o użyciu
-C Kompletne niedokończone grupowanie
-L X Próg pokrycia długości (domyślnie = 0.9)
-S X Próg pokrycia wyniku (wynik w bitach / długość, jeśli < 3.0, procent tożsamości)
Inaczej; domyślnie = 1.75)
-W N Używaj słów wielkości N (długość najlepszego idealnego dopasowania; zero wywołuje domyślne zachowanie: 3
dla białek, 32 dla nukleotydów)
-a N Liczba procesorów do użycia (domyślnie = 1)
-b F Nie wymagaj zasięgu na obu sąsiadach
-c filename
Przeczytaj zaawansowane opcje z pliku konfiguracyjnego filename
-d filename
Wejście jako baza danych
-e F Wyłącz parsowanie identyfikatora w formatowaniu bazy danych
-i filename
plik wejściowy FASTA (program sformatuje bazę danych i na końcu usunie pliki;
domyślnie = standardowe wejście)
-l filename
Ogranicz ponowne klastrowanie do listy identyfikatorów w filename
-o filename
Plik wyjściowy dla listy klastrów (domyślnie = stdout)
-p F Wejście to nukleotydy, a nie białka.
-r filename
Przywróć sąsiadów do ponownego klastrowania z filename
-s filename
Zapisz wszystkich sąsiadów, aby filename
-v [filename]
Drukuj pełne komunikaty o postępie (do filename)
Korzystaj z blastclust online, korzystając z usług onworks.net
