Jest to polecenie typu bowtie-build, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu darmowych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
bowtie-build - budowanie indeksu przestrzeni kolorów dla muszki
STRESZCZENIE
budowa muszki [Opcje]*
OPIS
referencja_w
lista oddzielonych przecinkami plików z sekwencjami odnośników
ebwt_outfile_base
zapisz dane Ebwt do plików z tym katalogiem/nazwą bazową
OPCJE
-f pliki referencyjne to Fasta (domyślnie)
-c sekwencje referencyjne podane w wierszu cmd (as )
--duży-indeks
wymusza, aby wygenerowany indeks był „duży”, nawet jeśli ref ma mniej niż 4 miliardy
nukleotydy
-C/--kolor
zbudować indeks przestrzeni kolorów
-a/--nieauto
wyłącz automatyczne -p/--bmax/--dcv dopasowywanie pamięci
-p/--zapakowane
używaj wewnętrznie spakowanych łańcuchów; wolniej, zużywa mniej pamięci
--bmaks
max bucket sz dla konstruktora tablic przyrostków blokowych
--bmaxdivn
max bucket sz jako dzielnik ref len (domyślnie: 4)
--dcv
okres pokrycia różnic dla bloków (domyślnie: 1024)
--nodc wyłącz diff-cover (algorytm staje się kwadratowy)
-r/--noref
nie twórz części .3/.4.ebwt (spakowane odniesienia)
-3/--właśnie
po prostu zbuduj część .3/.4.ebwt (spakowane odniesienia)
-o/--przepustka
SA jest próbkowane co 2^offRate BWT znaków (domyślnie: 5)
-t/--ftabchars
Liczba znaków wykorzystanych w początkowym wyszukiwaniu (domyślnie: 10)
--nto przelicz Ns w odniesieniu do As
--nasionko
ziarno generatora liczb losowych
-q/--cichy
szczegółowe wyjście (do debugowania)
-h/--Wsparcie
wydrukuj szczegółowy opis narzędzia i jego opcji
--stosowanie
wydrukuj tę wiadomość o użytkowaniu
--wersja
wydrukuj informacje o wersji i zakończ
64-bitowy Zbudowany na lgw01-11 Thu Nov 26 11:11:03 UTC 2015 Kompilator: wersja gcc 5.2.1 20151123
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) Opcje: -O3 -Wł,--styl-hash=oba -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2
-fstack-protector-silny -Wformat -Błąd=format-zabezpieczenia -g -O2 -fstack-protector-silny
-Wformat -Błąd=format-zabezpieczenia -Wł,-Bsymboliczne-funkcje -Wł,-z,relro Sizeof {int, długi,
długi długi, pusty*, rozmiar_t, wyłączony_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}
Korzystaj z tworzenia muszek online za pomocą usług onworks.net
