Jest to polecenie bowtie2-build, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu darmowych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
bowtie2-build - opakowanie na bowtie2-build-*
STRESZCZENIE
konstrukcja muszki2 [Opcje]*
OPIS
Bowtie 2 wersja 2.2.6 autorstwa Bena Langmeada ([email chroniony], www.cs.jhu.edu/~langmea)
referencja_w
lista oddzielonych przecinkami plików z sekwencjami odnośników
bt2_index_base
zapisz dane bt2 do plików z tym katalogiem/nazwą bazową
*** Indeksy Bowtie 2 działają tylko z v2 (nie v1). Podobnie dla indeksów v1. ***
OPCJE
-f pliki referencyjne to Fasta (domyślnie)
-c sekwencje referencyjne podane w wierszu cmd (as )
--duży-indeks
wymusza, aby wygenerowany indeks był „duży”, nawet jeśli ref ma mniej niż 4 miliardy
nukleotydy
-a/--nieauto
wyłącz automatyczne -p/--bmax/--dcv dopasowywanie pamięci
-p/--zapakowane
używaj wewnętrznie spakowanych łańcuchów; wolniej, mniej pamięci
--bmaks
max bucket sz dla konstruktora tablic przyrostków blokowych
--bmaxdivn
max bucket sz jako dzielnik ref len (domyślnie: 4)
--dcv
okres pokrycia różnic dla bloków (domyślnie: 1024)
--nodc wyłącz diff-cover (algorytm staje się kwadratowy)
-r/--noref
nie buduj plików indeksowych .3/.4
-3/--właśnie
po prostu zbuduj pliki indeksowe .3/.4
-o/--przepustka
SA jest próbkowane co 2^ Znaki BWT (domyślnie: 5)
-t/--ftabchars
Liczba znaków wykorzystanych w początkowym wyszukiwaniu (domyślnie: 10)
--nasionko
ziarno generatora liczb losowych
-q/--cichy
szczegółowe wyjście (do debugowania)
-h/--Wsparcie
wydrukuj szczegółowy opis narzędzia i jego opcji
--stosowanie
wydrukuj tę wiadomość o użytkowaniu
--wersja
wydrukuj informacje o wersji i zakończ
Korzystaj z usługi bowtie2-build online za pomocą usług onworks.net
