Jest to polecenie bp_fetchp, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
bp_fetch.pl - pobiera sekwencje z indeksowanych baz danych Bioperl
STRESZCZENIE
bp_fetch.pl szwajcarski:ROA1_HUMAN
bp_fetch.pl net::genbank:JX295726
bp_fetch.pl net::genpept:ROA1_HUMAN
bp_fetch.pl ace::myserver.somewhere.edu,21000:X56676
bp_fetch.pl -fmt GCG szwajcarski:ROA1_HUMAN
OPIS
Pobiera sekwencje za pomocą systemów dostępu DB w Bioperlu. Najczęstszym zastosowaniem tego jest
do sekwencji bp_fetch z indeksów bioperl zbudowanych przy pomocy bpindex.pl, lub do pobrania sekwencji
ze strony NCBI
Format wyszukiwania sekwencji jest celowo podobny do formatu GCG/EMBOSS, np
Następujące:
db:nazwa
z możliwością umieszczenia typu „meta” bazy danych, będąc
meta::db:nazwa
Metainformacje mogą należeć do jednego z trzech typów
local - lokalna baza danych z indeksowanymi plikami płaskimi
net - sieć oparta na http: baza danych
as - baza danych ACeDB
Ta informacja jest domyślnie ustawiona na „lokalną” w przypadku nazw baz danych bez informacji o metadb
OPCJE
-fm - Format wyjściowy
Fasta (domyślnie), EMBL, Raw, szwajcarski lub GCG
-acc - ciąg znaków jest numerem dostępu, a nie
ID.
opcje wyłącznie do użytku przez ekspertów
-reż - katalog, w którym znajdują się pliki indeksu
(zastępuje zmienną środowiskową BIOPERL_INDEX)
-typ - typ pliku DBM do otwarcia
(zastępuje zmienną środowiskową BIOPERL_INDEX_TYPE)
ŚRODOWISKO
bp_index i bp_fetch koordynują lokalizację baz danych za pomocą zmiennej środowiskowej
BIOPERL_INDEX. Można to zmienić za pomocą opcji -dir. Typ indeksu (SDBM lub
DB_File lub inny plik indeksu) jest kontrolowany przez zmienną BIOPERL_INDEX_TYPE. Ten
domyślnie jest to SDBM_File
ZA POMOCĄ IT SIEBIE
bp_fetch to opakowanie modułów bioperl obsługujących Bio::DB::BioSeqI
abstrakcyjny interfejs. Obejmują one:
Kod autora
James Gilbert — indeksator Fasta, indeksator abstrakcyjny
Aaron Mackay - Dostęp do GenBank i GenPept DB
Ewan Birney – indeksator EMBL .dat
Wiele osób - kod SeqIO
Modułów tych można używać bezpośrednio, co jest znacznie lepsze niż używanie tego skryptu jako systemu
zadzwoń lub potok, z którego będziesz czytać. Przeczytaj kod źródłowy bp_fetch, aby zobaczyć, jak jest używany.
ROZSUWALNY IT
bp_fetch wykorzystuje wiele różnych modułów w celu zapewnienia dostępu do baz danych. Dowolny moduł
który subskrybuje interfejs Bio::DB::BioSeqI. Dla pliku płaskiego
indeksatorów, najlepiej zrobić to poprzez rozszerzenie Bio::Index::Abstract, tak jak to się robi w
Bio::Index::EMBL i Bio::Index::Fasta. Aby uzyskać dostęp do innych baz danych, będziesz musiał
stwórz własny interfejs.
W przypadku nowych formatów wyjściowych należy dodać nowy moduł SeqIO. Najłatwiej jest patrzeć
w Bio::SeqIO::Fasta i dowiedz się, jak zhakować go do własnego formatu (nazwij to jakoś
oczywiście inaczej).
INFORMACJE ZWROTNE
Mailing wykazy
Informacje zwrotne od użytkowników są integralną częścią ewolucji tego i innych modułów Bioperl. Wysłać
swoje uwagi i sugestie najlepiej na listę mailingową Bioperl. Twój udział
jest bardzo doceniane.
[email chroniony] - Ogólna dyskusja
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - O listach mailingowych
Raportowanie Błędy
Zgłaszaj błędy do systemu śledzenia błędów Bioperl, aby pomóc nam śledzić błędy i ich
Rezolucja. Zgłoszenia błędów można przesyłać przez Internet:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
Użyj bp_fetchp online, korzystając z usług onworks.net