Jest to polecenie bp_seqretp, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
bp_seqret - implementacja bioperla pobierania sekwencji z lokalnej bazy danych (jak seqret EMBOSS)
ZASTOSOWANIE
bp_seqret [-f/--format format wyjściowy] [-o/--out/--outfile plik wyjściowy] [-d/--db nazwabazy danych]
[-i/--id/-s/--nazwasekw.nazwa1]
Przykładowe użycie:
bp_seqret -f fasta -db db.fa -i seq1 -i seq2 > wyjście.fas
bp_seqret db.fa:seq1 wyjście.fas
bp_seqret db.fa:seq1 -o wyjście.fas
bp_seqret -db db.fa -o wyjście.fas seq1 seq2 seq3
bp_seqret -db db.fa seq1 seq2 seq3 wyjście.fas
bp_seqret -db db.fa seq1 seq2 seq3 - > wyjście.fas
Oczekuje się, że baza danych będzie plikiem sekwencji w formacie Fasta z wieloma sekwencjami.
Domyślnym formatem wyjściowym jest Fasta.
Jeśli nie podano nazwy pliku wyjściowego, dane wyjściowe są zapisywane na STDOUT. Zapewnienie „-” jako
nazwa pliku wyjściowego osiągnie to samo.
Użyj bp_seqretp online, korzystając z usług onworks.net
