Jest to polecenie cassiopee, które można uruchomić w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
cassiopee - strona podręcznika dla Cassiopee w wersji 1.0
STRESZCZENIE
Kasjope [Opcje]
OPIS
Stosowanie:
-l: maksymalna głębokość indeksu / maksymalny rozmiar wzoru
-u: zapisz indeks do późniejszego wykorzystania
-s: sekwencja do indeksu
-p: wzór do wyszukiwania
-f: plik zawierający wzór do przeszukania
-o: plik wyjściowy
-r: zastosuj redukcję drzew
-m: tryb wyszukiwania: 0=DNA, 1=RNA, 2=Białko
-a: pozwala na wyszukiwanie niejednoznaczności alfabetu
-n: maksymalnie N kolejnych dopasowań w wyszukiwaniu
-e: maksymalna liczba podstawień dozwolonych w wyszukiwaniu
-i: max Indel dozwolone dopasowania w wyszukiwaniu
-g: generuje plik kropkowy wykresu
-d: maksymalna głębokość wykresu
-t: format wyjściowy: 0:tsv (domyślnie), 1:json
-x: minimalna pozycja w sekwencji
-y: maksymalna pozycja w sekwencji
-v: pokaż wersję
-h: pokaż tę wiadomość
Korzystaj z Cassiopee online, korzystając z usług onworks.net
