chemtool - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

chemtool - edytor struktur chemicznych

STRESZCZENIE

narzędzie chemiczne [filename]

OPIS

narzędzie chemiczne to program do rysowania cząsteczek organicznych i eksportowania ich jako bitmapy X, PNG,
Plik PicTeX, Xfig, SVG, SXD, MDL lub EPS. Działa pod X Window System za pomocą GTK
zestaw widżetów.

Program oferuje zasadniczo nieograniczone cofanie / ponawianie, dwie czcionki tekstu plus symbole, siedem
kolory, rysowanie w kilku skalach powiększenia oraz kwadratowe i sześciokątne siatki tła dla ułatwienia
wyrównanie.

PRZYKŁADY

We wszystkich trybach rysowania i edycji, jeden przycisk myszy (zwykle lewy) służy do
zaznacz lub narysuj obiekty, podczas gdy przycisk trzeci (prawy przycisk) może służyć do usuwania obiektów
bieżącego typu. Środkowy przycisk jest używany głównie w trybach rysowania wiązań, w których
umożliwia szybką zmianę rodzajów wiązań. Począwszy od wersji 1.5, domyślna pamięć masowa
katalog na pliki danych i używane rozszerzenie nazwy pliku można zapisać za pomocą
okno konfiguracji.

Rysowanie of obligacje:
Wiązania można rysować w 4 różnych ustawieniach kąta (sześciokąt z odstępami 30°, dwa
pięciokąty w odstępach 72° (inna orientacja) i ośmiokąt 45° i). (Mediator
kąty są również możliwe we wszystkich tych trybach - po prostu zignoruj ​​​​punkty znacznika w tym
walizka).

Wybór stylu wiązania na środku paska przycisków określa rodzaj wiązania, który jest
narysowane - początkowo jest to obligacja pojedyncza. Jeśli chcesz później zmienić rodzaj obligacji,
albo kliknij go środkowym przyciskiem myszy, aby przejść do następnego typu (ów), lub
wybierz odpowiedni typ w selektorze, a następnie przełącz na tryb obligacji i wybierz wszystko
obligacje, które chcesz zmienić na nowy typ. (Kolor użyty do wiązania to
aktualizowane w tym samym czasie, jeśli to konieczne.) Naciśnięcie środkowego przycisku myszy na obligacji, gdy w
Tryb „Bondtype” odwraca kierunek tego wiązania.

Użycie trzeciego (zwykle prawego) przycisku myszy usuwa wiązanie obok kursora
pozycji.

Dostępne rodzaje obligacji to:

· wiązanie pojedyncze

· podwójne wiązanie

· podwójne wiązanie (krótsza linia po drugiej stronie)

· wyśrodkowane podwójne wiązanie

· wiązanie potrójne (linie oskrzydlające krótsze niż środkowe)

· potrójne wiązanie (o równych długościach linii)

· poczwórne wiązanie

· wiązanie klinowe

· wiązanie przerywane w kształcie klina

· linia falista

· pół strzałki

· strzałka zwykła

· szerokie wiązanie

· okrąg

· linia przerywana

· nakładające się pojedyncze wiązanie (które wycina segment z dowolnego wiązania, przez które przechodzi)

· lekki płat oczodołu pi

· ciemny płat oczodołowy pi

Półautomatyczny rysunek of pierścienie:
Pierścienie od 3 do 12 członków można łatwo narysować, przytrzymując klawisz Ctrl podczas rysowania a
linia. Ta linia stanie się wtedy pierwszym segmentem pierścienia, który zostanie automatycznie narysowany
w kierunku zgodnym z ruchem wskazówek zegara. Rozmiar pierścienia jest domyślnie odpowiedni dla wybranego
tryb rysowania (tj. 5, 6 lub 8 stron), ale można go ustawić na podstawie pierścienia, naciskając
Ctrl- przed losowaniem pierścienia, gdzie cyfry 3-9 odpowiadają 3 do 9 członkom
pierścienie, natomiast od 0 do 2 wybiera odpowiednio 10, 11 i 12-członowe pierścienie.

Nowo narysowane pierścienie można usunąć, naciskając jednocześnie klawisz Ctrl i przycisk myszy 3.

Rysowanie of zakrzywiony kwestia:
Zakrzywione linie dla obiektów takich jak strzałki lub płaty orbitalne można narysować w trybie krzywej splajnu przez
określenie czterech punktów kontrolnych tworzących wielokąt graniczny (punkt początkowy, dwa punkty włączone
po obu stronach piku, punkt końcowy). Spośród zwykłych rodzajów obligacji dostępnych w menu Style,
„linia pojedyncza”, „strzałka w połowie”, strzałka i „linia przerywana” zachowują swoją zwykłą funkcję, podczas gdy
typ „szeroka linia” służy do oznaczenia wypełnionego wielokąta. Punkty kontrolne są tylko
widoczne w Przenieść tryb, w którym można je przeciągać, aby zmienić kształt krzywej po
jest narysowany.

Oprawa obligacja styl
W trybie stylu obligacji kliknięcie dowolnego wiązania na diagramie zmienia jego reprezentację na
typ wybrany w menu rozwijanym obok Rodzaj Nieruchomości przycisk.

Dodatkowy rodzaj obligacji dostępny w rozwijanym menu,

zakrzywiona strzałka

jest dostępny tylko do rysowania. W rzeczywistości jest to skrót do jednego z rysunków krzywych
funkcje opisane powyżej, z drugim i trzecim punktem kontrolnym automatycznie;
wygenerowane. Jako taki, nie można go przekształcić na lub z żadnego z konwencjonalnych rodzajów wiązań.

(Można ją jednak przekonwertować na dowolny inny typ krzywych, np. zmienić typ
grot). Kształt strzałki zwykle będzie wymagał dostosowania, przesuwając
punkt kontrolny, który pojawia się obok niego w trybie „Przenieś”.

Wstawianie XNUMX
Tekst wpisany w pole tekstowe można ustawić za pomocą kursora i może pojawić się po lewej stronie,
wyrównany do środka lub do prawej na rysunku. Rozmiar i kolor tekstu można wybrać ze stałego
lista wyborów. Istnieją dwa znaki specjalne, których można używać do indeksowania dolnego i górnego
następujący znak:

'^', aby przesunąć w górę (np. N^+)

'_', aby przesunąć w dół (np. CH_3)

Znak kontrolny „|” jest używany do pochylenia następującego znaku, jak w |t-Bu.

Pogrubioną czcionkę, zwykle używaną do numerowania związków, można wybrać, poprzedzając
znak z „#”.

Znak specjalny „@” przełącza w tryb symboli, który używa standardowego symbolu X11
czcionka. W tym trybie wszystkie klawisze alfabetyczne tworzą odpowiednie znaki greckie, a
kilka innych symboli jest dostępnych, jeśli są już ich standardowe odpowiedniki Latin1
zmapowane na klawiaturze:

jen -> nieskończoność

myślnik -> strzałka w górę

makron -> strzałka w dół

Symbole „plusminus” i „zarejestrowany” (znak towarowy) są już w standardowej czcionce,
chociaż zwykle nie są dostępne na klawiaturze. Użyj następujących poleceń (lub
dodaj deklaracje do swojego .xmodmaprc ) aby je udostępnić przez +
( + ):

xmodmap -e 'keysym r = r R zarejestrowany' \
-e 'keysym o = o O jen' \
-e 'keysym p = p P plusminus' \
-e 'keysym u = u U myślnik' \
-e 'keysym d = d D makron'

(to prowadzi do AltGr-P = plusminus, AltGr-R = zarejestrowany w trybie normalnym i AltGr-O =
nieskończoność, AltGr-U = strzałka w górę, AltGr-D = strzałka w dół w czcionce symbolu).

W przypadku diagramów „kropek i krzyżyków” mogą być następujące mapowania do czcionki symbolu:
przydatne: ostry -> krzyżyk (np. keysym x = x X ostry) środkowa kropka -> kropka wypełniona (np. keysym
d = d D kropka wyśrodkowana) (stosując znak stopnia dla otwartej kropki).

Zakreślone wersje znaków plus i minus oznaczające ładunek jonowy są dostępne jako @+
oraz @- .

Jeśli chcesz używać symboli jako indeksów dolnych lub górnych, umieść indeks dolny lub górny
znak przed znakiem „@”, np. K_@a .

W trybie tekstowym prawy przycisk myszy usuwa etykietę w pozycji kursora. Wymiana pieniędzy
rozmiar, czcionkę lub kolor etykiety można określić klikając na nią lewym przyciskiem myszy po wybraniu
żądaną kombinację ustawień. Gdy pole wprowadzania tekstu nad obszarem rysunku jest puste,
tylko ustawienia są aktualizowane bez zmiany zawartości etykiety, w przeciwnym razie
tekst etykiety również zostaje zastąpiony. Jeśli chcesz skopiować tekst istniejącej etykiety do
pole wprowadzania tekstu, kliknij je środkowym przyciskiem myszy.

Etykietowania Skróty
We wszystkich trybach rysowania wiązań dostępnych jest kilka skrótów klawiaturowych do dodawania symboli atomów
bez konieczności wychodzenia z trybu rysowania. Etykieta jest umieszczana w bieżącej pozycji rysowania
(punkt końcowy ostatniej narysowanej linii lub ostatnio kliknięte miejsce).

Klawisze „c”, „h”, „n”, „o”, „s”, „p” i „r” wstawiają odpowiednią wielką literę „l”
(mała litera L) wstawia 'Cl', a '1', '2', '3' wstawia odpowiednio CH,CH_2 i CH_3. ten
klawisz gwiazdki (*) wstawia wypełnione kółko.

Jednokrotne naciśnięcie spacji umożliwia wprowadzenie dowolnych etykiet, które zostaną umieszczone w
aktualną pozycję po naciśnięciu klawisza Return.

Rysowanie elektron par
Klawisze klawiatury numerycznej mogą służyć do rysowania krótkich linii „par elektronów” obok
symbol elementu - jeśli wyobrazimy sobie, że symbol elementu znajduje się na centralnym klawiszu „5”,
każdy klucz rysuje odpowiednią parę elektronów dla swojej pozycji. W przypadku stosowania razem z
Klawisz Shift, zamiast linii rysowane są dwie kropki - po prostu usuń jedną z kropek ponownie, jeśli
potrzebujesz nieparzystej liczby elektronów.

numeracja Atomy
Aby szybko ponumerować atomy w cząsteczce, przełącz się na jeden z trybów tekstowych, przytrzymaj
klawisz Control i wybierz kolejno każdy atom lewym przyciskiem myszy. Numeracja
zaczyna się od 1, a sekwencję można zresetować w dowolnym momencie, klikając prawym przyciskiem myszy.
Jeśli chcesz użyć własnego schematu numeracji, kliknij środkowy przycisk (jeszcze
przytrzymanie klawisza Ctrl) powoduje pobranie dowolnej liczby znajdującej się w polu wprowadzania tekstu.

Krążyna
Jeśli nie ma wystarczająco dużo miejsca na twoją cząsteczkę, możesz umieścić ją na środku prześcieradła
za pomocą środkowego przycisku.

Eksportowanie do obcy formaty:
Możesz wyeksportować swoje cząsteczki jako bitmapę X, obraz PNG lub EMF, enkapsulowany
plik postscriptowy, plik wejściowy dla Briana Smitha xrys(1) program, wersja MDL. 2000 molfile
do wymiany danych z pakietami komercyjnymi, plik SVG dla stron internetowych XHTML lub w
Format PicTeX do bezpośredniego włączenia do dokumentów LaTeX. PicTeX, PNG, EMF i
Funkcje wyjściowe Postscriptu opierają się na fig2odw81) program z transfig(1) pakiet
i są dostępne tylko wtedy, gdy ten program został wykryty podczas uruchamiania. Jeśli fig2sxd(1)
zainstalowany program, dostępna jest dodatkowa opcja eksportu dla formatu OpenOffice SXD.
Podobnie, jeśli zainstalowany jest program (otwarty)babel, dodatkowe menu Eksport zapewnia
staje się dostępny dostęp do wszystkich typów plików obsługiwanych przez to narzędzie.

Możesz tworzyć wyjścia w różnych rozmiarach zgodnie z aktualną skalą powiększenia.
Pliki Postscript i PicTeX można również tworzyć w dowolnych skalach wybieranych na
menu eksportu pliku.

Opcja w menu konfiguracji może być ustawiona na połączenie fig2odw w języku międzynarodowym
tryb, który automatycznie renderuje dowolny tekst napisany czcionką alternatywną (Times) przy użyciu
czcionka postscriptowa odpowiednia dla aktualnego języka (obecnie chorwacka, cyrylica,
czeski, węgierski, japoński, koreański, polski). Zobacz fig2odw dokumentacja, aby uzyskać szczegółowe informacje.

Aby dołączyć plik PicTeX do dokumentu LaTeX, potrzebujesz pakietu makr pictex.
W zależności od używanych wersji może być konieczne załadowanie pakietu „kolor” w
preambuła twojego pliku LaTeX. Jeśli pojawi się komunikat o błędzie „Przekroczono pojemność TeXa”,
zwiększ parametr extra_mem_bot w swoim teksmf.cnf plik (zwykle w
/usr/share/texmf/web2c, /usr/local/texmf or /etc/texmf). Pictex jest znany ze swojego niezwykłego
(według standardów tex) wymagania dotyczące pamięci, a standardowe ustawienia tego nie uwzględniają
(chociaż możesz znaleźć komentarz a la 'zmień to, jeśli używasz pictex' w teksmf.cnf
plik). Coś takiego jak extra_mem_bot=400000 nie powinno zaszkodzić żadnym umiarkowanie nowoczesnym
pomimo napiętego harmonogramu

Druk Rysunki
Od wersji 1.5 bezpośrednie drukowanie diagramów na urządzeniu drukującym obsługującym Postscript (lub
bardziej typowo możliwa jest kolejka wydruku z uruchomionym ghostscriptem). Rozmiar papieru,
powiększenie, nazwę drukarki i polecenie drukowania do użycia (obecnie albo lp(1) Lpr(1)
or kdrukarka(1)) można zapisać w oknie dialogowym konfiguracji.

Wybór cała kolekcja or strony of a rysunek dla przekształcenia:
Za pomocą przycisku „Zaznacz” możesz łatwo zaznaczyć części bieżącego rysunku, załączając
je z prostokątem „gumki”.

Jeśli chcesz dodać do wyboru atomy poza prostokątnym obszarem, po prostu narysuj
kolejna gumka wokół nich, przytrzymując klawisz Ctrl.

Wybrane części zostaną podświetlone na niebiesko i będą od razu dostępne dla

przeniesienie po prostu przeciągnij fragment do żądanej pozycji za pomocą myszy, przytrzymując
w dół lewego przycisku myszy. (Jeśli potrzebujesz tylko przenieść pojedyncze atomy lub
obligacje, możesz je po prostu wybrać i przeciągnąć w trybie „Przenieś” bez konieczności zaznaczania
je najpierw).

obracanie ruch myszy w poziomie przekłada się na płynny obrót wokół
punkt obrotu wybrany po naciśnięciu przycisku myszy

odbijanie (odbicie lustrzane) fragmentu o poziomej lub pionowej płaszczyźnie lustra przez
jego środek: wykonuje się to, klikając odpowiedni przycisk menu

biurowy kliknięcie przycisku menu „Kopiuj” tworzy dokładną kopię wybranego
fragment lekko przesunięty w stosunku do oryginału. Znak jest automatycznie
przeniesione do nowej kopii.

skalowanie poziomy ruch myszy przekłada się na płynne zwiększanie lub zmniejszanie
wielkość zaznaczonego fragmentu

usuwanie aby usunąć zaznaczony fragment wystarczy kliknąć trzeci (zwykle w prawo)
przycisk myszy po jego podświetleniu.

ramy wybranie jednej z ikon z rozwijanej listy stylów ramek i wsporników
rysuje odpowiedni obiekt, np. parę okrągłych nawiasów wokół
podświetlony fragment.

optymalizacji kliknięcie symbolu „wiadra i miotły” wywołuje funkcję, która usuwa
nakładające się (zduplikowane) wiązania i etykiety z rysunku i prostuje
linie, które są prawie poziome lub pionowe.

Dodawanie poprzednio zapisywane liczby:
Aby dodać kolejną cząsteczkę z wcześniej zapisanego rysunku chemtool, wybierz ją w pliku
okno wyboru, które pojawia się po naciśnięciu przycisku „Dodaj”. Pojedyncze kliknięcie dowolnego
filename na liście wyświetla mały podgląd cząsteczki, aby pomóc w wyborze. ten
nowo dodana cząsteczka jest automatycznie aktywowana, dzięki czemu można ją zmienić jako
pożądany.

Jeśli chcesz dodać go do predefiniowanej pozycji na innej cząsteczce, możesz to zaznaczyć
stronę załącznika, klikając ją lewym przyciskiem myszy zamiast przeciągać prostokąt znacznika. Mały
zielona kropka pojawi się w miejscu, które jest teraz punktem odniesienia dla nowej części. Jeśli zaoszczędzisz
cząsteczki z takim zestawem markerów, z kolei określą ich miejsce przyłączenia, gdy
zostaną dodane do innego rysunku.

Dodawanie pierwszej of dotychczasowy predefiniowane szablony:
Wybranie „Szablony” z menu „Narzędzia” otwiera drugie okno z małą kolekcją
predefiniowanych struktur. Po prostu kliknij obraz żądanej cząsteczki, aby ją dodać
twój rysunek. Okno szablonu może być otwarte przez całą sesję chemtool - jeśli:
jest ukryty za innym oknem, możesz go przesunąć na wierzch wybierając menu „Szablon”
ponownie w chemtool.

Dane w systemie szablonów różnią się od zwykłych rysunków chemtool tylko tym, że:
są one przechowywane w programie w nieco niezręcznym formacie (współrzędne x i y)
wymienione osobno w pliku źródłowym templates.h). Mają one na celu zapewnienie
wygodny zestaw podstawowy dostępny dla wszystkich użytkowników, ale nie można go indywidualnie rozbudowywać (można użyć
funkcja „Dodaj” dla własnych struktur). Daj nam znać, jeśli chcesz konkretne
cząsteczki dodane do szablonów - ich nazwa lub najlepiej zwykły plik rysunkowy chemtool
to wszystko czego potrzebujemy. (Wyślij email do [email chroniony])

Importowanie obcy filet formaty:
Chemtool zapewnia funkcje do importowania plików w formacie PDB używanym przez Protein
Baza danych (oraz większość pakietów do modelowania molekularnego) oraz zastrzeżony format MDL molfile
używane przez ISISdraw i rozumiane przez inne pakiety do rysowania struktur i bazy danych
początek końca.

Ponieważ oba są formatami plików 3D, chemtool obsługuje tylko importowane projekcje 2D
cząsteczki są najpierw wczytywane do tymczasowego magazynu i wyświetlane na płótnie w kolorze niebieskim.
Tę reprezentację 3D można następnie obracać za pomocą myszy. Dopiero po naciśnięciu Return
klawisz na klawiaturze jest konwertowany na ostateczną projekcję 2D, którą można edytować. Podczas
taki import 3d jest w toku, wszystkie normalne funkcje rysowania i edycji są wyłączone.

Przy imporcie MDL molfile etykiety atomów węgla są automatycznie odrzucane. Dla WPB
import, ilość etykietowania można wybrać w oknie dialogowym wyboru pliku, które oferuje:
zachowanie albo wszystkich znaczników, tylko tych z atomami nie-wodorowymi, albo tylko nienumerycznych
część etykiet.

Jeśli zainstalowany jest program babel — oryginalna wersja napisana przez Pata Waltersa lub
nowszy projekt OpenBabel - chemtool automatycznie zaoferuje opcję menu dla
importowanie z dowolnego z obsługiwanych przez to formatów plików.

Określanie suma formuła i Cząsteczkowa waga:
Dystrybucja zawiera program pomocniczy, cht(1), Radek Liboska (Praga) do obliczenia
wzór sumaryczny i (dokładna) masa cząsteczkowa z pliku rysunku chemtool. To jest również
dostępne z poziomu chemtool do obliczania tych danych dla aktualnej struktury lub a
zaznaczony fragment. cht może być wprowadzony w błąd przez zduplikowane wiązania (chemtool nie usuwa)
nakładające się wiązania, takie jak mogą one wynikać z systemów pierścieni utrwalających się automatycznie) i
symbolem „aromatycznego pierścienia”, więc należy ich unikać i sprawdzić wiarygodność
generowana formuła sumy tam, gdzie to możliwe.

Rysowanie Funkcje nie dostępny w ciągu Chemtool:
W przypadku funkcji nieobsługiwanych obecnie przez chemtool, takich jak ogólne funkcje rysowania linii,
uzyskanie pakietu rysunkowego XFig Briana Smitha xrys jest wysoce zalecane. O jedynym
rzecz, której nie oferuje, to obsługa „chemicznych” rodzajów linii i kątów rysowania - co jest
dlaczego chemtool został napisany jako rodzaj programu towarzyszącego. (Prawdopodobnie będzie więcej
najbardziej potrzebne opcje rysowania dodane do chemtool z czasem, ale powielające
bardziej ogólne funkcje xrys wydaje się raczej bezcelowe.)

Korzystaj z chemtool online, korzystając z usług onworks.net