cyrki - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

____ _
/ ___(__)_ __ ____ ___ ___
| | | | '__/ __/ _ \/ __|
| |___| | | | (_| (_) \__ \
\____|__|_| \___\___/|___/

okrągłe jest dobre

circos - generuj kolisto skomponowaną grafikę informacyjną

STRESZCZENIE

# zgadnij lokalizację pliku konfiguracyjnego
cyrki

# użyj określonego pliku konfiguracyjnego
circos -conf circos.conf [-silent]

# zdiagnozuj wymagane moduły
cyrki -moduły

#strona podręcznika
cyrki -człowiek

# szczegółowe debugowanie komponentów kodu
# Widzieć http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging
circos -debug_group GRUPA1,[GRUPA2,...]

# pełne debugowanie
circos -debug_group _all

# zrzut konfiguracyjny bloku (lub drzewa bloków).
# dowolne parametry pasujące do REGEXP (opcjonalnie)
circos -cdump [BLOK1/[BLOK2/...]]{:REGEXP}

# zastąpienie parametrów konfiguracyjnych
circos -param image/promień=2000p -param ideogram/show=nie

# dla zabawy - losuj wszystkie kolory na obrazku z wyjątkiem
# KOLOR1 i KOLOR2
circos -losowy kolor KOLOR1,[KOLOR2,...]

OPIS

Circos służy do wizualizacji danych w układzie kołowym, idealnym do odkrywania relacji
pomiędzy obiektami lub pozycjami. Istnieją inne powody, dla których istnieje układ kołowy
korzystne, a przynajmniej dlatego, że jest atrakcyjne.

Cyrk nie jest rozwiązaniem. Jest to narzędzie do rozwiązywania problemów z wizualizacją. Dla danego
problemu, nie masz gwarancji, że jest to właściwe.

Masz pełną kontrolę nad sposobem wyświetlania każdego elementu danych, co pomaga w dopasowaniu
znaczenie dla trafności.

KONFIGURACJA

Ustawienia należy przekazywać przy użyciu zwykłego pliku konfiguracyjnego. Ten plik może być
tworzone ręcznie lub za pomocą innego skryptu, co pozwala na pełną automatyzację Circos.

Aby uzyskać pełną dokumentację, zobacz

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials>

Składnia
Konfiguracja ma charakter zwykłego tekstu i składa się z bloków hierarchicznych. Niektóre bloki, np
" są obowiązkowe, podczas gdy inne, takie jak „ są opcjonalne.

Aby rozpocząć, zapoznaj się z samouczkiem skróconego przewodnika.

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/quick_guide>

Typowy plik konfiguracyjny może wyglądać tak

# rozmiar i format obrazu

...


# pozycja i rozmiar ideogramów

...


# pozycja, typ i format ścieżek danych


...

...


# kolory, czcionki i wzory wypełnień
< >

# parametry systemowe
< >

Modułowość
Element „< > dyrektywa importuje jeden plik konfiguracyjny do drugiego. Ten
Funkcja pomaga zachować modułowość plików konfiguracyjnych.

Definicje parametrów, które nie zmieniają się często, takie jak definicje kolorów i czcionek,
są tradycyjnie importowane z plików znajdujących się w itp/ w dystrybucji.

W tutorialach przekonasz się, że „ I " importowane są bloki
główny plik konfiguracyjny. Ponieważ te bloki mogą stać się dość duże, główne
plik konfiguracyjny jest bardziej czytelny, jeśli zostaną zdegradowane do oddzielnych plików.

Nadrzędny w *
Aby zastąpić parametr dołączony do pliku, użyj przyrostka „*”. Sufiks
jest wymagane, ponieważ wielokrotne definicje parametru są niedozwolone, z wyjątkiem przypadków
gdzie parametr może mieć więcej niż jedną wartość.


# dołączony plik definiuje „promień”
< >
# to zastąpi wartość promienia
promień* = 2500p


Sufiks „*” można powtórzyć, aby określić, która wartość ma pierwszeństwo w bloku.

promień = 1500p
promień* = 2500p
promień** = 3000p # zostanie użyte to wystąpienie promienia

Nadrzędny w Command Linia
W wierszu poleceń można określić dowolny parametr konfiguracyjny w unikalnej nazwie bloku
za pomocą

-param ŚCIEŻKA/PARAM=wartość

Na przykład,


pokaż = nie
...


-param ideogram/show=nie

i



domyślnie = 0.01r

...


-param ideogram/odstęp/domyślny=0.01r

Kiedy konf() jest używany w pliku konfiguracyjnym do pobrania wartości parametru (dowolny
parametr, a nie tylko te ustawione przez -param), otrzymasz elastyczny system zmiany
konfiguracja w wierszu poleceń.

gatunek = człowiek
karytotype = dane/kariotyp/karyotype.conf(species).txt

-param gatunek=szczur

Można redefiniować wiele parametrów, każdy z własną flagą „-param”.

-param show_ticks=nie -param obraz/promień=2000p

Scalanie Bloki
Wiele wystąpień następujących bloków jest automatycznie łączonych: " ,
" , „ , „ , „ , „ , „ I " .

Celem tego jest umożliwienie dodania definicji kanonicznych.

# ten plik definiuje wartość domyślną , I
< >

# dodaj do bloku kolorów

mójkolor = 150,25,25

OPCJE

systemu
-configfile PLIK
Nazwa pliku konfiguracyjnego. Jest to wymagane.

Circos spróbuje odgadnąć lokalizację tego pliku, wyszukując „circos.conf”.
".", "..", I "../..".

Wydajność utworzony
-png, -nopng
-svg, -nosvg
Przełącza wyjście plików PNG i SVG.

Obraz Elementy
-show_ticks, -noshow_ticks
-show_tick_labels, -noshow_tick_labels
Zastąp wyświetlanie znaczników i ich etykiet. Obydwa są zwykle zdefiniowane w
blok.

Wydajność Ścieżki
-katalog wyjściowy DIR, -katalog DIR
-plik wyjściowy PLIK, -plik PLIK
Zmień katalog wyjściowy i nazwę pliku. PLIK może zawierać ścieżkę.

Debugowanie
-odpluskwić
Włącz podstawowe wyjście debugowania. Zgłasza informacje z

obraz, io, warstwa, podsumowanie, licznik czasu

grupy debugowania (patrz poniżej).

-debug_group {+-}GRUPA1,[{+-}GRUPA2,...]
Włącz dane wyjściowe debugowania dla określonych grup. Aby zapoznać się z listą grup, zobacz

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging>

Aby dodać grupę do wyniku, poprzedź ją znakiem +. Aby go usunąć, użyj -.

# użyj domyślnych grup debugowania, ale wyklucz warstwę i io
-debug -grupa_debugowania -warstwa, -io

# użyj domyślnych grup debugowania i dodaj odstępy
-debug -grupa_debugowania +odstęp

# wyraźnie określ grupy
-debug_group png,io,timer

Aby wyświetlić listę obsługiwanych grup, użyj flagi bez argumentu

-grupa_debugowania

-czas
Zgłoś informacje o czasie. To samo co -debug_group +timer

-cichy
Nie generuj żadnych raportów.

-paranoik, -noparanoik
Uruchom w trybie paranoicznym (domyślnie) lub nie. Wartość domyślna tego ustawienia jest definiowana przez
„paranoid” w pliku etc/housekeeping.conf.

-ostrzeżenia, -ostrzeżenia
Wyświetlaj ostrzeżenia lub nie (domyślnie). Wartość domyślna tego ustawienia jest definiowana przez
„ostrzeżenia” w pliku etc/housekeeping.conf.

-fakeerror = pozycja -fakeerror CAT = pozycja -fakeerror ,ID = pozycja -fakeerror KOT,ID
Sfałszuj błąd, wyświetlając komunikat o błędzie dla kategorii CAT i identyfikatora nazwy błędu. Jeśli
nie określono jednego lub żadnego z nich, wyświetla listę dostępnych błędów.

Jeśli naprawdę nie lubisz oglądać komunikatów o błędach, nie powinno być ku temu powodu
chcę tego użyć.

Stosowanie
-wersja
Pokaż wersję.

-Pomoc
Pokaż krótkie streszczenie użycia.

-człowiek
Pokaż stronę podręcznika.

Wygłupianie się Około
-losowy kolor [kolor1,kolor2,...]
Losuj kolor każdego elementu obrazu, z wyjątkiem opcjonalnej listy
zabarwienie.

Na przykład, aby tło było białe, a wszystko, co czarne,

-Losowy kolor biały, czarny

Korzystaj z cyrków online, korzystając z usług onworks.net