clustalw - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

clustalw - Wielokrotne dopasowanie sekwencji kwasów nukleinowych i białek

STRESZCZENIE

klaster [-w pliku] plik.ext [OPCJE]

klaster [-Pomoc | -pełna pomoc]

OPIS

Clustal W to uniwersalny program do wielokrotnego dopasowywania DNA lub białek.

Program wykonuje jednoczesne dopasowanie wielu sekwencji nukleotydowych lub aminokwasowych. To
jest zwykle uruchamiany interaktywnie, udostępniając menu i pomoc online. Jeśli wolisz używać
to w trybie wiersza poleceń (wsadowym), będziesz musiał podać kilka opcji, z których minimalna to
-w pliku.

OPCJE

DATA (sekwencje)
-w pliku=plik.ext
Sekwencje wejściowe.

-profil1=plik.ext i -profil2=plik.ext
Profile (stara linia trasowania)

CZASOWNIKI (robić rzeczy)
-opcje
Wypisz parametry wiersza poleceń.

-Pomoc or -czek
Nakreśl parametry wiersza poleceń.

-pełna pomoc
Wygeneruj pełną treść pomocy.

-wyrównywać
Wykonaj pełne wyrównanie wielokrotne.

-drzewo
Oblicz drzewo NJ.

-pim
Wyjściowa macierz tożsamości procentowej (podczas obliczania drzewa).

-bootstrap=n
Bootstrap drzewo NJ (n= liczba bootstrapów; pok. = 1000).

-konwertować
Wygeneruj sekwencje wejściowe w innym formacie pliku.

PARAMETRY (ustawić rzeczy)
Ogólne ustawienia:
-interaktywny
Przeczytaj wiersz poleceń, a następnie wejdź do normalnego interaktywnego menu.

-szybkie drzewo
Użyj algorytmu FAST dla drzewa prowadnic wyrównania.

-typ=
BIAŁKO or DNA sekwencje.

-negatywny
Wyrównanie białek z wartościami ujemnymi w macierzy.

-plik wyjściowy=
Nazwa pliku dopasowywania sekwencji.

-wyjście=
GCG, GDE, FILIPA, PIR or NEXUS.

-kolejność wyjściowa=
WEJŚCIE or WYRÓWNANY

-walizka
NIŻSZY or GÓRNY (tylko dla wyjścia GDE).

-sekwencja=
OFF or ON (tylko dla wyjścia Clustal).

-zakres_kolejny=
OFF or ON (NOWOŚĆ: dla wszystkich formatów wyjściowych).

-zakres=m,n
Zakres sekwencji do zapisu początkowego m do m+n.

-maxseqlen=n
Maksymalna dozwolona długość sekwencji wejściowej.

-cichy
Zmniejsz moc wyjściową konsoli do minimum.

-statystyki=filet
Zarejestruj niektóre statystyki wyrównań do filet.

pompatyczność Parami Linie trasowania:
-ktkrotka=n
Rozmiar słowa.

-topdiags=n
Liczba najlepszych diagów.

-okno=n
Okno wokół najlepszych diagów.

-odstęp w parach=n
Kara za przerwę.

-wynik
PROCENT or ABSOLUTNY.

Zwolnij Parami Linie trasowania:
-pwmacierz=
:Matryca masy białka=BLOSUM, WFP, GONNET, ID or filename

-pwdnamatrix=
Macierz wagowa DNA=BLOSUMIUB, BLOSUMCLUSTAW lub BLOSUMNazwa pliku.

-pwgapopen=f
Kara za otwarcie przerwy.

-pwgapext=f
Kara za wydłużenie przerwy.

Wielokrotność Linie trasowania:
-nowedrzewo=
Plik dla nowego drzewa przewodnika.

-usetree=
Plik dla starego drzewa przewodnika.

-macierz=
Macierz masy białka=BLOSUM, WFP, GONNET, ID or filename.

-dnamatrix=
Macierz wagowa DNA=IUB, CLUSTAW or filename.

-przerwa =f
Kara za otwarcie przerwy.

-gapext=f
Kara za wydłużenie przerwy.

-angażuje
Brak pióra separującego szczelinę końcową.

-odstęp odstępów =n
Pióro do separacji szczelin. zakres.

-żadnej luki
Wyłączenie luk specyficznych dla pozostałości.

-Nohgap
Szczeliny hydrofilowe wyłączone.

-hgaprezyd=
Wymień hydrofilową res.

-maxdiv=n
Procent identyczności dla opóźnienia.

-typ=
BIAŁKO or DNA

-transwaga=f
Ważenie przejść.

-iteracja=
BRAK or TREE or WYRÓWNANIE.

-liczba=n
Maksymalna liczba iteracji do wykonania.

Profil Linie trasowania:
-profil
Połącz dwie linie trasowania według linii trasowania profilu.

-nowedrzewo1=
Plik dla nowego drzewa przewodnika dla profilu1.

-nowedrzewo2=
Plik dla nowego drzewa przewodnika dla profilu2.

-usetree1=
Plik dla starego drzewa przewodnika dla profilu1.

-usetree2=
Plik dla starego drzewa przewodnika dla profilu2.

Sekwencja do Profil Linie trasowania:
-sekwencje
Kolejno dodaj sekwencje profilu 2 do wyrównania profilu 1.

-nowedrzewo=
Plik dla nowego drzewa przewodnika.

-usetree=
Plik dla starego drzewa przewodnika.

Structure Linie trasowania:
-nosekstr1
Nie używaj drugorzędowej maski kary za lukę w strukturze dla profilu 1.

-nosekstr2
Nie używaj drugorzędowej maski kary za lukę w strukturze dla profilu 2.

-secstrout=STRUKTURA or MASKA or OBIE or BRAK
Wyjście w pliku wyrównania.

-helixgap=n
Kara za przerwę za pozostałości rdzenia helisy.

-strandgap=n
Kara za przerwę za pozostałości rdzenia nici.

luka w pętli =n
Kara za przerwę dla regionów pętli.

-terminalgap=n
Kara za przerwę dla zakończeń konstrukcji.

-heliksendyna=n
Liczba reszt wewnątrz helisy traktowana jako końcowa.

-helixendout=n
Liczba reszt poza helisą, które należy traktować jako końcowe.

-strandendina=n
Liczba reszt wewnątrz nici, która ma być traktowana jako końcowa.

-Strandendout=n
Liczba reszt poza nicią traktowaną jako końcowa.

Drzewa:
-drzewo wyjściowe=nj OR Filip OR dist OR Nexus

-ziarno=n
Numer nasion dla bootstrapu.

-kimura
Użyj poprawki Kimury.

-tossgaps
Zignoruj ​​pozycje z lukami.

-etykiety rozruchowe=węzeł
Pozycja wartości ładowania początkowego w widoku drzewa.

-klastrowanie=
NJ lub UPGMA.

Korzystaj z clustalw online, korzystając z usług onworks.net