cmtk-convertx — online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

convertx - Konwertuj między formatami plików graficznych i typami danych.

STRESZCZENIE

convertx [opcje] plik wejściowy plik wyjściowy

OPIS

To narzędzie konwertuje formaty plików obrazów i typy danych pikseli. Może również obowiązywać
proste operacje na obrazach ogólnego przeznaczenia w procesie. Dowolna liczba operacji
można określić w wierszu poleceń, które zostaną zastosowane dokładnie w podanej kolejności.

OPCJE

Globalne Toolkit Opcje (te jest shared by cała kolekcja CMTK narzędzia)
--help
Zapisz listę podstawowych opcji wiersza poleceń na standardowe wyjście.

--Pomóż wszystkim
Napisz pełną listę podstawowych i zaawansowanych opcji wiersza poleceń na standardowe wyjście.

--wiki
Zapisz listę opcji wiersza poleceń na standardowe wyjście w znacznikach MediaWiki.

--facet
Zapisz źródło strony podręcznika w znaczniku 'nroff' na standardowe wyjście.

--wersja
Zapisz wersję zestawu narzędzi na standardowe wyjście.

--Echo
Zapisz bieżącą linię poleceń na standardowe wyjście.

--pełny-poziom
Ustaw poziom szczegółowości.

--gadatliwy, -v
Zwiększ poziom szczegółowości o 1 (przestarzałe; obsługiwane w celu zapewnienia zgodności z poprzednimi wersjami).

--wątki
Ustaw maksymalną liczbę równoległych wątków (dla wątków POSIX i OpenMP).

Obraz/Transformacja Baza danych
--db.
Ścieżka do bazy obrazów/transformacji, którą należy zaktualizować o nowo utworzoną
obraz. [Domyślny: ŻADEN]

Wkład Obraz Sterowniki
--set-dopełnienie
Ustaw wartość dopełnienia: wszystkie piksele w obrazie wejściowym, które mają tę wartość, zostaną zignorowane
we wszystkich kolejnych operacjach.

--unset-wypełnienie
Nieustawiona wartość dopełnienia: dla wszystkich kolejnych operacji wszystkie piksele będą traktowane
według ich wartości.

--etykiety
Określ, że wartości obrazu mają być traktowane jako oddzielne etykiety. To zaowocuje
w odpowiednim kodzie intencji do ustawienia w plikach wyjściowych w formacie NIfTI.

--szary
Określ, że wartości obrazu mają być traktowane jako ciągłe poziomy szarości. to będzie
zresetować kod intencji w plikach odczytanych z formatu NIfTI.

Dane Rodzaj Nieruchomości Konwersja
--zwęglać
8 bitów, liczba całkowita ze znakiem

--bajt
8 bitów, liczba całkowita bez znaku

--niski
16 bitów, liczba całkowita ze znakiem

--skrót
16 bitów, liczba całkowita bez znaku

--int
32-bitowa liczba całkowita ze znakiem

--uint
32-bitowa liczba całkowita bez znaku

--pływak
32 bity zmiennoprzecinkowe

--podwójnie
64 bity zmiennoprzecinkowe

wartość Mapowania
--map-wartości
Zastosuj funkcję mapowania do wartości pikseli. Mapowanie jest zdefiniowane jako
'VAL0[,VAL1,...][:NEWVAL]' do odwzorowania wartości VAL0, VAL1 itd. na nową wartość NEWVAL. Jeśli
NEWVAL nie jest podany, wartości są ustawione na dopełnienie.

--map-wartości-tylko
Zastosuj funkcję mapowania do wartości pikseli i zamień niezmapowane piksele na dopełnienie.
Wiele takich reguł mapowania można połączyć jako RULE0+RULE1[+...]; Wszystko
połączone reguły będą stosowane jednocześnie. Mapowanie jest zdefiniowane jako
'VAL0[,VAL1,...][:NEWVAL]' do odwzorowania wartości VAL0, VAL1 itd. na nową wartość NEWVAL. Jeśli
NEWVAL nie jest podany, wartości są ustawione na dopełnienie. Może być wiele takich reguł mapowania
połączone jako RULE0+RULE1[+...]; zostaną zastosowane wszystkie połączone reguły
jednocześnie.

--wymień dopełnienie
Zamień wypełnione dane pikseli na podaną wartość.

--replace-inf-nan
Zastąp wszystkie nieskończone i nieliczbowe piksele podaną wartością.

Obraz Rzut
--odwróć-x
Odwróć (lustro) wzdłuż kierunku x

--odwróć-y
Odwróć (odbicie lustrzane) wzdłuż kierunku y

--odwróć-z
Odwróć (odbicie lustrzane) wzdłuż kierunku Z

Obraz Maskowanie i Progowanie
--maska
Nazwa pliku maski binarnej: wyeliminuj wszystkie piksele obrazu, gdzie maska ​​wynosi 0. Zamaskowane piksele
NIE zostanie ustawiony na zero, ale zamiast tego zostanie zastąpiony aktualnie ustawionym dopełnieniem
wartość. Użyj „--set-padding 0” przed „--mask”, aby wymusić ustawienie na zero.

--odwrotność maski
Odwrócona nazwa pliku maski binarnej eliminuje wszystkie piksele obrazu, w których maska ​​NIE jest równa 0. Patrz
również uwagi dotyczące dopełnienia pod „--mask” powyżej.

--thresh-poniżej
Ustaw wszystkie wartości poniżej progu na wartość progową.

--thresh-powyżej
Ustaw wszystkie wartości powyżej progu na wartość progową.

--thresh-poniżej-do-wyściółki
Ustaw wszystkie wartości poniżej progu na wartość dopełnienia.

--thresh-ponad-do-wypełnienia
Ustaw wszystkie wartości powyżej progu na wartość dopełnienia.

--binaryzacja-thresh
Ustaw wszystkie wartości poniżej progu na 0, wszystkie wartości równe lub wyższe na 1.

--otsu-thresh
Zbinaryzuj obraz do 0/1, używając progu obliczonego metodą Otsu. Argumentem jest liczba
przedziałów histogramu do obliczenia progu.

--otsu-thresh-nbins
Binaryzacja metodą Otsu ze zdefiniowaną przez użytkownika liczbą przedziałów histogramu dla
obliczenie progu.

--suszone-histogram
Obraz progowy przez „przycinanie histogramu intensywności”, tj. dla zadanego argumentu n
[przedziały histogramu] określają progi w taki sposób, że 1/n-ty ułamek najwyższego i
najniższe woksele są progowane.

--przytnij histogram-wysoki
Podobnie jak „--prune-histograms”, ale usuwa tylko wysokie intensywności.

--przycinaj-histogram-niski
Podobnie jak „--prune-histograms”, ale usuwa tylko niskie intensywności.

Intensywność Transformacje
--skala do zakresu
Skaluj intensywność obrazu do zakresu „od: do”, np. „0:255” przed konwersją na bajty
danych.

--wyrównanie-histogramu
Zastosuj wyrównanie histogramu.

--histogram-wyrównanie-nbins
Zastosuj wyrównanie histogramu za pomocą liczba pojemników.

--histogramy dopasowania
Przekształć intensywności, aby dopasować rozkład na obrazie podanym jako argument
za to polecenie.

--match-średnia-sdev
Skaluj intensywności, aby dopasować średnią i standardową dystrybucję intensywności w
image podany jako argument dla tego polecenia.

Morfologiczny operacje
--Odwracać
Odwróć maskę binarną, tj. zamień pierwszy plan i tło.

--erodować
Operator erozji morfologicznej (w pikselach)

--rozszerzać
Operator dylatacji morfologicznej (w pikselach)

--erode-odległość
Operator erozji morfologicznej (według odległości). Często preferowane w przypadku danych anizotropowych.

--erode-odległość-wieloetykiet
Operator erozji morfologicznej (według odległości) dla map z wieloma etykietami. Wynik będzie
dane typu byte, unsigned short lub unsigned int, w zależności od indeksu pliku
największa używana etykieta na wejściu.

--dylat-odległość
Operator dylatacji morfologicznej (według odległości). Często preferowane dla anizotropii
danych.

--połączone-komponenty
Utwórz mapę połączonych komponentów z regionami ponumerowanymi według malejącego rozmiaru komponentu

--granica-mapa
Utwórz mapę granic

--multi-granica-mapa
Utwórz wielowartościową mapę granic

--odległość-mapa
Oblicz niepodpisaną mapę odległości euklidesowej. Obraz wejściowy jest interpretowany jako maska ​​binarna.

--podpisana-mapa-odległości
Oblicz podpisaną (wewnątrz=ujemną, na zewnątrz=dodatnią) mapę odległości euklidesowej

FILTRY operacje
--filtr-mediany
Filtr medianowy. Ta operacja przyjmuje promień filtra w pikselach jako parametr. A
pojedyncza liczba całkowita definiuje promień jądra we wszystkich trzech wymiarach. trzy przecinki-
oddzielone liczby całkowite definiują oddzielne promienie dla trzech wymiarów.

--średnia-filtr
Regionalny filtr średni. Ta operacja przyjmuje promień filtra w pikselach jako
parametr. Pojedyncza liczba całkowita definiuje promień jądra we wszystkich trzech wymiarach. Trzy
liczby całkowite oddzielone przecinkami definiują oddzielne promienie dla trzech wymiarów.

--szybki-średni-filtr
Regionalny filtr średni (szybka implementacja w czasie liniowym). Ta operacja trwa
promień filtra w pikselach jako parametr. Pojedyncza liczba całkowita określa promień jądra
we wszystkich trzech wymiarach. Trzy liczby całkowite oddzielone przecinkami definiują oddzielne promienie dla
trzy wymiary.

--filtr-wariancji
Filtr wariancji regionalnych. Ta operacja przyjmuje promień filtra w pikselach jako
parametr. Pojedyncza liczba całkowita definiuje promień jądra we wszystkich trzech wymiarach. Trzy
liczby całkowite oddzielone przecinkami definiują oddzielne promienie dla trzech wymiarów.

--szybki filtr wariancji
Szybki (w czasie liniowym) regionalny filtr wariancji. Ta operacja pobiera promień filtra
w pikselach jako parametr. Pojedyncza liczba całkowita definiuje promień jądra we wszystkich trzech
wymiary. Trzy liczby całkowite oddzielone przecinkami definiują oddzielne promienie dla tych trzech
wymiary

--filtr-trzeciego momentu
Regionalny filtr trzeciego momentu. Ta operacja przyjmuje promień filtra w pikselach jako
parametr. Pojedyncza liczba całkowita definiuje promień jądra we wszystkich trzech wymiarach. Trzy
liczby całkowite oddzielone przecinkami definiują oddzielne promienie dla trzech wymiarów.

--standardowy-odchylenie-filtr
Regionalny filtr odchylenia standardowego. Ta operacja pobiera promień filtra w pikselach
jako parametr. Pojedyncza liczba całkowita definiuje promień jądra we wszystkich trzech wymiarach.
Trzy liczby całkowite oddzielone przecinkami definiują oddzielne promienie dla trzech wymiarów.

--gładkość-filtr
Regionalny filtr „gładkości”. Ta operacja przyjmuje promień filtra w pikselach jako
parametr. Pojedyncza liczba całkowita definiuje promień jądra we wszystkich trzech wymiarach. Trzy
liczby całkowite oddzielone przecinkami definiują oddzielne promienie dla trzech wymiarów.

--gaussowska-filtr-sigma
Filtruj obraz za pomocą jądra Gaussa. Ta operacja wymaga jednej wartości rzeczywistej
parametr określający współczynnik jądra sigma w jednostkach światowych [np. mm] as
parametr.

--filtr-gaussowski-fwhm
Filtruj obraz za pomocą jądra Gaussa. Ta operacja wymaga jednej wartości rzeczywistej
parametr, który określa pełną szerokość jądra w połowie maksimum w jednostkach światowych
[np. mm].

--filtr-laplace
Filtruj obraz za pomocą jądra Laplace'a poprawiającego krawędzie.

Krata operacje
--wybór próbki w dół
Próbkuj obraz w dół, wybierając piksele, używając współczynników dla osi „Fx, Fy, Fz” lub używając pojedynczego
czynnik „Fxyz”

--downsample-średnia
Próbkuj obraz w dół, uśredniając przy użyciu współczynników dla osi „Fx, Fy, Fz” lub używając pojedynczego
czynnik „Fxyz”

--ponowne próbkowanie
Ponowne próbkowanie obrazu do prawie izotropowych pikseli przy zachowaniu pola widzenia obrazu.
Przyjmuje jeden argument, docelową rozdzielczość w jednostkach światowych [np. mm]

--resample-dokładnie
Ponownie próbkuj obraz do dokładnie izotropowych pikseli o danej rozdzielczości, jednocześnie dopasowując
pole widzenia obrazu tak blisko, jak to możliwe. Przyjmuje jeden argument, rozdzielczość docelową
w jednostkach światowych [np. mm]

--przycinanie według indeksu
Przytnij obraz do regionu określonego przez zestaw sześciu współrzędnych indeksu siatki podanych jako
comma-separated integers x0,y0,z0,x1,y1,z1

--przycinanie według progu
Przytnij obraz do regionu określonego przez zadany próg. Wynikowy obraz będzie
zawierać wszystkie piksele większe niż podany parametr.

--obszar-przycinania-według-progu-zapisu
Przytnij obraz do regionu określonego przez dany próg i zapisz region przycinania
standardowe wyjście.

--crop-by-threshold-write-xform
Przytnij obraz do regionu określonego przez zadany próg i napisz kadrowanie
przekształcenie na standardowe wyjście.

AUTORSKI

Torsten Rohlfing, z udziałem Michaela P. Hasaka, Grega Jefferisa, Calvina R.
Maurer, Daniel B. Russakoff i Jarosław Halchenko

Użyj cmtk-convertx online, korzystając z usług onworks.net