cmtk — Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

cmtk — zestaw narzędzi do morfometrii obliczeniowej

STRESZCZENIE

cmtk [opcje]

OPIS

Ten skrypt pomocniczy zapewnia ujednolicony dostęp do wszystkich narzędzi wiersza poleceń dostarczonych przez CMTK.
Podaj polecenie CMTK do uruchomienia i jego opcje. Widzieć cmtk- (1) strona podręcznika lub
wyjście z cmtk --help Do konkretne opcje

POLECENIA

segmentacja
Zarejestruj obraz docelowy w atlasie, używając afinii, po której następuje niesztywny B-splajn
rejestracji, a następnie ponownie sformatuj mapę etykiety atlasu do obrazu docelowego.

asegment_sri24
Następnie zarejestruj obraz docelowy w wybranym kanale atlasu ludzkiego mózgu SRI24
sformatuj jedną z map etykiet atlasu do obrazu docelowego. Uwaga: zakłada się, że
docelowy obraz jest pozbawiony czaszki, tj. zawiera tylko mózg.

średnio_afiniczny
To narzędzie oblicza średnią z sekwencji współrzędnych afinicznych podanych przez użytkownika
przekształcenia.

średnie_obrazy
To narzędzie oblicza średnią pikseli, wariancję, odchylenie standardowe, wynik Z lub
obrazy entropii z listy obrazów intensywności dostarczonych przez użytkownika.

średnie_etykiety
Średnia współzarejestrowanych obrazów etykiet przy użyciu częściowych objętości

średni_adm
Oblicz obrazy o średniej intensywności i mapy deformacji o średnim kształcie za pomocą aktywnego
model deformacji.

concat_affine
To narzędzie oblicza jawną konkatenację wielu współrzędnych afinicznych
przekształcenia, z których każda może być opcjonalnie odwrócona.

konwertuj_wypaczenie
To narzędzie konwertuje współrzędne deformacji niesztywnego B-splajnu w dowolnym formacie
transformacje między różnymi reprezentacjami (np. absolutna vs. względna).
wektory). Tworzy również przekształcenia ułamkowe.

konwertuj
To narzędzie konwertuje formaty plików obrazów i typy danych pikseli. Może również obowiązywać
proste, ogólnego przeznaczenia operacje na obrazach w procesie. Dowolna liczba
operacje można określić w wierszu poleceń, które zostaną zastosowane dokładnie w pliku
wydany rozkaz.

dbtool
Narzędzie to modyfikuje i odpytuje bazę obrazów oraz przekształceń pomiędzy nimi
Im.

dcm2obraz
Połącz zestawy plasterków DICOM w stosy obrazów 3D

opisać
To narzędzie drukuje szczegółowy opis plików wejściowych jako obraz(y) lub
transformacja(e).

pozbawić prążków
Ten program koryguje artefakty paskowe w stosach uzyskanych obrazów, które mogą wynikać z
różnice skali intensywności między przekrojami.

wykryć_adni_phantom
To narzędzie wykrywa lokalizację wszystkich sferycznych punktów orientacyjnych na obrazie 3D
Fantom do obrazowania strukturalnego Magphan EMR051 (znany również jako ADNI Phantom).

Detect_spheres_matched_filter
To narzędzie wykrywa obiekty kuliste na obrazach trójwymiarowych.

dof2mat
Konwertuj transformację afiniczną z reprezentacji stopni swobody na postać macierzową

dwi_mask_bad_slices
To narzędzie odczytuje zestaw obrazów MR ważonych dyfuzyjnie 3D i znajduje nieprawidłowe wycinki. Złe
wycinek na obrazie dyfuzyjnym jest wykrywany jako taki, którego średnie natężenie znajduje się poza a
określony przedział wokół średniej średnich wszystkich odpowiednich wycinków z
pozostałe obrazy dyfuzji.

epiunwarp
Korekcja zniekształceń wywołanych niejednorodnością pola B0 w obrazach echa planarnego (np.
obrazy ważone dyfuzyjnie) przy użyciu dwóch obrazów uzyskanych przy kodowaniu przeciwnej fazy
kierunkach.

obraz fib2
Wyniki śledzenia włókien z narzędzia UNC Fiber Tracking są odczytywane ze standardowego wejścia
a wszystkie punkty światłowodowe są rysowane na obrazie 3D. Wynik jest zapisywany w jednym z
obsługiwane formaty plików obrazów.

fibxform
Odczytywany jest plik z wynikami śledzenia włókien z narzędzia UNC Fiber Tracking
Stosowane są standardowe dane wejściowe i jedna lub więcej (połączonych) transformacji współrzędnych
do wszystkich współrzędnych punktów światłowodowych. Wynik jest zapisywany na standardowe wyjście, ponownie w
Format pliku światłowodowego UNC.

film Narzędzie to dzieli przeplatany obraz wejściowy na obrazy przepustowe, współrejestruje je,
i rekonstruuje obraz skorygowany ruchem

filtrować
To narzędzie stosuje operatory filtrowania przestrzennego, w tym wrażliwe na węzły
operatory oparte na selektywnych jądrach Gaussa.

fit_affine_dfield
Dopasuj liniową transformację afiniczną do transformacji niesztywnej, albo B-sklejanej
deformacja swobodna lub nieparametryczne pole deformacji.

fit_affine_xform
Dopasuj liniową transformację afiniczną do listy połączonych, opcjonalnie odwróconych,
przekształcenia.

fit_affine_xform_punkty orientacyjne
Dopasuj liniową transformację afiniczną do zestawu dopasowanych punktów orientacyjnych.

pole fit_spline_d
Dopasuj parametryczną transformację niesztywną (odkształcenie swobodne B-splajn) do a
pole deformacji

fit_spline_xform
Dopasuj parametryczną transformację niesztywną (deformację swobodną B-splajn) do listy
połączonych, opcjonalnie odwróconych transformacji.

widok

geodopasowanie
To narzędzie odczytuje dwa lub więcej obrazów i sprawdza, czy ich wymiary siatki (w pikselach).
rozmiary i transformacje obrazu w przestrzeń są zgodne. Opcjonalnie wszystkie obrazy są
przed wykonaniem testu ponownie zorientować do standardowej orientacji. Jeśli wszystkie obrazy pasują,
narzędzie powraca z kodem wyjścia 0, w przeciwnym razie powraca z kodem wyjścia 2. W przypadku
wystąpił błąd (np. nie można odczytać jednego z obrazów), kod wyjścia to 1.

glm Modelowanie statystyczne intensywności pikseli na wielu obrazach przy użyciu ogólnego modelu liniowego
Model.

Hmm Podziel obraz na klasy c, używając algorytmu EM dla mieszanin Gaussa
opcjonalne priorytety.

gregxform
TO NARZĘDZIE JEST PRZESTARZAŁE. ZAMIAST UŻYJ streamxform.

groupwise_affine
Narzędzie to rejestruje populację obrazów wejściowych jednocześnie, bez szablonu,
przy użyciu algorytmu „krzepnięcia” lub miary podobieństwa grupowego opartej na a
ciągłe przybliżanie wzajemnych informacji („RMI”).

groupwise_init
Oblicz początkowe wyrównanie afiniczne dla grupy obrazów wejściowych, które można wykorzystać jako
wejście do rejestracji grupowej

grupowo_warp
To narzędzie niesztywnie rejestruje jednocześnie populację obrazów wejściowych, bez a
szablonu przy użyciu algorytmu „zestalania” lub miary podobieństwa grupowego
w oparciu o ciągłe przybliżanie wzajemnych informacji („RMI”).

Hausdorffa
To narzędzie oblicza odległość Hausdorffa pomiędzy dwoma obrazami etykiet.

histogram
Utwórz histogram intensywności obrazu i zapisz go jako plik tekstowy rozdzielany tabulatorami
standardowe wyjście

matematyka obrazowa
Wykonuj operacje na obrazach, korzystając z notacji postfiksowej opartej na stosie.

przeplatane_złe_plasterki
To narzędzie odczytuje szeregi czasowe obrazów 3D i wykrywa wartości odstające.

iterative_shape_averaging

jidb Narzędzie to dzieli przeplatany obraz wejściowy na obrazy przepustowe, współrejestruje je,
i rekonstruuje obraz skorygowany ruchem

Poziom
Segmentacja pierwszego planu/tła typu „levelset” przy użyciu minimalnej wariancji regionalnej
energia

lmsba
To narzędzie łączy wiele segmentacji wieloklasowych ze współrejestrowanych i
przeformatowano atlasy przy użyciu lokalnie ważonego uśredniania opartego na kształcie.

lsba To narzędzie łączy wiele segmentacji binarnych ze współrejestrowanych i przeformatowanych
atlasy wykorzystujące lokalnie ważone uśrednianie oparte na kształtach.

głosuję
Narzędzie to łączy wiele segmentacji ze współrejestrowanych i przeformatowanych atlasów
przy użyciu głosowania ważonego lokalnie.

make_initial_affine
Oblicz początkową transformację afiniczną, ustawiając w jednej linii środki masy lub główne osie

mat2dof
Konwertuj macierz transformacji na stopnie swobody

mcaffine
Wielokanałowa rejestracja obrazu afinicznego przy użyciu histogramu lub kowariancji
wspólne miary entropii

mcwarp
Wielokanałowa, niesztywna rejestracja obrazu B-splajn przy użyciu histogramu lub
Wspólne miary entropii oparte na kowariancji

mk_adni_phantom
Wygeneruj obraz fantomu kalibracyjnego obrazowania strukturalnego ADNI (znanego również jako Magphan
EMR051).

mk_analyze_hdr
Utwórz plik nagłówkowy zgodnie z formatem Analzye 7.5 w oparciu o parametry podane przez użytkownika dla
geometria, typ danych, orientacja itp.

mk_nifti_hdr
Utwórz plik nagłówkowy zgodnie z formatem pliku NIFTI w oparciu o parametry podane przez użytkownika dla
geometria, typ danych, orientacja itp.

mk_phantom_3d
Generuj cyfrowe obrazy fantomowe 3D za pomocą szeregu poleceń rysowania

mrbia
Ten program koryguje artefakty niejednorodności intensywności na obrazach MR za pomocą odchylenia
pole oszacowane poprzez minimalizację entropii.

zakładka
Oblicz miary nakładania się dwóch lub więcej obrazów

sonda
To narzędzie drukuje wartości pikseli lub symboliczne etykiety na liście obrazów dostarczonych przez użytkownika
współrzędne

pxsearch
To narzędzie odczytuje plik obrazu, a także listę współrzędnych pikseli ze standardu
wejście. Dla każdego piksela przeszukiwane jest lokalne otoczenie obrazu
maksymalna wartość. Lokalizacja maksimum jest następnie zapisywana na standardowe wyjście.

przeformatować
Rozszerzone narzędzie do reformatowania objętości do obliczania przeformatowanych obrazów i map jakobianu z
dowolne sekwencje połączonych przekształceń

rejestracja
Program ten wykonuje sztywną i afiniczną rejestrację obrazu przy użyciu wielu rozdzielczości
optymalizacja miar podobieństwa obrazów opartych na wokselach.

rejestracjax
Program ten wykonuje sztywną i afiniczną rejestrację obrazu przy użyciu wielu rozdzielczości
optymalizacja miar podobieństwa obrazów opartych na wokselach.

regres
Regresja liniowa (i wielomianowa wyższego rzędu) pól i obrazów deformacji.

zmienić orientację
Konwertuj orientacje obrazu, tj. fizycznie zmieniaj kolejność pikseli i dostosowuj się
zapisane informacje o orientacji anatomicznej

sba Średnie segmentacje (pola etykiet) przy użyciu transformacji odległości euklidesowej. Wszystko
obrazy wejściowe muszą znajdować się w tym samym miejscu. EDT jest również obliczane w tej przestrzeni. Widzieć
http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 aby uzyskać szczegółowe informacje na temat podstawowego algorytmu.

tak Średnie segmentacje (pola etykiet) przy użyciu transformacji odległości euklidesowej. Ten
narzędzie wykonuje wspólną interpolację i uśrednianie poprzez interpolację z EDT. Ten
wymaga, aby dane wejściowe były transformacjami z tego samego ustalonego na (niekoniecznie)
różne ruchome obrazy. Obliczenia EDT wykonywane są w przestrzeni każdego ruchomego obrazu.
See http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 aby uzyskać szczegółowe informacje na temat podstawy
algorytm.

sekwencja
Przeanalizuj sekwencję wartości liczbowych, która jest odczytywana ze standardowego wejścia

podobieństwo
Oblicz miary podobieństwa, takie jak różnica intensywności lub nakładanie się etykiet
dwa obrazy.

dzielić
Podziel obraz objętościowy na podobrazy, tj. rozdziel przeplatane obrazy na przejścia

statystyka
Obliczenia statystyczne dotyczące intensywności pikseli obrazu, tj. średnich i standardów
odchylenia

strumień_pikseli
To narzędzie odczytuje jeden lub więcej obrazów i zapisuje wszystkie ich piksele na standardowe wyjście
forma binarna. Opcjonalnie każdy obraz można przeorientować na określoną anatomię
orientacji i/lub konwertowane na inny typ danych. Jest to przydatne w przypadku rurociągów
dane obrazu za pośrednictwem potoku, np. zestawu narzędzi Camino DTI.

streamxform
Lista współrzędnych punktów w formacie ASCII jest odczytywana ze standardowego wejścia i
stosowana jest podana sekwencja przekształceń współrzędnych (każda opcjonalnie odwrócona).
do nich. Przekształcone punkty są następnie zapisywane na standardowe wyjście.

sympl
Oblicz przybliżoną płaszczyznę symetrii obrazu, aby określić na przykład
płaszczyzna środkowo-strzałkowa na obrazach ludzkiego mózgu. Obsługiwane są różne formy wyjściowe,
np. zapisanie obrazu wejściowego z narysowaną na nim płaszczyzną symetrii lub wejście
obraz wyrównany wzdłuż płaszczyzny symetrii.

symplks
Oblicz przybliżoną płaszczyznę symetrii obrazu, aby określić na przykład
płaszczyzna środkowo-strzałkowa na obrazach ludzkiego mózgu. Obsługiwane są różne formy wyjściowe,
np. zapisanie obrazu wejściowego z narysowaną na nim płaszczyzną symetrii lub wejście
obraz wyrównany wzdłuż płaszczyzny symetrii.

testować
Pikselowe testy istotności statystycznej. Oblicz także korelacje i wyniki Z

niepodzielny
Połącz oddzielne stosy obrazów w jeden przeplatany obraz

unwarp_image_phantom
To narzędzie oblicza transformację wielomianową lub swobodną transformację B-sklejaną
deformację w celu rozpakowania obrazu. Transformacja opiera się na oczekiwanych i wykrytych
punkty orientacyjne na obrazie fantomu strukturalnego uzyskanym za pomocą tego samego skanera. Użyj
Narzędzie „detect_adni_phantom” do wykrywania punktów orientacyjnych fantomu ADNI na obrazie i
wygeneruj plik opisu fantomu odpowiedni do użycia z tym narzędziem.

tom2csv
To narzędzie oblicza objętości obszarów na obrazie etykiety. Opcjonalnie akceptuje
mapy gęstości (np. dla różnych tkanek) oraz oblicza i drukuje dla poszczególnych regionów
treść dla każdego. Narzędzie może także zaakceptować opcjonalną mapę „objętości pikseli”.
w przypadku lokalnych zmian objętości pikseli, np. z powodu zniekształceń przestrzennych.

wstrzyknięcie_objętości
Rekonstrukcja woluminu o wysokiej rozdzielczości z wielu współrejestrowanych (niska rozdzielczość)
obrazy przy użyciu wtrysku objętości do przodu

rekonstrukcja_objętości
Iteracyjna rekonstrukcja objętości ze współrejestrowanych obrazów przy użyciu interpolacji odwrotnej
lub usuwanie zamgleń stawów

vtkxform
Plik VTK w formacie ASCII jest odczytywany ze standardowego wejścia i współrzędnych podanych przez użytkownika
transformacja (opcjonalnie odwrócona) jest stosowana do współrzędnych wierzchołków. VTK
plik z przekształconymi punktami jest następnie zapisywany na standardowe wyjście.

wypaczać Ten program wykonuje niesztywną rejestrację obrazu przy użyciu optymalizacji wielu rozdzielczości
miary podobieństwa obrazów oparte na wokselach i wielorozdzielczy B-splajn
model transformacji.

warp2ps
Zapisz pole deformacji jako zdeformowaną siatkę w formacie PostScript w celu wizualizacji i
ilustracja

warpx
Ten program wykonuje niesztywną rejestrację obrazu przy użyciu optymalizacji wielu rozdzielczości
miary podobieństwa obrazów oparte na wokselach i wielorozdzielczy B-splajn
model transformacji.

pole xform2d
Konwertuj parametryczną transformację sztywną lub niesztywną na pole deformacji, próbkowane w
lokalizacje pikseli danego obrazu referencyjnego

xform2itk
To narzędzie konwertuje transformacje współrzędnych z formatu CMTK na format ITK i in
procesu, uwzględniając również różnice w konwencjach współrzędnych obrazu

xform2skalarny
To narzędzie wyodrębnia miary skalarne z transformacji i pól deformacji,
próbkowane w lokalizacjach siatki i zapisuje wyniki w obrazie. Przykłady obsługiwanych
Miarami skalarnymi są: składowa x,y,z transformacji, wielkość
transformacja i wyznaczniki Jakobianu.

AUTORSKI

Torsten Rohlfing, z udziałem Michaela P. Hasaka, Grega Jefferisa, Calvina R.
Maurer, Daniel B. Russakoff i Jarosław Halchenko

Użyj cmtk online, korzystając z usług onworks.net