codonw - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

codonw - Analiza korespondencji wykorzystania kodonów

OPIS

codonW [plik_wejściowy] [plik_wyjściowy] [plik_wyjściowy] [opcje] Opcje ogólne i domyślne:

-h(elp)
Ta wiadomość pomocy

-nomenu
Zapobiegaj wyświetlaniu interfejsu menu

-teraz ostrzegam
Zapobiegaj wyświetlaniu ostrzeżeń o wyświetlanych sekwencjach

-cichy
Nadpisuj pliki po cichu

-sumy
Połącz wszystkie geny w pliku wejściowym

-maszyna
Wyjście do odczytu maszynowego

-człowiek Dane wyjściowe czytelne dla człowieka

-kod N
Kod genetyczny zgodnie z definicją w menu 3 opcja 5

-f_typ N
Kodony Fop/CBI zgodnie z definicją w menu 3 opcja 6

-c_typ N
Wartości sprawności Cai określone w opcji 3 menu 7

-t (zwęglać)
Separator kolumn do wykorzystania w plikach wyjściowych (przecinek, tabulator, spacja)

Wskaźniki wykorzystania kodonów i wskaźniki aminokwasów

-cai obliczyć wskaźnik adaptacji kodonów (CAI)

-fircyk obliczyć Częstość OPtymalnego indeksu kodonów (FOP)

-cbi obliczyć indeks odchylenia kodonów (CBI)

-enk Efektywna liczba kodonów (ENc)

-gc Zawartość G+C genu (wszystkie 3 pozycje kodonów)

-gcs3 GC kodonów synonimicznych 3. pozycje

-sil_baza
Skład zasad w synonimicznych pozycjach trzeciego kodonu

-L_sym Liczba synonimicznych kodonów

-L_aa Całkowita liczba kodonów synonimicznych i niesynonimicznych

-wszystkie_indeksy
Wszystkie powyższe wskaźniki

-aro Oblicz aromatyczność białka

-hydr Oblicz hydropatyczność białka

-cai_plik
{file} Plik wejściowy użytkownika z wartościami CAI

-cbi_plik
{file} Plik danych wejściowych użytkownika z wartościami CBI

-fop_plik
{file} Plik wejściowy użytkownika zawierający wartości Fop

Opcje analizy korespondencji (COA).

-coa_cu
COA częstotliwości użycia kodonów

-coa_rscu
Autentyczność względnego użycia kodonów synonimicznych

-coa_aa
COA częstotliwości użycia aminokwasów

-coa_ekspert
Generuj szczegółowe (eksperckie) statystyki dotyczące COA

-coa_axes N
Wybierz numer osi do zapisania

-coa_num N
Wybierz liczbę genów do wykorzystania w celu identyfikacji optymalnych wartości kodonów, które mogą być całe
liczby lub procent (5 lub 10%)

Opcje wyjścia zbiorczego | można wybrać tylko jeden na analizę

-au Zużycie aminokwasów (AAU)

-raau Względne zużycie aminokwasów (RAAU)

-z Wykorzystanie kodonów (CU) (domyślnie)

-przekrój Tabelaryczne wykorzystanie kodonów

-przekrój Tabelaryczne użycie kodonów w zestawie danych

-rscu Względne użycie kodonów synonimicznych (RSCU)

-szybko formacie fasta

-czysty formacie fasta

-czytelnik
Format czytnika (kodony są oddzielone spacjami)

-przetłumacz
Koncepcyjne tłumaczenie DNA na aminokwas

-baza Szczegółowy raport składu kodonów G+C

-dinuk Wykorzystanie dinukleotydu z trzema kodonami poz.

-Noblk Brak masowego wyjścia do zapisania w pliku

Gdzie {plik} reprezentuje nazwę pliku wejściowego, a N wartość całkowitą Kontrolowane wyjście <>

Korzystaj z codenw online za pomocą usług onworks.net