CombineMUMs - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

mummer - pakiet do dopasowania sekwencji wielu genomów

STRESZCZENIE

mummer-adnotate
łączyć MUMs
dnadiff [opcje]lub [opcje]-d<deltaplik>
dokładne-tandemy
luki
widok mapy [opcje]<współrzędneplik>[UTRwspółrzędne][CDSwspółrzędne]
mgaps [-D][-F][-l][-S]
mamuśka [Opcje]
spisek [opcje]<meczplik>
nukmer [opcje]
nucmer2xrys
promotor [opcje]
powtórz mecz [opcje]
bieg-mummer1 <szybkaodniesienie><szybkazapytanie>[-R]
bieg-mummer3 <szybkaodniesienie><multi-fastazapytanie>
pokaż-wyrównuje [opcje]<refID><qryID>

Dane wejściowe to dane wyjściowe .delta programu „nucmer” lub „promer” przekazanego do
wiersz poleceń.

Wyjście jest na standardowe wyjście i zawiera wszystkie dopasowania między zapytaniem a referencją
sekwencje zidentyfikowane w wierszu poleceń.

UWAGA: Domyślnie żadne sortowanie nie jest wykonywane, dlatego wyrównania zostaną uporządkowane tak, jak w
ten Wejście.
pokaż współrzędne [opcje]
pokaż-snps [opcje]
kafelki na pokaz [opcje]

OPIS

OPCJE

Wszystkie narzędzia (oprócz luk) są zgodne z opcjami -h, --help, -V i --version jak zwykle
oczekiwać. Ta pomoc jest doskonała i sprawia, że ​​te strony podręcznika są w zasadzie przestarzałe.
łączyć MUMs Łączy MUM w przedłużając mecze poza końcówkami i między MUMami.
jest plikiem fasta sekwencji referencyjnej. jest wielo-
plik fasta sekwencji dopasowanych do referencji

-D Tylko wyjście do stdout pozycji różnicowych
i postacie
-n Zezwalaj na dopasowania tylko między nukleotydami, tj. ACGT
-N liczba meczów Przerwa o lub więcej kolejnych nie-ACGT
-q tag Używany do oznaczania dopasowania zapytania
-r tag Używany do oznaczenia dopasowania odniesienia
-S Wyprowadza wszystkie różnice w ciągach
-t Etykieta pasuje do zapytania z nagłówkiem zapytania fasta
-v num Ustaw poziom gadatliwości dla dodatkowego wyjścia
-W plik Zresetuj domyślną nazwę pliku wyjściowego witherrors.gaps
-x Nie wyświetlaj plików .cover
-e Ustaw odcięcie wskaźnika błędów na e (np. 0.02 to dwa procent)
dnadiff Przeprowadź analizę porównawczą dwóch zestawów sekwencji za pomocą nucmera i jego skojarzonych
narzędzia o zalecanych parametrach. Więcej informacji można znaleźć w dokumentacji MUMmer
opis wyjścia. Tworzy następujące pliki wyjściowe:

.report - Podsumowanie wyrównań, różnic i SNP
.delta - Standardowe wyjście wyrównania nucmera
.1delta — wyrównanie 1 do 1 od filtra delta -1
.mdelta - wyrównanie M-do-M z delta-filter -m
.1coords - współrzędne 1 do 1 ze współrzędnych pokazowych -THrcl .1delta
.mcoords - współrzędne M-do-M z show-coords -THrcl .mdelta
.snps - SNP z show-snps -rlTHC .1delta
.rdiff - Sklasyfikowane punkty przerwania referencji z show-diff -rH .mdelta
.qdiff - Sklasyfikowane punkty przerwania qry z show-diff -qH .mdelta
.unref — Niewyrównane identyfikatory i długości odwołań (jeśli dotyczy)
.unqry — Niewyrównane identyfikatory zapytań i długości (jeśli dotyczy)

OBOWIĄZKOWY:
referencja Ustaw referencję wejściową multi-FASTA nazwa pliku
zapytanie Ustaw zapytanie wejściowe multi-FASTA nazwa pliku
or
plik delta Niefiltrowany plik wyrównania .delta z nucmer

OPCJE:
-d|delta Dostarczenie wstępnie obliczonego pliku delta do analizy
-h
--pomoc Wyświetl informacje pomocy i wyjdź
-p|prefix Ustaw prefiks plików wyjściowych (domyślnie "out")
-V
--version Wyświetla informacje o wersji i kończy pracę

widok mapy
-h
--pomoc Wyświetl informacje pomocy i wyjdź
-m|mag Ustawia powiększenie, z jakim renderowana jest figura,
jest to opcja dla fig2dev, która służy do generowania
pliki PDF i PS (domyślnie 1.0)
-n|num Ustaw liczbę plików wyjściowych używanych do partycjonowania
wyjście, ma to na celu uniknięcie generowania plików, które są zbyt
duży do wyświetlenia (domyślnie 10)
-p|prefiks Ustaw prefiks pliku wyjściowego
(domyślnie „PROMER_graph lub NUCMER_graph”)
-v
--verbose Pełne logowanie przetwarzanych plików
-V
--version Wyświetla informacje o wersji i kończy pracę
-x1 coord Ustaw dolną granicę współrzędnych wyświetlacza
-x2 coord Ustaw górną granicę współrzędnych wyświetlacza
-g|ref Jeśli plik wejściowy jest dostarczany przez 'mgaps', ustaw
ID sekwencji referencyjnej (tak jak widnieje w pierwszej kolumnie)
pliku ze współrzędnymi UTR/CDS)
-I Wyświetlam nazwę sekwencji zapytań
-Ir Wyświetla nazwę genów referencyjnych
mamuśka Znajdź i wypisz (na standardowe wyjście) pozycje i długość wszystkich wystarczająco długich
maksymalne dopasowania podciągu w oraz

-mum oblicz maksymalne dopasowania, które są unikalne w obu sekwencjach
-mumcand to samo co -mumreference
-mumreference oblicza maksymalne dopasowania, które są unikalne w
sekwencja odwołań, ale niekoniecznie w sekwencji zapytań
(Domyślne)
-maxmatch oblicza wszystkie maksymalne dopasowania niezależnie od ich unikalności
-n dopasowuje tylko znaki a, c, g lub t
mogą być pisane dużymi lub małymi literami
-Ustawiam minimalną długość meczu
jeśli nie jest ustawiona, domyślna wartość to 20
-b oblicz dopasowania dopełnienia w przód i wstecz
-r oblicza tylko dopasowania odwrotnego uzupełnienia
-s pokaż pasujące podciągi
-c zgłoś pozycję zapytania odwrotnego dopasowania dopełnienia
względem oryginalnej sekwencji zapytania
-F wymusza 4-kolumnowy format wyjściowy niezależnie od liczby
wejścia sekwencji odniesienia
-L pokazuje długość sekwencji zapytań w wierszu nagłówka
Nuncjusz
nucmer generuje dopasowania nukleotydów między dwoma danymi wejściowymi mutli-FASTA
pliki. Generowane są dwa pliki wyjściowe. Lista plików wyjściowych .cluster
klastry dopasowań między każdą sekwencją. Plik .delta zawiera listę
odległość między insercjami i skreśleniami, które dają maksymalny wynik
dopasowania między każdą sekwencją.

OBOWIĄZKOWY:
Odniesienie Ustaw nazwę pliku wejściowego multi-FASTA
Zapytanie Ustaw zapytanie wejściowe multi-FASTA nazwa pliku

--mum Użyj dopasowań kotwic, które są unikalne w obu odniesieniach
i zapytanie
--mumcand To samo co --mumreference
--mumreference Użyj dopasowań kotwic, które są unikalne w referencji
ale niekoniecznie unikatowe w zapytaniu (zachowanie domyślne)
--maxmatch Użyj wszystkich dopasowań kotwic, niezależnie od ich unikalności

-b|breaklen Ustawia odległość, na jaką rozszerzenie wyrównania będzie próbowało
rozszerz regiony o słabej punktacji przed poddaniem się (domyślnie 200)
-c|mincluster Ustawia minimalną długość klastra dopasowań (domyślnie 65)
--[no]delta Przełącza tworzenie pliku delta (domyślnie --delta)
--depend Wydrukuj informacje o zależnościach i wyjdź
-d|diagfactor Ustawia współczynnik rozdzielania różnicy przekątnej grupowania
(domyślnie 0.12)
--[no]extend Przełącz krok rozszerzenia klastra (domyślnie --extend)
-f
--forward Używa tylko przedniej nici sekwencji Query
-g|maxgap Ustaw maksymalną przerwę między dwoma sąsiednimi dopasowaniami w a
klaster (domyślnie 90)
-h
--pomoc Wyświetl informacje pomocy i wyjdź
-l|minmatch Ustaw minimalną długość pojedynczego dopasowania (domyślnie 20)
-o
--coords Automatycznie generuj oryginalne coords NUCmer1.1
plik wyjściowy za pomocą programu 'show-coords'
--[no]optymalizuj Przełącz optymalizację wyniku wyrównania, np. jeśli wyrównanie
rozszerzenie dojdzie do końca sekwencji, cofnie się
aby zoptymalizować wynik wyrównania zamiast kończenia
wyrównanie na końcu sekwencji (domyślnie --optimize)
-p|prefix Ustaw prefiks plików wyjściowych (domyślnie "out")
-r
--reverse Użyj tylko odwrotnego uzupełnienia sekwencji Query
--[no] uproszczenie Uprość wyrównania, usuwając zacienione klastry. Zakręt
ta opcja jest wyłączona, jeśli wyrównujesz sekwencję do siebie, aby wyglądać
dla powtórzeń (domyślnie --simplify)

promotor
promer generuje wyrównania aminokwasów między dwoma wejściami mutli-FASTA DNA
pliki. Generowane są dwa pliki wyjściowe. Lista plików wyjściowych .cluster
klastry dopasowań między każdą sekwencją. Plik .delta zawiera listę
odległość między insercjami i skreśleniami, które dają maksymalny wynik
dopasowania między każdą sekwencją. Wejście DNA jest tłumaczone na wszystkie 6
odczytu ramek w celu wygenerowania wyjścia, ale współrzędne wyjścia
odnieść się do oryginalnego wkładu DNA.

OBOWIĄZKOWY:
Odniesienie Ustaw wejściowy plik referencyjny multi-FASTA DNA
Zapytanie Ustaw zapytanie wejściowe multi-FASTA plik DNA

--mum Użyj dopasowań kotwic, które są unikalne w obu odniesieniach
i zapytanie
--mumcand To samo co --mumreference
--mumreference Użyj dopasowań kotwic, które są unikalne w referencji
ale niekoniecznie unikatowe w zapytaniu (zachowanie domyślne)
--maxmatch Użyj wszystkich dopasowań kotwic, niezależnie od ich unikalności

-b|breaklen Ustawia odległość, na jaką rozszerzenie wyrównania będzie próbowało
przedłużyć słabe regiony punktowane przed poddaniem się, mierzone w
aminokwasy (domyślnie 60)
-c|mincluster Ustawia minimalną długość klastra dopasowań, mierzoną w
aminokwasy (domyślnie 20)
--[no]delta Przełącza tworzenie pliku delta (domyślnie --delta)
--depend Wydrukuj informacje o zależnościach i wyjdź
-d|diagfactor Ustawia współczynnik rozdzielania różnicy przekątnej grupowania
(domyślnie 11)
--[no]extend Przełącz krok rozszerzenia klastra (domyślnie --extend)
-g|maxgap Ustaw maksymalną przerwę między dwoma sąsiednimi dopasowaniami w a
klaster, mierzony w aminokwasach (domyślnie 30)
-l|minmatch Ustaw minimalną długość pojedynczego dopasowania, mierzoną w amino
kwasy (domyślnie 6)
-m|masklen Ustaw maksymalną długość maskowania podpórki, mierzoną w amino
kwasy (domyślnie 8)
-o
--coords Automatyczne generowanie oryginalnego PROmer1.1 ".coords"
plik wyjściowy za pomocą programu "show-coords"
--[no]optymalizuj Przełącz optymalizację wyniku wyrównania, np. jeśli wyrównanie
rozszerzenie dojdzie do końca sekwencji, cofnie się
aby zoptymalizować wynik wyrównania zamiast kończenia
wyrównanie na końcu sekwencji (domyślnie --optimize)

-p|prefix Ustaw prefiks plików wyjściowych (domyślnie "out")
-x|matrix Ustawia numer macierzy wyrównania na 1 [BLOSUM 45],
2 [BLOSUM 62] lub 3 [BLOSUM 80] (domyślnie 2)
powtórz mecz Znajdź wszystkie maksymalne dokładne dopasowania w
-E Użyj wyczerpującego (powolnego) wyszukiwania, aby znaleźć dopasowania
-f Tylko nić do przodu, nie używaj odwrotnego dopełnienia
-n # Ustaw minimalną długość dokładnego dopasowania na #
-t Tylko wyjście powtórzeń tandemowych
-V # Ustaw poziom drukowania szczegółowego (debugowania) na #
pokaż-wyrównuje
-h Wyświetl informacje pomocy
-q Sortuj wyrównania według współrzędnych początkowych zapytania
-r Sortuj linie trasowania według współrzędnych początkowych odniesienia
-w int Ustaw szerokość ekranu - domyślnie 60
-x int Ustaw typ matrycy - domyślnie 2 (BLOSUM 62),
inne opcje to 1 (BLOSUM 45) i 3 (BLOSUM 80)
uwaga: ma wpływ tylko na wyrównanie aminokwasów
pokaż współrzędne
-b Łączy nakładające się wyrównania niezależnie od dopasowania dir
lub ramki i nie wyświetla żadnych informacji o tożsamości.
-B Przełącz wyjście na format btab
-c Uwzględnij w danych wyjściowych informację o procentowym pokryciu
-d Wyświetla kierunek wyrównania w dodatkowym
Kolumny FRM (domyślne dla promera)
-g Przestarzała opcja. Zamiast tego użyj „filtra delta”
-h Wyświetl informacje pomocy
-H Nie drukuj nagłówka wyjściowego
-I float Ustaw minimalną procentową tożsamość do wyświetlenia
-k Knockout (nie wyświetlaj) wyrównań, które nakładają się
kolejne wyrównanie w innej ramce o więcej niż 50%
ich długości ORAZ mają mniejsze podobieństwo procentowe
lub są mniejsze niż 75% rozmiaru drugiej linii trasowania
(tylko promer)
-l Uwzględnij w danych wyjściowych informacje o długości sekwencji
-L długi Ustaw minimalną długość wyrównania do wyświetlenia
-o Opisz maksymalne dopasowania między dwiema sekwencjami, tj.
nakładanie się sekwencji referencyjnej i sekwencji zapytań
-q Sortuj wiersze wyjściowe według identyfikatorów zapytań i współrzędnych
-r Sortuj linie wyjściowe według identyfikatorów referencyjnych i współrzędnych
-T Przełącz wyjście do formatu rozdzielanego tabulatorami

Dane wejściowe to dane wyjściowe .delta programu „nucmer” lub „promer” przekazanego do
wiersz poleceń.

Wyjście jest na standardowe wyjście i składa się z listy współrzędnych, procentowej tożsamości i innych
przydatne informacje dotyczące danych wyrównania zawartych w pliku .delta używanym jako
wkład.

UWAGA: Żadne sortowanie nie jest wykonywane domyślnie, dlatego wyrównania zostaną uporządkowane jako znalezione
w Wejście.
pokaż-snps
-C Nie zgłaszaj SNP z zestawień z niejednoznacznym
mapowanie, tj. zgłaszaj tylko SNP, w których [R] i [Q]
kolumny są równe 0 i nie wyświetlaj tych kolumn
-h Wyświetl informacje pomocy
-H Nie drukuj nagłówka wyjściowego
-Nie zgłaszam indelów
-l Uwzględnij w danych wyjściowych informacje o długości sekwencji
-q Sortuj wiersze wyjściowe według identyfikatorów zapytań i pozycji SNP
-r Sortuj linie wyjściowe według identyfikatorów referencyjnych i pozycji SNP
-S Określ, które linie trasowania mają być raportowane przez przejście
linie „show-coords” do stdin
-T Przełącz na format rozdzielany tabulatorami
-x int Uwzględnij x znaków otaczającego kontekstu SNP w
wyjście, domyślnie 0

Wejście to wyjście .delta programu nucmer lub promer przekazanego w poleceniu
Linia.

Wyjście jest na standardowe wyjście i składa się z listy SNP (lub podstawień aminokwasowych dla
promer) z pozycjami i innymi przydatnymi informacjami. Dane wyjściowe będą domyślnie sortowane z opcją -r
a kolumna [BUFF] zawsze będzie odnosić się do sekwencji, której pozycje zostały posortowane.
Ta wartość określa odległość od tego SNP do najbliższego niedopasowania (koniec wyrównania,
indel, SNP, itp.) w tym samym wyrównaniu, podczas gdy kolumna [DIST] określa odległość
od tego SNP do najbliższego końca sekwencji. SNP, dla których kolumny [R] i [Q] są
większe niż 0 należy oceniać ostrożnie, ponieważ te kolumny określają liczbę
inne linie trasowania, które nakładają się na tę pozycję. Użyj -C, aby upewnić się, że SNP są zgłaszane tylko z
unikalne regiony wyrównania.

kafelki na pokaz
-a Opisz ścieżkę kafelkowania, drukując znak rozdzielany tabulatorami
wyrównanie współrzędnych regionu do stdout
-c Załóżmy, że sekwencje referencyjne są okrągłe i pozwalają
kafelki kontigów, aby objąć początek
-g int Ustaw maksymalną przerwę między wyrównaniami w klastrze [-1, INT_MAX]
Wartość -1 będzie reprezentować nieskończoność
(domyślny numer = 1000)
(promer domyślnie = -1)
-i float Ustaw minimalną procentową tożsamość kafelka [0.0, 100.0]
(domyślny numer = 90.0)
(domyślnie promer = 55.0)
-l int Ustaw minimalną długość kontigu do raportu [-1, INT_MAX]
Wartość -1 będzie reprezentować nieskończoność
(wspólna wartość domyślna = 1)
-p plik Wypisuje pseudocząsteczkę kontigów zapytania do 'plik'
-R Rozpraw się z powtarzającymi się kontigami, umieszczając je losowo
w jednej z lokalizacji kopii (implikuje -V 0)
-t plik Wypisuje listę kontigów w stylu TIGR dla każdej sekwencji zapytania
wystarczająco pasujące do odniesienia (niekołowe)
-u plik Wypisuje rozdzielone tabulatorami współrzędne regionu wyrównania
nieużytecznych kontigów do „pliku”
-v float Ustaw minimalne pokrycie kontigu dla kafelka [0.0, 100.0]
(wartość domyślna w liczbach = 95.0) suma poszczególnych wyrównań
(promer default = 50.0) zasięg regionu syntenicznego
-V float Ustaw minimalną różnicę pokrycia kontigów [0.0, 100.0]
czyli różnica potrzebna do określenia jednego ustawienia
jest „lepsze” niż inne wyrównanie
(wartość domyślna w liczbach = 10.0) suma poszczególnych wyrównań
(promer default = 30.0) zasięg regionu syntenicznego
-x Opisz ścieżkę kafelkowania, drukując kontig XML
łączenie informacji z wyjściem standardowym

Wejście to wyjście .delta programu nucmer, uruchomione na bardzo podobnych danych sekwencji, lub
wyjście .delta programu promer, uruchamiane na rozbieżnych danych sekwencji.

Wyjście jest na standardowe wyjście i składa się z przewidywanej lokalizacji każdego wyrównującego zapytania
kontig jak zmapowany do sekwencji referencyjnych. Te współrzędne odnoszą się do zasięgu
cały kontig zapytania, nawet jeśli tylko pewien procent kontigu był faktycznie
wyrównane (chyba że użyto opcji -a). Kolumny to: początek w ref, koniec w ref, odległość do
następny kontig, długość tego kontigu, pokrycie wyrównania, tożsamość, orientacja i identyfikator
odpowiednio.

Korzystaj z CombineMUM online, korzystając z usług onworks.net