Jest to polecenie Correct_abundances, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
Correct_abundances - uruchom krok korekty podobieństwa liczebności genomu
STRESZCZENIE
poprawne_obfitości NAZWY
OPIS
Uruchom krok korekcji podobieństwa.
Uwaga: chociaż możliwe jest ręczne uruchomienie programów mapujących odczyt lub utworzenie podobieństwa
matrix ręcznie, zdecydowanie zalecamy użycie dostarczonych skryptów Pythona „run_mappers.py”
i „create_similarity_matrix.py”.
OPCJE
NAZWY: Nazwa pliku z nazwami; plik nazw w postaci zwykłego tekstu powinien zawierać jedną nazwę na
linia. Nazwa jest używana jako identyfikator w całym algorytmie.
-h, --help
pokaż tę wiadomość pomocy i wyjdź
-m SMAT, --macierz-podobieństwa=SMAT
Ścieżka do pliku macierzy podobieństwa. Macierz podobieństwa musi zostać utworzona z tego samego
plik NAZWY. [domyślnie: ./similarity_matrix.npy]
-s SAM, --pliki samplowe=SAM
Wzorzec wskazujący na pliki SAM utworzone przez osobę tworzącą mapę. Symbol zastępczy imienia
to „%s”. [domyślnie: ./SAM/%s.sam]
-b BAGAŻNIK, --bootstrap-próbki=BOOT
Ustaw liczbę próbek bootstrap. Użyj 1, aby wyłączyć ładowanie [domyślnie: 100]
-o NA ZEWNĄTRZ, --wyjście=OUT
Zwykły plik tekstowy zawierający wyniki. [domyślnie: ./results.txt]
Korzystaj z Correct_abundances online, korzystając z usług onworks.net
