Jest to polecenie „coveringCount”, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
pokryciaCount - zliczanie pokrycia zmapowanych odczytów w każdej lokalizacji na całość
genom referencyjny
OPIS
wersja licznika pokrycia 1.5.0-p1
Ten program oblicza zasięg zmapowanych odczytów w każdej lokalizacji na
genom odniesienia. Generuje plik binarny dla każdego chromosomu poprzez konkatenację
poziomy pokrycia jako 4-bajtowe liczby całkowite.
Stosowanie
liczba pokrycia [opcje] -i -o
Wymagane argumenty:
-i
Nazwa pliku wejściowego w formacie SAM lub BAM.
-o
Prefiks plików wyjściowych. Każdy plik wyjściowy zawiera czterobajtowe liczby całkowite
Argumenty opcjonalne:
--maxMOp Maksymalna liczba operacji „M” dozwolona w łańcuchu CIGAR.
10 domyślnie. Zarówno „X”, jak i „=” są traktowane jako „M”, podobnie jak sąsiednie operacje „M”.
połączone w ciąg CIGAR.
wersja licznika pokrycia 1.5.0-p1
Ten program oblicza zasięg zmapowanych odczytów w każdej lokalizacji na
genom odniesienia. Generuje plik binarny dla każdego chromosomu poprzez konkatenację
poziomy pokrycia jako 4-bajtowe liczby całkowite.
Stosowanie
liczba pokrycia [opcje] -i -o
Wymagane argumenty:
-i
Nazwa pliku wejściowego w formacie SAM lub BAM.
-o
Prefiks plików wyjściowych. Każdy plik wyjściowy zawiera czterobajtowe liczby całkowite
Argumenty opcjonalne:
--maxMOp Maksymalna liczba operacji „M” dozwolona w łańcuchu CIGAR.
10 domyślnie. Zarówno „X”, jak i „=” są traktowane jako „M”, podobnie jak sąsiednie operacje „M”.
połączone w ciąg CIGAR.
Skorzystaj z usługi pokryciaCount online, korzystając z usług onworks.net
