Jest to polecenie delta2blocks, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu darmowych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
delta2blocks - dodatkowe narzędzie dla mummera od patcha mugsy do sortowania wyrównań
delta2maf - dodatkowe narzędzie dla mummera od patcha mugsy do sortowania wyrównań
STRESZCZENIE
delta2blocki [opcje]<refID><qryID>
delta2maf [opcje]<refID><qryID>
OPIS
-h Wyświetl informacje pomocy
-q Sortuj wyrównania według współrzędnej początkowej zapytania
-r Sortuj linie trasowania według referencyjnej współrzędnej początkowej
-w int Ustaw szerokość ekranu - domyślnie 60
-x int Ustaw typ matrycy - domyślnie 2 (BLOSUM 62), inne opcje to 1 (BLOSUM 45)
i 3 (BLOSUM 80)
uwaga: ma wpływ tylko na wyrównanie aminokwasów
Dane wejściowe to dane wyjściowe .delta programu „nucmer” lub „promer” przekazanego do
wiersz poleceń.
Wyjście jest na standardowe wyjście i zawiera wszystkie dopasowania między zapytaniem a referencją
sekwencje zidentyfikowane w wierszu poleceń.
UWAGA: Domyślnie żadne sortowanie nie jest wykonywane, dlatego wyrównania zostaną uporządkowane tak, jak w
ten Wejście.
Korzystaj z delta2blocks online za pomocą usług onworks.net
