Jest to demultiplekser poleceń, który można uruchomić u bezpłatnego dostawcy usług hostingowych OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
demux - Konwertuj ograniczenia odległości XPLOR do formatu Gromacs
STRESZCZENIE
demuks md0.log dodatkowy
OPIS
Jeśli chcesz, aby twoje trajektorie znów były ciągłe, możesz użyć demuks czytać
swój plik md0.log (w razie potrzeby możesz połączyć kilka) i wygenerować kilka danych wyjściowych
akta. Jednym z nich jest plik .xvg (replika_ndx.xvg), do którego można przejść trjcat(1) wzdłuż
z oryginalnymi plikami trajektorii, w celu stworzenia ciągłych trajektorii. Inny
plik (replika_temp.xvg) zawiera temperatury dla każdej repliki, zaczynając od
oryginalna temperatura. Więc jeśli twoja replika, która Cię interesuje, zaczyna się od, powiedzmy, 300 K, możesz śledzić
jego trajektorię w przestrzeni temperatury. Byłoby interesujące dodać kilka
funkcjonalność tworzenia histogramów rozkładów temperatur dla każdej repliki, która
zdaniem większości autorów powinna być płaska. Demultipleksowane trajektorie mogą być używane z
g_kinetyka(1) w celu uzyskania kinetyki fałdowania białek z trajektorii REMD.
OPCJE
md0.log Plik dziennika trajektorii biegu, który ma być ciągły. Może być wiele plików
dołączone razem.
dodatkowy Liczba kopii każdego wpisu w pliku dziennika. (Liczba całkowita)
OGRANICZENIA
Jeśli twoja wymiana była co N ps i zaoszczędziłeś wszystkie M ps, które możesz zrobić dla brakujących
ramki według ustawień dodatkowy do (N/M - 1). Jeśli N/M nie jest liczbą całkowitą, nie masz szczęścia i ty
nie będzie w stanie w ogóle demultipleksować twoich trajektorii.
Korzystaj z demultipleksera online, korzystając z usług onworks.net
