diffseqe - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

diffseq - Porównaj i zgłoś cechy dwóch podobnych sekwencji

STRESZCZENIE

różnica -sekwencja sekwencja -sekwencja sekwencja -rozmiar słowa liczba całkowita
[-globalne różnice boolean] -plik wyjściowy raport -porażka wyczyn -pokonanie wyczyn

różnica -Pomoc

OPIS

różnica to program wiersza poleceń firmy EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Pakiet oprogramowania"). Jest częścią grupy poleceń „Wyrównanie: Różnice”.

OPCJE

Wkład Sekcja
-sekwencja sekwencja

-sekwencja sekwencja

Wymagane Sekcja
-rozmiar słowa liczba całkowita
Podobne regiony pomiędzy dwiema sekwencjami można znaleźć, tworząc tablicę skrótów
podciągi „rozmiar słów”. 10 to rozsądna wartość domyślna. Zwiększanie tej wartości (20?)
może nieznacznie przyspieszyć program, ale będzie oznaczać, że dowolne dwie różnice w nim wystąpią
„rozmiar słów” zostaną zgrupowane jako pojedynczy obszar różnic. Ta wartość
można zmniejszyć (4?), aby poprawić rozdzielczość pobliskich różnic, ale
program będzie działał znacznie wolniej. Wartość domyślna: 10

Dodatkowy Sekcja
-globalne różnice boolean
Zwykle ten program znajdzie regiony tożsamości o długości
o określonym rozmiarze słowa lub większym, a następnie zgłosi obszary różnic między nimi
te pasujące regiony. Działa to dobrze i tego właśnie chce większość ludzi, jeśli tak jest
praca z długimi nakładającymi się sekwencjami kwasów nukleinowych. Zwykle nie jesteś zainteresowany
na niezachodzących na siebie końcach tych sekwencji. Jeśli masz sekwencje białkowe lub krótkie
Sekwencje RNA zainteresują Cię jednak różnice na samych końcach. To
ta opcja jest ustawiona na true, wtedy raportowane będą również różnice na końcach.
Wartość domyślna: N

Wydajność Sekcja
-plik wyjściowy raport

-porażka wyczyn
Plik wyjściowy cech pierwszej sekwencji. Wartość domyślna: $(asequence.name).diffgff

-pokonanie wyczyn
Plik wyjściowy cech drugiej sekwencji. Wartość domyślna: $(bsequence.name).diffgff

Korzystaj z diffseqe online, korzystając z usług onworks.net