Jest to polecenie dwgsim, które można uruchomić w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
dwgsim: - symulator krótkiego czytania
STRESZCZENIE
dwgsim [Opcje]
OPIS
DWGSIM to symulator krótkich odczytów, który symuluje odczyty z nowoczesnych platform sekwencjonowania.
OPCJE
-e FLOAT
współczynnik błędu na bazę/kolor/przepływ pierwszego odczytu [od 0.020 do 0.020 co 0.000]
-E FLOAT
współczynnik błędu na bazę/kolor/przepływ drugiego odczytu [od 0.020 do 0.020 co 0.000]
-i użyj wewnętrznej odległości zamiast zewnętrznej odległości dla par [Fałsz]
-d INT odległość zewnętrzna między dwoma końcami dla par [500]
-s INT odchylenie standardowe odległości dla par [50.000]
-N INT liczba odczytanych par (-1 wyłączyć) [-1]
-C FLOAT
średnie pokrycie dostępnych pozycji (-1 wyłączyć) [100.00]
-1 INT długość pierwszego odczytu [70]
-2 INT długość drugiego odczytu [70]
-r FLOAT
wskaźnik mutacji [0.0010]
-F FLOAT
częstotliwość danej mutacji w celu symulacji mutacji somatycznych o niskiej częstotliwości [0.5000] Uwaga:
częstotliwość F odnosi się do pierwszej nici mutacji, a zatem mutacje na
druga nić występuje z częstotliwością 1-F
-R FLOAT
frakcja mutacji będących indelami [0.10]
-X FLOAT
prawdopodobieństwo, że indel jest rozszerzony [0.30]
-I INT minimalna długość indel [1]
-y FLOAT
prawdopodobieństwo losowego odczytu DNA [0.05]
-n INT maksymalna liczba N dozwolona w danym odczycie [0]
-c INT generuje odczyty dla [0]: 0: Illumina 1: SOLiD 2: Ion Torrent
-S INT generuje odczyty [0]: 0: domyślnie (przeciwna nić dla Illumina, ta sama nić dla
SOLiD/Ion Torrent) 1: ta sama nić (para mate) 2: nić przeciwna (sparowany koniec)
-f STRING
kolejność przepływu danych Ion Torrent [(null)]
-B użyj wskaźnika błędów na bazę dla danych Ion Torrent [Fałsz]
-H tryb haploidalny [Fałsz]
-z losowe ziarno INT (-1 używa aktualnego czasu) [-1]
-M wygeneruj tylko plik mutacji [Fałsz]
-m FILE
plik mutacji txt do ponownego utworzenia [nie używa]
-b FILE
łóżkowy zestaw plików mutacji kandydujących [(null)]
-v FILE
zestaw plików vcf mutacji kandydujących (użyj znacznika pl dla nici) [(null)]
-x FILE
dno regionów do pokrycia [nie używam]
-P STRING
prefiks odczytu do dodania do każdej odczytanej nazwy [nieużywany]
-q STRING
stała podstawowa jakość do zastosowania (pojedynczy znak) [nieużywany]
-Q FLOAT
odchylenie standardowe bazowych ocen jakości [2.00]
-s INT odchylenie standardowe odległości dla par [50.000]
-h wydrukuj tę wiadomość
Uwaga: W przypadku odczytów par wiązania SOLiD i BFAST, pierwszy odczyt to F3, a drugi to R3. Dla
Odczyty pary mate SOLiD i BWA, odczyty w pierwszym pliku to R3 odczyty opatrzone adnotacją jako
pierwsza lektura itp.
Uwaga: najdłuższa obsługiwana wstawka to 4294967295.
Korzystaj z dwgsim online, korzystając z usług onworks.net
