To jest polecenie fa2dna, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
fa2dna - format bazy danych fasta do użytku z ANFO
STRESZCZENIE
fa2dna [ opcja | filet ... ]
OPIS
fa2dna odczytuje jeden lub więcej plików w formacie fasta i formatuje je do odpowiedniej bazy danych
dla anfo(1). Pliki wejściowe mogą zawierać więcej niż jedną sekwencję, a każda sekwencja może
zostać podzielony na wiele kontigów przez odcinek N. Wszystkie kody niejednoznaczności IUPAC są
w pełni obsługiwane.
OPCJE
-V, --wersja
Wydrukuj numer wersji i wyjdź.
-o plik, --plik wyjściowy
Zapisz dane wyjściowe do filet.filet powinien zakończyć się .dna, Ponieważ anfo i trochę poniżej
narzędzia mogą natknąć się na inne rozszerzenie. Domyślnie jest to nazwa genomu z
dotychczasowy .dna rozbudowa.
-m N, --maxn N
Ustawia maksymalną liczbę Nnależy interpretować jako kody niejednoznaczności IUPAC N; każdy
dłuższy odcinek jest interpretowany jako oddzielający kontigi. Wartość domyślna to 2.
-g nazwa, --genom nazwa
Ustawia nazwę genomu na Nazwa. Nazwa ta jest przechowywana w pliku wyjściowym i tak pozostanie
wykorzystane przez anfo w celu zidentyfikowania dopasowanego genomu w wynikach. Genom powinien być a
przedrostek nazwy pliku wyjściowego, aby umożliwić narzędziom podrzędnym jego znalezienie. Imię
powinno być krótkie, ale unikalne, coś w rodzaju „hg18” lub „pt2” w przypadku człowieka lub szympansa
genomy będą działać dobrze.
-d tekst, --tekst opisu
Dodaje XNUMX jako opis metadanych. To ma charakter czysto informacyjny.
-v, --pełne
Powoduje wydrukowanie wskaźnika postępu.
Korzystaj z fa2dna online, korzystając z usług onworks.net
