Jest to polecenie fasta2frag, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
fasta2frag - dzieli się a pojedynczy post sekwencja najnowszych kilka nakładanie się paprochy.
OPIS
Ten program jest częścią pakietu asemblera MIRA. Celem fasta2frag jest
fragmenty sekwencji na mniejsze, nakładające się podsekwencje. Może służyć do symulacji
sekwencje ze strzelbą. Może tworzyć podsekwencje w obu kierunkach (/default), a także
sekwencje ze sparowanymi końcami. Aby uzyskać więcej informacji, zapoznaj się z poniższą dokumentacją
informacje o fasta2frag.
STRESZCZENIE
fasta2frag w pliku plik wyjściowy
OPCJE
-l int Długość fragmentów (domyślnie=3000)
-i int Przyrost miejsca początkowego fragmentu (domyślnie=2500)
-p int Sparowany koniec (domyślnie = 0 wyłączone, 1 włączone)
-P int W trybie końca sparowanego, odwróć jeden z odczytów (0 jest wyłączone, default=1 jest włączone)
-s int Sekwencjonowanie stroboskopowe (domyślnie=0 wyłączone, 1 włączone)
-q int Domyślna jakość, gdy nie ma danych dotyczących jakości (domyślnie=30)
-r int Odwróć każdy n-ty fragment (domyślnie=2)
-c int Zakreśl fragmenty tak, aby tworzyły pierścień
(domyślnie = 0 jest wyłączone, 1 byłoby włączone)
dzielnik jakościowy
int Podziel wartości jakości przez to (domyślnie=1)
-minqual
int Ale daj mu przynajmniej tę qual (domyślnie = 0)
-wstaw_rozmiar
int paired-end: rozmiar wstawki (domyślnie=3000)
-wstaw_stdev int
paired-end: standard dev (domyślnie = 900) w tej chwili nie działa
-parowane nazewnictwo ciąg
schemat nazewnictwa dla sparowanego końca: sanger, 454 (domyślnie) lub solexa
- minmut
wew. min. liczba mutacji/sekw. błędy (def=0)
-maks
wewn. maks. liczba mutacji/sekw. błędy (def=0)
-strobeon
int liczba baz odczytanych podczas włączania stroboskopu
-strob wyłączony
int liczba baz podczas wyłączania stroboskopu
-odsunięcie początkowe
int start w pozycji przesunięcia
-nazwa przyrostka
nazwa sufiksu ciągu z ciągiem
Korzystaj z fasta2frag online, korzystając z usług onworks.net
