Jest to lis poleceń, który można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
lis - wyznaczanie struktury ab-initio na podstawie danych dyfrakcyjnych
STRESZCZENIE
lis [Opcje] [plik.xml]
OPIS
Połączenia lis (Free Objects for Crystallography) został stworzony dla kryształu ab initio
rozwiązanie struktury z danych dyfrakcyjnych. Jego najciekawsze funkcje dla ab initio
określenie struktury to:
* wszechstronny opis zawartości kryształów;
* automatyczna korekcja dla specjalnych pozycji i wspólnych atomów między wielościanami;
* możliwość jednoczesnego stosowania wielu wzorów proszkowych;
* inteligentne algorytmy optymalizacji globalnej;
* interfejs graficzny z widokiem struktury kryształu 3D i aktualizacjami na żywo w trakcie
proces optymalizacji.
OPCJE
Ten program można uruchomić z opcjami wiersza poleceń lub bez nich lub z plikiem wejściowym (plik.xml).
Jest zgodny ze zwykłą składnią wiersza poleceń GNU, z długimi opcjami zaczynającymi się od dwóch myślników
(`-'). Podsumowanie opcji znajduje się poniżej. Aby uzyskać pełny opis, zobacz lisa
wiki http://objcryst.sourceforge.net/Fox/Manual
--help Pokaż podsumowanie opcji.
--loadfouriergrd mapa.grd
Załaduj i wyświetl mapę Fouriera „map.grd” z (pierwszą) strukturą krystaliczną
--loadfourierdsn6 mapa.DN6
Załaduj i wyświetl mapę Fouriera DSN6 z (pierwszą) strukturą krystaliczną
--nogui
Uruchom bez GUI, automatycznie uruchamia optymalizację --nogui może towarzyszyć
następujące opcje:
-n 10000
Uruchom maksymalnie 10000 prób (domyślnie: 1000000)
--nbrun 5
Wykonaj 5 przebiegów, losowo przed każdym przebiegiem (domyślnie: 1), użyj -1, aby uruchomić w nieskończoność
-o out.xml
Wyjście w 'out.xml'
--randomizuj
Losuj początkową konfigurację
--cichy
Nie produkuj (prawie) żadnego tekstu wyjściowego
--koszt końcowy 0.15
Uruchom optymalizację, aż koszt <0.15
--cif2wzór 1.5406 170 5000 .1
Symuluj wzór dla kryształu wejściowego, długość fali=1.5406 do 170° z 500 punktami
i szerokość piku 0.1°
PRZYKŁADY
Lis silikon.xml
Załaduj plik „silicon.xml” i uruchom GUI.
Lis Cymetydyna-proszek.xml --nogui --randomizuj -n 1000000 -o najlepszy.xml
Załaduj plik „ktartrate.xml”, zrandomizuj, a następnie wykonaj 1 optymalizację z 1 miliona prób,
i zapisz najlepszą strukturę w 'best.xml'.
Lis Cymetydyna-proszek.xml --nogui --randomizuj -n 10000000 --nbrun 10 -o najlepszy.xml
Załaduj plik 'Cimetidine-powder.xml', a następnie wykonaj 10 przebiegów (zaczynając od losowego
struktury) 10 milionów prób (każdy przebieg zapisuje jeden plik xml) i zapisz najlepsze
struktura w 'best.xml'.
Lis Cymetydyna-proszek.xml --nogui --cichy --randomizuj -n 10000000 --nbrun 10 --koszt końcowy
200000 -o najlepszy.xml
Załaduj plik „Cimetidine-powder.xml”, a następnie wykonaj 10 cichych przebiegów 10 milionów prób
(każdy przebieg zapisuje jeden plik xml) i zapisz najlepszą strukturę w 'best.xml'. Dla każdego
uruchomiony, optymalizacja zatrzymuje się, jeśli koszt spadnie poniżej 200000.
Korzystaj z lisa online za pomocą usług onworks.net
