frendp - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

frend.pl -- Wyrenderuj plik funkcji Bio::Graphics w sieci

STRESZCZENIE

http://your.host.com/cgi-bin/frend.pl

OPIS

Skrypt frend.pl jest cienkim interfejsem wokół modułu Bio::Graphics. Akceptuje
lista plików zawierających sekwencje (białko, nukleotydy) współrzędne cech z
plik(i) wymienione w wierszu poleceń lub na standardowym wejściu, renderuje je i tworzy PNG
plik na standardowym wyjściu.

PORADY

Skopiuj ten skrypt do katalogu cgi-bin Twojej witryny. Nazwij go, jak chcesz.

Cecha Akta utworzony

Ten skrypt akceptuje i przetwarza adnotacje sekwencji w prostym formacie rozdzielanym tabulatorami lub
w formacie GFF.

Format pliku funkcji zawiera sekcję konfiguracji i sekcję danych. Konfiguracja
sekcja ustawia rozmiar i ogólne właściwości obrazu, a sekcja danych daje
same dane elementu.

systemu Sekcja
Jeśli nie zostanie podany, ten skrypt generuje rozsądną domyślną sekcję konfiguracji dla
Ciebie, więc nie musisz podawać sekcji konfiguracji, aby uzyskać rozsądny obraz.
Jednak, aby dostroić wygląd obrazu, prawdopodobnie będziesz chciał poprawić
konfiguracja. Oto fragment z sekcji konfiguracji:

# przykładowy plik
[ogólny]
bazy = -1000..21000
wysokość = 12

[EST]
glif = segmenty
bgkolor= żółty
złącze = stałe
wysokość = 5

[FGENY]
glif = transkrypcja2
bgkolor = zielony
opis = 1

Sekcja konfiguracji jest podzielona na zestaw sekcji, z których każda jest oznaczona symbolem
[Tytuł sekcji]. Sekcja [general] określa opcje globalne dla całego obrazu.
Inne sekcje dotyczą poszczególnych typów funkcji. W powyższym przykładzie konfiguracja
w sekcji [EST] dotyczy funkcji oznaczonych jako EST, natomiast konfiguracja w sekcji
Sekcja [FGENES] dotyczy cech oznaczonych jako przewidywania z genu FGENES
program przewidywania.

Wewnątrz każdej sekcji znajduje się seria par nazwa=wartość, gdzie nazwa jest nazwą
opcja do ustawienia. Możesz umieścić spację wokół znaku =, aby był bardziej czytelny, a nawet
użyj dwukropka (:), jeśli wolisz. Rozpoznawane są następujące nazwy opcji:

Przykład wartości opcji
------ ---------- -------

podstawy Min i max zakresu sekwencji (bp) 1200..60000
szerokość szerokość obrazu (piksele) 600
wysokość Wysokość każdego elementu graficznego (piksele) 10
glif Styl każdego elementu graficznego (patrz poniżej) transkrypcja
fgcolor Kolor pierwszego planu każdego elementu żółty
bgcolor Kolor tła każdego elementu niebieski
szerokość linii Szerokość linii 3
etykieta Wydrukuj nazwę obiektu 1
opis Czy wydrukować opis funkcji 0
uderzenie Elementy nie mogą się zderzać 1
ticks Drukuj znaczniki na strzałkach 1
łącznik Rodzaj łącznika grupowego (kreska, czapka lub pełna) przerywana

Opcje „podstawy” i „szerokość” mają znaczenie tylko w sekcji [general]. Oni są
zastępowane przez podobnie nazwane opcje wiersza polecenia.

Pozostałe opcje mogą znajdować się w dowolnej sekcji, ale jeśli są obecne w
Sekcja [general] ustawi wartości domyślne dla pozostałych.

Kolory to anglojęzyczne nazwy kolorów lub kolory w stylu sieciowym #RRGGBB (zobacz książkę o HTML
o wyjaśnienie). Wartości prawda/fałsz to 1 dla prawdy i 0 dla fałszu. Zakresy numeryczne mogą
być wyrażone w sposób początek...koniec za pomocą dwóch kropek lub jako początek-koniec z myślnikiem.

Opcja „glif” kontroluje sposób renderowania funkcji. Następujące glify są
wdrożone:

Opis nazwy
---- -----------

box Wypełniony prostokąt, bezkierunkowy.
elipsa Owal.
strzałka Strzałka; może być jednokierunkowy lub
dwukierunkowy. Jest również zdolny do wyświetlania
skala ze znacznikami durowymi i molowymi oraz może
być zorientowane poziomo lub pionowo.
segmenty Zbiór wypełnionych prostokątów połączonych bryłą
linie. Używany do przerwanych funkcji, takich jak
wyrównania z przerwami i grupy eksonów.
transkrypcja Podobna do segmentów, ale linia łącząca to
kształt „czapki” i kierunek
transkrypcję oznaczono małą strzałką.
transkrypcja2 Podobna do transkrypcji, ale kierunek
transkrypcję wskazuje segment końcowy
w kształcie strzały.
startery Dwie skierowane do wewnątrz strzałki połączone linią. Używany do STS.

Opcja wypukłości jest najważniejszą opcją kontrolowania wyglądu obrazu. Jeśli ustawione
na fałsz (liczba 0), wtedy cechy mogą się nakładać. Jeśli ustawiono na true (
numer 1), wtedy obiekty będą poruszać się w pionie, aby uniknąć kolizji. Jeśli nie określono,
podbicie jest włączane, jeśli liczba dowolnego typu funkcji sekwencji jest większa niż 50.

Dane Sekcja
Sekcja danych może następować po lub kontynuować sekcję konfiguracji. Dwie sekcje mogą:
również być wymieszane. Sekcja danych to plik rozdzielany tabulatorami lub spacjami, który możesz
eksportuj z arkusza kalkulacyjnego lub pliku edytora tekstu (pamiętaj, aby zapisać jako tekst
tylko!)

Oto przykładowa sekcja danych:

Kosmid B0511 . 516-619 Kosmid B0511 . 3185-3294 Kosmid
B0511 . 10946-11208 Kosmid B0511 . 13126-13511 Kosmid
B0511 . 66-208 Kosmid B0511 . 6354-6499 Kosmid B0511
. 13955-14115 EST yk595e6.5 + 3187-3294 EST yk846e07.3 -
11015-11208 EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800 EST yk53c10.5 +
16032-16105 SwissProt PECANEX + 13153-13656 Szwedzka ryba FGENESH "Gene
1" - 1-205,518-616,661-735,3187-3365,3436-3846 Domena transbłonowa
FGENESH „Gene 2” - 16626-17396,17451-17597 Kinazy i sushi

Każdy wiersz pliku zawiera pięć kolumn. Kolumny to:

Kolumna # Opis
-------------------

1 typ funkcji
2 nazwa funkcji
Plaża 3
4 współrzędne
5 opis

Typ funkcji
Typ funkcji powinien odpowiadać jednemu z nagłówków [typ funkcji] w
sekcja konfiguracji. Jeśli tak się nie stanie, opcje [ogólne] zostaną zastosowane do
funkcja podczas renderowania. Nazwa funkcji to nazwa funkcji. Użyć "." lub
"-", jeśli nie ma to znaczenia. Jeśli nazwa zawiera spację, wstaw pojedynczą lub podwójną
cudzysłowy ("") wokół nazwy.

plaża
Pasmo wskazuje, na którym pasie znajduje się funkcja. Jest to jeden z „+” dla napastnika
nić, „-” dla nici odwrotnej lub „.” dla elementów, które nie są osierocone.

Współrzędne
Kolumna współrzędnych to zestaw co najmniej jednego zakresu zajmowanego przez obiekt.
Zakresy są zapisywane przy użyciu „..”, jak w start..stop, lub z myślnikami, jak w start-stop.
Dla obiektów składających się z wielu zakresów &em; na przykład transkrypcje, które
mieć wiele egzonów &em; możesz umieścić zakresy w tej samej linii oddzielone
przecinki lub spacje lub umieść zakresy w poszczególnych wierszach i po prostu użyj tej samej funkcji
nazwij i wpisz, aby je pogrupować. W powyższym przykładzie funkcje Cosmid B0511 wykorzystują
indywidualny styl linii, podczas gdy funkcje FGENESH wykorzystują wszystkie zakresy w jednej linii
styl.

Opis
Ostatnia kolumna zawiera opisowy tekst. Jeśli opcja opisu jest ustawiona na
prawda, ten tekst zostanie wydrukowany pod elementem renderowania.

Wreszcie możliwe jest grupowanie powiązanych funkcji. Przykładem są ESTs
yk53c10.5 i yk53c10.3, które są powiązane poprzez odczyty z dwóch końców klonu
yk53c10. Aby wskazać tę zależność, wygeneruj sekcję, która wygląda tak:

EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800

Grupa jest oznaczona linią, która zawiera tylko dwie kolumny zawierające obiekt
typ i unikalną nazwę grupy. Postępuj zgodnie z tą linią ze wszystkimi funkcjami, które tworzą
grupy, ale pozostaw pierwszą kolumnę (typ elementu) pustą. Grupa zostanie wyrenderowana przez
narysowanie przerywanej linii między wszystkimi członkami grupy. Możesz to zmienić przez
określenie innej opcji złącza w sekcji konfiguracji dla tej funkcji
rodzaj.

Korzystaj z frendp online za pomocą usług onworks.net