Jest to fuzznuce poleceń, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu darmowych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
fuzznuc - Wyszukaj wzorce w sekwencjach nukleotydów
STRESZCZENIE
fuzznuc -sekwencja następna -wzór wzorzec -komplement boolean -plik wyjściowy raport
fuzznuc -Pomoc
OPIS
fuzznuc to program wiersza poleceń firmy EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Pakiet oprogramowania"). Jest częścią grupy poleceń „Nucleic:Motifs”.
OPCJE
Wkład Sekcja
-sekwencja następna
-wzór wzorzec
Stosowane są standardowe jednoliterowe kody IUPAC dla nukleotydów. Symbol „n” to
używany dla pozycji, w której dowolny nukleotyd jest akceptowany. Niejasności są wskazywane przez
wymieniając dopuszczalne nukleotydy dla danej pozycji, w nawiasach kwadratowych „[
]”. Na przykład: [ACG] oznacza A lub C lub G. Niejasności są również oznaczone
umieszczenie w nawiasach klamrowych '{}' nukleotydów, które nie są akceptowane
na danej pozycji. Na przykład: {AG} oznacza dowolne nukleotydy z wyjątkiem A i G. Każdy
element we wzorcu jest oddzielony od swojego sąsiada znakiem '-'. (Opcjonalnie w fuzznuc).
Powtórzenie elementu wzorca można wskazać, podążając za tym elementem
z wartością liczbową lub zakresem liczbowym w nawiasach. Przykłady: N(3)
odpowiada NNN, N(2,4) odpowiada NN lub NNN lub NNNN. Kiedy wzór jest
ograniczony do końca 5' lub 3' sekwencji, ten wzór albo zaczyna się od a
Symbol „<” lub odpowiednio kończy się symbolem „>”. Kropka kończy wzór.
(Opcjonalnie w fuzznuc). Na przykład [CG](5)TG{A}N(1,5)C
Zaawansowane Sekcja
-komplement boolean
Wartość domyślna: N
Wydajność Sekcja
-plik wyjściowy raport
Korzystaj z fuzznuce online za pomocą usług onworks.net
