Jest to polecenie fuzztrane, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
fuzztran - Szukaj wzorców w sekwencjach białek (przetłumaczone)
STRESZCZENIE
fuzztran -sekwencja następna -wzór wzorzec [rama podstęp] [-stół podstęp] -plik wyjściowy raport
fuzztran -Pomoc
OPIS
fuzztran to program wiersza poleceń firmy EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Pakiet oprogramowania"). Jest częścią grupy poleceń „Nucleic:Motifs,Protein:Motifs”.
OPCJE
Wkład Sekcja
-sekwencja następna
-wzór wzorzec
Stosowane są standardowe jednoliterowe kody IUPAC dla aminokwasów. Symbol „x” to
stosowane w przypadku pozycji, w której akceptowany jest dowolny aminokwas. Niejasności są oznaczone
wymieniając dopuszczalne aminokwasy dla danej pozycji, w nawiasach kwadratowych „[
]'. Na przykład: [ALT] oznacza Ala, Leu lub Thr. Niejasności są również sygnalizowane przez
wypisanie pomiędzy parą nawiasów klamrowych „{ }” aminokwasów, które nie są akceptowane
na danym stanowisku. Na przykład: {AM} oznacza dowolny aminokwas z wyjątkiem Ala i Met.
Każdy element wzorca jest oddzielony od sąsiada znakiem „-”. (Opcjonalnie w
fuzztran) Powtórzenie elementu wzoru można wskazać podążając za nim
element z wartością liczbową lub zakresem liczbowym w nawiasach. Przykłady:
x(3) odpowiada xxx, x(2,4) odpowiada xx lub xxx lub xxxx. Kiedy
wzór jest ograniczony do N- lub C-końca sekwencji, tego wzoru
albo zaczyna się od symbolu „<”, albo kończy odpowiednio symbolem „>”. Okres się kończy
wzór. (Opcjonalnie w fuzztranie). Na przykład [DE](2)HS{P}X(2)PX(2,4)C
Dodatkowy Sekcja
rama podstęp
Wartość domyślna: 1
-stół podstęp
Wydajność Sekcja
-plik wyjściowy raport
Korzystaj z fuzztrane online, korzystając z usług onworks.net
