Angielskifrancuskihiszpański

Ad


Ulubiona usługa OnWorks

ginsi – Online w chmurze

Uruchom ginsi w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks w systemie Ubuntu Online, Fedora Online, emulatorze online systemu Windows lub emulatorze online systemu MAC OS

Jest to polecenie ginsi, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS

PROGRAM:

IMIĘ


mafft - Program wielokrotnego dopasowania sekwencji aminokwasowych lub nukleotydowych

STRESZCZENIE


mufft [Opcje] wkład [> wydajność]

więc wkład [> wydajność]

ginsi wkład [> wydajność]

einsi wkład [> wydajność]

fftnsi wkład [> wydajność]

ffff wkład [> wydajność]

nie wiem wkład [> wydajność]

nwnsi wkład [> wydajność]

mafft-profil group1 group2 [> wydajność]

wkład, group1 i group2 musi być w formacie FASTA.

OPIS


MAFT to program do wyrównywania wielu sekwencji dla systemów operacyjnych typu unix. Oferuje
szereg wielu metod wyrównania.

Zorientowany na dokładność metody:
· L-INS-i (prawdopodobnie najdokładniejszy; zalecany dla <200 sekwencji; iteracyjne udoskonalanie)
metoda zawierająca lokalne informacje o wyrównaniu parami):

mufft --para lokalna --maksyterować 1000 wkład [> wydajność]

więc wkład [> wydajność]

· G-INS-i (odpowiedni dla sekwencji o podobnej długości; zalecany dla <200 sekwencji;
iteracyjna metoda udoskonalania obejmująca globalne informacje o wyrównaniu parami):

mufft -- para globalna --maksyterować 1000 wkład [> wydajność]

ginsi wkład [> wydajność]

· E-INS-i (odpowiedni dla sekwencji zawierających duże regiony nieprzystosowane; zalecane dla
<200 sekwencji):

mufft --odc 0 --genafpair --maksyterować 1000 wkład [> wydajność]

einsi wkład [> wydajność]

W przypadku E-INS-i --odc 0 zalecana jest opcja pozwalająca na duże odstępy.

Zorientowany na szybkość metody:
· FFT-NS-i (metoda iteracyjnego udokładniania; tylko dwa cykle):

mufft --wycofać się 2 --maksyterować 2 wkład [> wydajność]

fftnsi wkład [> wydajność]

· FFT-NS-i (iteracyjna metoda udoskonalania; maks. 1000 iteracji):

mufft --wycofać się 2 --maksyterować 1000 wkład [> wydajność]

· FFT-NS-2 (szybka; metoda progresywna):

mufft --wycofać się 2 --maksyterować 0 wkład [> wydajność]

ffff wkład [> wydajność]

· FFT-NS-1 (bardzo szybka; zalecana dla >2000 sekwencji; metoda progresywna z chropowatością
drzewo przewodnie):

mufft --wycofać się 1 --maksyterować 0 wkład [> wydajność]

· NW-NS-i (metoda iteracyjnego udokładniania bez aproksymacji FFT; tylko dwa cykle):

mufft --wycofać się 2 --maksyterować 2 --nofft wkład [> wydajność]

nwnsi wkład [> wydajność]

· NW-NS-2 (szybka; metoda progresywna bez aproksymacji FFT):

mufft --wycofać się 2 --maksyterować 0 --nofft wkład [> wydajność]

nie wiem wkład [> wydajność]

· NW-NS-PartTree-1 (zalecane dla ~10,000 50,000 do ~XNUMX XNUMX sekwencji; metoda progresywna)
z algorytmem PartTree):

mufft --wycofać się 1 --maksyterować 0 --nofft --drzewo części wkład [> wydajność]

Grupa do grupy linie trasowania

mafft-profil group1 group2 [> wydajność]

lub:

mufft --maksyterować 1000 --nasionko group1 --nasionko group2 /dev/null [> wydajność]

OPCJE


Algorytm
--automatyczny
Automatycznie wybiera odpowiednią strategię spośród L-INS-i, FFT-NS-i i FFT-NS-2,
zgodnie z rozmiarem danych. Domyślnie: wyłączone (zawsze FFT-NS-2)

-6merpara
Odległość jest obliczana na podstawie liczby udostępnionych 6merów. Domyślnie: włączone

-- para globalna
Wszystkie dopasowania parami są obliczane za pomocą algorytmu Needlemana-Wunscha. Więcej
dokładny, ale wolniejszy niż -6merpair. Nadaje się do zestawu globalnie wyrównanego
sekwencje. Ma zastosowanie do ~200 sekwencji. Połączenie z --maxiterate 1000
jest zalecane (G-INS-i). Domyślnie: wyłączone (używana jest odległość 6-metrowa)

--para lokalna
Wszystkie dopasowania parami są obliczane za pomocą algorytmu Smitha-Watermana. Bardziej precyzyjne
ale wolniej niż --6merpair. Nadaje się do zestawu lokalnie dopasowanych sekwencji.
Ma zastosowanie do ~200 sekwencji. Kombinacja z --maxiterate 1000 to
zalecane (L-INS-i). Domyślnie: wyłączone (używana jest odległość 6-metrowa)

--genafpair
Wszystkie dopasowania parami są obliczane za pomocą lokalnego algorytmu z uogólnionym
koszt luki afinicznej (Altschul 1998). Dokładniejsze, ale wolniejsze niż -6merpair. Odpowiedni
gdy spodziewane są duże luki wewnętrzne. Ma zastosowanie do ~200 sekwencji. A
zalecane jest połączenie z --maxiterate 1000 (E-INS-i). Domyślnie: wyłączone (6mer
używana jest odległość)

--szybka para
Wszystkie dopasowania parami są obliczane za pomocą FASTA (Pearson i Lipman 1988). FASTA jest
wymagany. Domyślnie: wyłączone (używana jest odległość 6-metrowa)

--wagai numer
Współczynnik ważenia dla warunku zgodności obliczonego na podstawie dopasowania parami. Ważny
gdy któraś z opcji --globalpair, --localpair, --genafpair, --fastapair lub --blastpair wynosi
wybrany. Domyślnie: 2.7

--wycofać się numer
Drzewo przewodnika jest zbudowane numer razy w fazie progresywnej. Obowiązuje przy odległości 6 metrów.
Domyślnie: 2

--maksyterować numer
numer wykonywane są cykle iteracyjnego udoskonalania. Domyślnie: 0

--fff
Użyj aproksymacji FFT w wyrównaniu grup do grup. Domyślnie: włączone

--nofft
Nie używaj aproksymacji FFT w wyrównaniu grup do grup. Domyślnie: wyłączone

--brak wyniku
Wynik wyrównania nie jest sprawdzany na etapie dopracowywania iteracyjnego. Domyślnie: wyłączone (punktacja
sprawdzone)

--memzapisz
Użyj algorytmu Myersa-Millera (1988). Domyślnie: automatycznie włączane, gdy
długość wyrównania przekracza 10,000 XNUMX (aa/nt).

--drzewo części
Użyj szybkiej metody budowania drzewa (PartTree, Katoh i Toh 2007) z odległością 6 metrów.
Zalecane w przypadku wprowadzania dużej liczby (> ~10,000 XNUMX) sekwencji. Domyślnie: wyłączone

--dpparttree
Algorytm PartTree jest używany z odległościami opartymi na DP. Nieco dokładniejsze i
wolniej niż --parttree. Zalecane dla dużej liczby (> ~10,000 XNUMX) sekwencji
Wejście. Domyślnie: wyłączone

--szybkie drzewo
Algorytm PartTree jest używany z odległościami opartymi na FASTA. Nieco dokładniejsze
i wolniej niż --parttree. Zalecane dla dużej liczby (> ~10,000 XNUMX) sekwencji
są dane wejściowe. FASTA jest wymagana. Domyślnie: wyłączone

--rozmiar części numer
Liczba partycji w algorytmie PartTree. Domyślnie: 50

--Wielkość grupy numer
Nie rób wyrównania większego niż numer sekwencje. Obowiązuje tylko z --*parttree
opcje. Domyślnie: liczba sekwencji wejściowych

Parametr
--op numer
Kara za otwarcie luki w wyrównaniu między grupami. Domyślnie: 1.53

--odc numer
Wartość przesunięcia, która działa jak kara za wydłużenie przerwy, dla wyrównania grupy do grupy.
Domyślnie: 0.123

--poobcinać numer
Kara za otwarcie przerwy w lokalnym wyrównaniu parami. Obowiązuje, gdy --localpair lub
Wybrano opcję --genafpair. Domyślnie: -2.00

--lep numer
Wartość przesunięcia przy lokalnym wyrównaniu parami. Obowiązuje, gdy --localpair lub --genafpair
wybrana jest opcja. Domyślnie: 0.1

--leks numer
Kara za wydłużenie przerwy przy lokalnym wyrównaniu parami. Obowiązuje, gdy --localpair lub
Wybrano opcję --genafpair. Domyślnie: -0.1

--POOBCINAĆ numer
Kara za otwarcie przerwy, aby pominąć wyrównanie. Obowiązuje, gdy opcja --genafpair to
wybrany. Domyślnie: -6.00

--LEXP numer
Kara za wydłużenie odstępu, aby pominąć wyrównanie. Obowiązuje, gdy opcja --genafpair to
wybrany. Domyślnie: 0.00

--bl numer
BLOSUM numer wykorzystywana jest macierz (Henikoff i Henikoff 1992). numer=30, 45, 62 lub 80.
Domyślnie: 62

--jtt numer
JTT PAM numer (Jones i wsp. 1992) stosuje się macierz. numer>0. Domyślnie: BLOSUM62

--tm numer
Transmembranowy PAM numer (Jones i wsp. 1994) stosuje się macierz. numer>0. Domyślny:
BLOSUM62

--amatrix plik macierzy
Użyj zdefiniowanej przez użytkownika macierzy punktacji AA. Format plik macierzy jest taki sam jak w przypadku
PODMUCH. Ignorowane, gdy wprowadzane są sekwencje nukleotydowe. Domyślnie: BLOSUM62

--fmodel
Włącz informacje o składzie AA/nuc do macierzy punktacji. Domyślnie: wyłączone

Wydajność
--clustalout
Format wyjściowy: format klastra. Domyślnie: wyłączone (format fasta)

--kolejność wprowadzania
Kolejność wyjściowa: taka sama jak wejściowa. Domyślnie: włączone

--zmień kolejność
Kolejność wyjściowa: wyrównana. Domyślnie: wyłączone (kolejność wprowadzania)

--drzewo
Drzewo przewodnika jest wyprowadzane do wkładplik .drzewa. Domyślnie: wyłączone

--cichy
Nie zgłaszaj postępów. Domyślnie: wyłączone

Wkład
--nuc
Załóżmy, że sekwencje są nukleotydami. Domyślnie: auto

--amino
Załóżmy, że sekwencje są aminokwasami. Domyślnie: auto

--nasionko wyrównanie1 [--nasionko wyrównanie2 --nasionko wyrównanie3 ...]
Wyrównania nasion podane w wyrównanie_n (format fasta) są wyrównane z sekwencjami w
wkład. Zachowane jest wyrównanie w każdym ziarnie.

Korzystaj z ginsi online, korzystając z usług onworks.net


Darmowe serwery i stacje robocze

Pobierz aplikacje Windows i Linux

  • 1
    głęboko czyste
    głęboko czyste
    Skrypt Kotlin, który niszczy wszystkie kompilacje
    pamięci podręczne z projektów Gradle/Android.
    Przydatne, gdy pozwala na to Gradle lub IDE
    w dół. Skrypt został przetestowany na
    macOS, ale...
    Pobierz głębokie czyszczenie
  • 2
    Wtyczka Eclipse Checkstyle
    Wtyczka Eclipse Checkstyle
    Wtyczka Eclipse Checkstyle
    integruje kod Java Checkstyle
    audytora do Eclipse IDE. The
    wtyczka zapewnia informacje zwrotne w czasie rzeczywistym
    użytkownik o naruszeniu...
    Pobierz wtyczkę Eclipse Checkstyle
  • 3
    Gracz AstrOrz
    Gracz AstrOrz
    AstrOrz Player to darmowy odtwarzacz multimedialny
    oprogramowanie, częściowo oparte na WMP i VLC. The
    odtwarzacz jest w minimalistycznym stylu, z
    więcej niż dziesięć kolorów motywu, a także może
    b ...
    Pobierz AstrOrzPlayer
  • 4
    movistartv
    movistartv
    Kodi Movistar+ TV to dodatek do XBMC/
    Kodi que allowe disponer de un
    dekodowanie usług IPTV de
    Movistar integrado en uno de los
    mediacenter ma...
    Pobierz movistartv
  • 5
    Code :: Blocks
    Code :: Blocks
    Code::Blocks to darmowa, otwarta
    międzyplatformowe C, C++ i Fortran IDE
    zbudowany, aby sprostać najbardziej wymagającym potrzebom
    swoich użytkowników. Jest przeznaczony do bardzo
    rozciąga się...
    Pobierz Code::Blocks
  • 6
    Wśród
    Wśród
    Pośród zaawansowanego interfejsu Minecraft
    a śledzenie danych/struktur to narzędzie
    wyświetl przegląd gry Minecraft
    świat, nie tworząc go. To
    mogą ...
    Pobierz Wśród
  • więcej »

Komendy systemu Linux

Ad