To jest polecenie gmod_gff3_preprocessor.plp, które można uruchomić w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
$0 - Przygotowuje plik GFF3 do masowego załadowania do bazy danych chado.
STRESZCZENIE
% gmod_gff_preprocessor [opcje] --gfffile
WIERSZ POLECEŃ OPCJE
--gfffile Plik zawierający GFF3 (opcjonalnie, można czytać
ze standardowego wejścia)
--outfile Nazwa jądra, która będzie używana do nadawania nazw plikom wynikowym
--splitfile Podziel pliki na łatwiejsze do zarządzania fragmenty, udostępniając
argument kontrolujący podział
--onlysplit Podziel pliki i zakończ (tzn. nie sortuj)
--nosplit Nie dziel plików (tzn. tylko sortuj)
--hasrefseq Ustaw tę opcję, jeśli plik zawiera linię sekwencji referencyjnej
(Wymagane tylko, jeśli nie dzielisz plików)
--dbprofile Podaj nazwę profilu gmod.conf (w przeciwnym razie użyj domyślnej)
--inheritance_tiers Ile poziomów dziedziczenia oczekujesz w tym pliku
mieć (domyślnie: 3)
OPIS
splitfile — Samo ustawienie tej flagi na 1 spowoduje, że plik zostanie podzielony przez odwołanie
sekwencja. Jeśli podasz opcjonalny argument, zostanie on dalej podzielony według
te zasady:
source=1 Dzieli pliki według wartości w kolumnie źródłowej
source=a,b,c Umieszcza linie z pasującymi źródłami (poprzez wyrażenie regularne)
„a”, „b” lub „c” w oddzielnym pliku
type=a,b,c Umieszcza linie z typami pasującymi do „a”, „b” lub „c” w
oddzielny plik
Na przykład, jeśli chcesz, aby wszystkie wyniki analiz znajdowały się w oddzielnym pliku, możesz to zrobić
może wskazywać „--splitfile type=match”, a wszystkie cDNA_match, EST_match i
funkcje cross_genome_match trafiłyby do oddzielnych plików (oddzielnych sekwencją referencyjną).
inheritence_tiers — Liczba poziomów dziedziczenia tego pliku. Na przykład, jeśli
plik zawiera geny „centralnego dogmatu” (gen/mRNA/ekson, polipeptyd), to ma 3. Do góry
do 4 jest obsługiwany, ale im wyższa liczba, tym wolniej działa. Jeśli tego nie zrobisz
wiesz, 3 to rozsądne przypuszczenie.
SZYBKI sekwencja
Jeśli plik GFF3 zawiera na końcu sekwencję FASTA, sekwencja zostanie umieszczona w a
oddzielny plik z rozszerzeniem „.fasta”. Ten plik Fasta można później załadować osobno
ładowane są podzielone i/lub posortowane pliki GFF3 za pomocą polecenia:
gmod_bulk_load_gff3.pl -g
Użyj gmod_gff3_preprocessor.plp online, korzystając z usług onworks.net
