gmx-check - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

gmx-check - Sprawdź i porównaj pliki

STRESZCZENIE

sprawdź gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-f2 [<.xtc/.trr/...>]] [-s1 [<.tpr>]]
[-s2 [<.tpr>]] [-c [<.tpr/.gro/...>]] [-e [<.edr>]]
[-e2 [<.edr>]] [-n [<.ndx>]] [-m [<.tex>]] [-vdwfac ]
[-bonlo ] [-bonhi ] [-[nie]rmsd] [-tol ]
[-absolutnie ] [-[nie]ab] [-lastener ]

OPIS

gmx ZOBACZ odczytuje trajektorię (.tng, .trr or .xtc), plik energii (edr) lub plik indeksu
(ndx) i drukuje przydatne informacje na ich temat.

Option -c sprawdza obecność współrzędnych, prędkości i pola w pliku, aby go zamknąć
kontakty (mniejsze niż -vdwfac i nie związane, tj. nie pomiędzy -bonlo i -bonhi, wszystko
w stosunku do sumy promieni Van der Waalsa) i atomów poza pudełkiem (mogą one
występują często i nie stanowią problemu). Jeśli obecne są prędkości, będzie to szacowana temperatura
z nich obliczyć.

Jeżeli podany zostanie plik indeksu, jego zawartość zostanie podsumowana.

Jeśli zarówno trajektoria, jak i a .tpr podany jest plik (z -s1) program sprawdzi, czy
długości wiązań zdefiniowane w pliku tpr są rzeczywiście prawidłowe na trajektorii. Jeśli nie ty
mogą zawierać niepasujące pliki z powodu np. przetasowania lub problemów z witrynami wirtualnymi.
Z tymi flagami gmx ZOBACZ umożliwia szybkie sprawdzenie takich problemów.

Program może porównać dwa wejścia uruchomieniowe (.tpr) pliki, gdy oba -s1 i -s2 są dostarczane.
Podobnie można porównać parę plików trajektorii (używając pliku -f2 opcja) lub parę
pliki energetyczne (przy użyciu formatu -e2 opcja).

W przypadku symulacji darmowej energii może być topologia stanu A i B z jednego pliku wejściowego przebiegu
w porównaniu z opcjami -s1 i -ab.

W przypadku, gdy -m flaga zostanie napisany plik LaTeX składający się z przybliżonego konturu
dla sekcji poświęconej metodom artykułu.

OPCJE

Opcje do określenia plików wejściowych:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Opcjonalnie)
Trajektoria: xtc tr CPT Gro g96 pdb tng

-f2 [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Opcjonalnie)
Trajektoria: xtc tr CPT Gro g96 pdb tng

-s1 [<.tpr>] (top1.tpr) (Opcjonalnie)
Przenośny plik wejściowy xdr run

-s2 [<.tpr>] (top2.tpr) (Opcjonalnie)
Przenośny plik wejściowy xdr run

-c [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Opcjonalnie)
Struktura + masa (db): Tpr Gro g96 pdb brk ent

-e [<.edr>] (ener.edr) (Opcjonalnie)
Plik energetyczny

-e2 [<.edr>] (ener2.edr) (Opcjonalnie)
Plik energetyczny

-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opcjonalnie)
Plik indeksu

Opcje do określenia plików wyjściowych:

-m [<.tex>] (doc.tex) (Opcjonalnie)
plik LaTeX-owy

Inne opcje:

-vdwfac (0.8)
Ułamek sumy promieni VdW używany jako granica ostrzegawcza

-bonlo (0.4)
Min. frakt. sumy promieni VdW dla związanych atomów

-bonhi (0.7)
Maks. frakt. sumy promieni VdW dla związanych atomów

-[nie]rmsd (Nie)
Wydrukuj RMSD dla x, v i f

-tol (0.001)
Względna tolerancja porównywania wartości rzeczywistych zdefiniowana jako 2*(ab)/(|a|+|b|)

-absolutnie (0.001)
Tolerancja bezwzględna, przydatna, gdy sumy są bliskie zeru.

-[nie]ab (Nie)
Porównaj topologię A i B z jednego pliku

-lastener
Ostatni człon energii do porównania (jeśli nie podano, wszystkie są testowane). Jest sens iść w górę
aż do ciśnienia.

Skorzystaj z gmx-check online, korzystając z usług onworks.net