Jest to polecenie gmx-convert-tpr, które można uruchomić w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
gmx-convert-tpr — Utwórz zmodyfikowany plik wejściowy
STRESZCZENIE
gmx konwertuj-tpr [-s [<.tpr>]] [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-e [<.edr>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.tpr>]] [-rozszerzyć ]
[-dopóki ] [-nkroki ] [-czas ]
[-[nie]zero] [-[powieść] [-[nie]cd]
[-stan_init_fep ]
OPIS
gmx konwersja-tpr może edytować uruchamiane pliki wejściowe na cztery sposoby.
1. modyfikując liczbę kroków w pliku wejściowym uruchomienia z opcjami -rozszerzyć, -dopóki or
-nkroki (nsteps=-1 oznacza nieograniczoną liczbę kroków)
2. (PRZESTARZAŁE), tworząc plik wejściowy uruchomienia dla uruchomienia kontynuacyjnego, gdy ma to miejsce w symulacji
uległ awarii z powodu np. pełnego dysku lub utworzenia pliku wejściowego uruchomienia kontynuacyjnego. Ta opcja
jest przestarzały, ponieważ mdrun zapisuje i odczytuje teraz pliki punktów kontrolnych. Note z tą ramką
potrzebne są współrzędne i prędkości. Kiedy ciśnienie i/lub temperatura Nosa-Hoovera
używane jest sprzęgło, można dostarczyć plik energii, aby uzyskać dokładną kontynuację
oryginalny przebieg.
3. tworząc plik .tpx dla podzbioru oryginalnego pliku tpx, co jest przydatne, gdy
chcesz usunąć rozpuszczalnik z pliku .tpx lub chcesz utworzyć np. czysty
Plik Calpha .tpx. Pamiętaj, że może być konieczne użycie -nkroki -1 (lub podobny), aby to osiągnąć
praca. UWAGA: to .tpx filet is nie w pełni funkcjonalny.
4. poprzez ustawienie opłat określonej grupy na zero. Jest to przydatne, gdy robisz coś za darmo
szacunki energii metodą LIE (Linear Interaction Energy).
OPCJE
Opcje do określenia plików wejściowych:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Przenośny plik wejściowy xdr run
-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr) (Opcjonalnie)
Pełna precyzyjna trajektoria: tr CPT tng
-e [<.edr>] (ener.edr) (Opcjonalnie)
Plik energetyczny
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opcjonalnie)
Plik indeksu
Opcje do określenia plików wyjściowych:
-o [<.tpr>] (tprout.tpr)
Przenośny plik wejściowy xdr run
Inne opcje:
-rozszerzyć (0)
Wydłuż czas działania o tę kwotę (ps)
-dopóki (0)
Wydłuż czas działania do tego czasu końcowego (ps)
-nkroki (0)
Zmień liczbę kroków
-czas (-1)
Kontynuuj od klatki w tym momencie (ps), zamiast od ostatniej klatki
-[nie]zero (Nie)
Ustaw ładunki grupy (z indeksu) na zero
-[powieść (tak)
Wymagaj prędkości z trajektorii
-[nie]cd (tak)
W celu dokładnej kontynuacji ograniczeń nie należy stosować przed pierwszym krokiem
-stan_init_fep (0)
stan fep, z którego należy zainicjować
Użyj gmx-convert-tpr online, korzystając z usług onworks.net
